core microbiome

Ensemble des taxons microbiens persistants et ubiquitaires associés à un hôte (plante, animal) ou à un habitat (sol, rhizosphère). Le core microbiome représente la fraction stable du microbiome, transmise verticalement ou recrutée de manière prévisible, par opposition aux taxons transitoires ou conditionnels. Sa définition est statistique (taxons présents dans ≥X% des échantillons), mais sa signification écologique est fonctionnelle : le core porte les fonctions essentielles (nutrition, protection, signalisation) qui maintiennent l'holobionte.