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Le Sol Vivant

Sommaire

L'ouvrage en entier : cinq strates, chacune ouverte par son récit, puis ses documents et leurs textes — 304 fiches au total.

Ce corpus est un ouvrage scientifique et pédagogique : il construit le socle — mécanismes, débats, vocabulaire — sur lequel s'appuient les pratiques agronomiques. Pour les conseils pratiques directs, les itinéraires techniques et les retours d'expérience d'agriculteurs, le wiki collaboratif Triple Performance (8000 pages en accès libre) est le point de départ recommandé.

F Fondements

Ouverture — le récit de la strate

F1 — Le Temps Long (29 textes)
Ouverture — le récit du document Coévolution plante-microbe sur 450 Ma : cadre temps-profond et continuum ami-ennemi Mycorhizes arbusculaires (AM) et ectomycorhizes (ECM) — Symbiose et Echanges Fonctionnels Fragilité systémique fossile et transition robuste (méthode Shift PREF) Cascade temporelle — du jour au géologique Pompe microbienne à carbone — la nécromasse comme voie dominante de stabilisation du MAOM Réseau mycorhizien commun — controverse Simard vs Karst 2023 Érosion historique des civilisations — du labour ancien au Dust Bowl, leçons contemporaines Enhanced Rock Weathering (ERW) — CDR émergent et cation bridging MAOM Archées Asgard et origine eucaryote : la lignée eucaryote prend ses racines dans le domaine archéen Wood Wide Web : critique scientifique du paradigme des réseaux mycorhiziens communs (CMN) Auxotrophie et co-évolution : le virage lipidique CMA-plante comme signature de symbiose obligatoire Voie de symbiose commune (CSSP) : SYMRK, CCaMK, CYCLOPS comme modules universels conservés Voies aérobie (cob) et anaérobie (cbi) de biosynthèse de la vitamine B12 : architecture évolutive divergente Biofilms Trade-off plant vs soil C under elevated CO2 Évolution de la Biosphère : de l'Archéen aux Sols Modernes Stratégies écologiques microbiennes r/K et Y-A-S — du sol nu au climax Les fils rouges du sol vivant — thèses transversales et renversements Les fermentations paysannes : couper l'air, produire l'acide, trier les microbes La transition robuste : une vallée à traverser, quatre âges, trois gestes Les grands axes du sol vivant : un principe-racine, des thèses, des renversements, des débats Raisonner juste sur un sol vivant : cinq réflexes pour ne pas se faire piéger Le régime fixe les rôles — du sol vivant à la plante saine Le microsite anoxique comme refuge évolutif : conservation du vivant ancestral et innovation génétique à l’abri Lactofermentation : technologie alimentaire ancestrale et successions microbiennes La pédogenèse : comment le vivant fabrique le sol La biosphère profonde : la vie habite la roche jusqu'à plusieurs kilomètres Biodiversité et stabilité : produire sous climat non stationnaire

F2 — L'Économie du Vivant (32 textes)
Ouverture — le récit du document Fixation Biologique de l'Azote — Le Modèle Brésilien Coévolution plante-microbe sur 450 Ma : cadre temps-profond et continuum ami-ennemi La transition agroécologique — Barrières systémiques et leviers de diffusion Fragilité systémique fossile et transition robuste (méthode Shift PREF) Puits de carbone agricoles et forestiers — chantier 19 Shift PREF 2026 Cascade des conséquences — de la parcelle à la biosphère Trophobiose — de l excès d azote minéral à la pullulation des ravageurs Carences minérales silencieuses — de l appauvrissement du sol à la santé publique Voie oxalate-carbonate — séquestration inorganique du carbone par l agroforesterie tropicale Érosion historique des civilisations — du labour ancien au Dust Bowl, leçons contemporaines Économie de la régénération — Carbon farming, Label Bas Carbone, paiements pour services écosystémiques Cascade des coûts cachés — du direct au civilisationnel Trophobiose Chaboussou — de l'azote minéral à la résistance antimicrobienne Thermorégulation édaphique — le sol vivant comme tampon climatique local Enhanced Rock Weathering (ERW) — CDR émergent et cation bridging MAOM Esclaves énergétiques en agriculture : coût fossile réel et substitution régénérative Antifragilité : stress modéré → diversification de l'hologénome Archées Asgard et origine eucaryote : la lignée eucaryote prend ses racines dans le domaine archéen Modèle brésilien FBN soja : enseignements et limites d'une transition continentale réussie ET ambivalente Souveraineté azote-fertilisation : l'autonomie nationale face à la dépendance Haber-Bosch Compromis performance-robustesse et antifragilité — cadre Hamant-Taleb Du baril à l'assiette : fragilité systémique de l'alimentation fossile Fertilité auto-entretenue : les fonctions biologiques du sol qui réduisent la dépendance aux intrants de synthèse Les fils rouges du sol vivant — thèses transversales et renversements Les esclaves énergétiques : une ampoule, mille bras, une facture cachée La transition robuste : une vallée à traverser, quatre âges, trois gestes Les grands axes du sol vivant : un principe-racine, des thèses, des renversements, des débats Raisonner juste sur un sol vivant : cinq réflexes pour ne pas se faire piéger Test Haney et amorçage épigénétique foliaire — une intersection à explorer La serre comme bioréacteur : conduite tropicale et autofertilité Qui finance le savoir ? Asymétrie des moyens et production de l'ignorance en agriculture

S Sol

Ouverture — le récit de la strate

S0 — L'Eau dans le Sol Vivant (30 textes)
Ouverture — le récit du document L'eau dans le sol vivant — Potentiels, continuum SPAC, résilience hydrique Couplages biogéochimiques Fe-P-S-N sous alternance redox Thermorégulation édaphique — le sol vivant comme tampon climatique local Compaction — de l'asphyxie racinaire à la maladie chronique végétale Cascade biophysique — de l'eau à la plante saine (colonne vertébrale du corpus) Eh terrain : sondes redox, gradient mV/cm et méthode in situ Profil sol hydromorphe/organique : redox bas, émissions, gestion de l’eau centrale Asphyxie / anaérobie locale (odeurs, horizons réduits) Racines superficielles / enracinement bloqué conductivité hydraulique saturée Biofilms Plastiques biosourcés et/ou biodégradables en fin de vie Points chauds et moments chauds (hot spots, hot moments) — hétérogénéité spatio-temporelle des flux Effet Birch — pulse de minéralisation à la réhumectation des sols Mécanismes-clé des cascades sol-plante-aliment-santé : revue critique des niveaux de support empirique Diagnostiquer la santé du sol au champ : indicateurs simples, des fonctions à la décision Les états de l'eau et la biologie du sol Le chiendent comme bioindicateur du compactage Haies, bocage et brise-vent — fonctions sol, lisière et microclimat Silvopastoralisme tempéré — arbre, prairie et animal Pompage nutritif profond et filet de sécurité racinaire Trognes et arbres-ressources — biomasse renouvelable et rôle écologique L'animal dans le cycle de fertilité — déjections, coprophages et couplage culture-élevage Couvert permanent sous serre : restructurer un sol mort La serre comme bioréacteur : conduite tropicale et autofertilité Tolérance à la sécheresse médiée par le microbiome — de l'osmolyte au rhizosheath Eau douce, épuration et sol — valoriser les biomasses aquatiques comme amendements Battance et croûte de surface : mécanismes, diagnostic et remédiation L'holobionte ingénieur de sa niche : quand le vivant installe ses conditions (riz noyé, biocroûtes)

S1 — Architecture du Sol (52 textes)
Ouverture — le récit du document Stœchiométrie CNPS de Kirkby et bilan AMG Le Soil Continuum Model — Fin du Paradigme de l'Humification Thermodynamique Redox des Sols Amendements minéraux structurants : marnage, chaulage, gypse, poudres de roche et articulation avec la fraction organique L'eau dans le sol vivant — Potentiels, continuum SPAC, résilience hydrique Plantes bio-indicatrices — lecture visuelle du sol et diagnostic praticien Drilosphère et MAOM — le tube digestif du ver comme bioréacteur de stabilisation du carbone Pompe microbienne à carbone — la nécromasse comme voie dominante de stabilisation du MAOM Mode d application des amendements — surface versus incorporation et incidence pédologique Voie oxalate-carbonate — séquestration inorganique du carbone par l agroforesterie tropicale Érosion historique des civilisations — du labour ancien au Dust Bowl, leçons contemporaines Lombriciens — écologie, services et pilotage des populations Biochar : architecte de sol (habitat, CEC, carbone stable) Couplages biogéochimiques Fe-P-S-N sous alternance redox Cascade phosphore — du minéral inerte à l'os humain Thermorégulation édaphique — le sol vivant comme tampon climatique local Compaction — de l'asphyxie racinaire à la maladie chronique végétale Calcaire actif — protocole Drouineau et interprétation pour sols calcaires Carence silencieuse en cobalt et transfert trophique sol-plante-microbiome humain : pendant Co du continuum sol-aliment-santé Cascade biophysique — de l'eau à la plante saine (colonne vertébrale du corpus) Filtre mycorhizien ETM : exclusion métaux lourds et sécurité alimentaire Chantier de reconstruction d'un sol sableux structurellement vide — doctrine intégrée Glomaline : glycoprotéine fongique et stockage C profond Eh terrain : sondes redox, gradient mV/cm et méthode in situ Profil sol hydromorphe/organique : redox bas, émissions, gestion de l’eau centrale Racines superficielles / enracinement bloqué Stabilité d’agrégats faible / désagrégation rapide Mésofaune : collemboles et acariens, régulateurs des micro-habitats Bascule paradigme microzones anoxiques : demande biologique vs géométrie de l'agrégat Microsites Biofilms Plastiques biosourcés et/ou biodégradables en fin de vie Hiérarchie des agrégats et co-évolution structure-fonction Complexe argilo-humique (CAH) — passerelle FR ↔ MAOM Cultures associées (intercropping) — principe, complémentarité et conduite Mécanismes-clé des cascades sol-plante-aliment-santé : revue critique des niveaux de support empirique Le carbone inorganique du sol : carbonates pédogéniques, dynamique et bilan carbone Diagnostiquer la santé du sol au champ : indicateurs simples, des fonctions à la décision Les états de l'eau et la biologie du sol Le chiendent comme bioindicateur du compactage La texture du sol : trois grains, une surface, un contenant Les grands axes du sol vivant : un principe-racine, des thèses, des renversements, des débats Raisonner juste sur un sol vivant : cinq réflexes pour ne pas se faire piéger Couvert permanent sous serre : restructurer un sol mort La pédogenèse : comment le vivant fabrique le sol La porosité : l'architecture du vide qui fait respirer le sol L'adsorption : l'interface où le sol retient — et relâche Oxydes de fer et d'aluminium : les surfaces réactives du sol Podzol et toxicité aluminique : le microbiote racinaire au secours du moignon Films IRIS : cartographier les microzones réductrices du sol Mull, Moder, Mor : lire les formes d'humus dans le paradigme du continuum

S2 — Le Microbiome du Sol (100 textes)
Ouverture — le récit du document Microbiome du sol vivant et thermotolérance des plantes Cobalt, Vitamine B12 et Fixation Biologique de l'Azote Protozoaires du Sol et Boucle Microbienne Quorum Sensing et Communication Chimique Rhizosphérique Les Archées du Sol — Un Troisième Domaine Sous-estimé Le Cycle du Fer et les Bactéries Ferro-réductrices Bactéries pourpres non sulfureuses — biofertilisation photosynthétique multi-fonctionnelle Trophobiose — de l excès d azote minéral à la pullulation des ravageurs Micro-organismes efficaces, bokashi, LiFoFer — évaluation empirique des biostimulants fermentés Régulation trophique top-down — de la prédation microbienne à la suppressivité des maladies Cycle de rhizophagie — hypothèse de White 2018, état des preuves et implications Lombriciens — écologie, services et pilotage des populations Priming effect rhizosphérique : de la stimulation microbienne au bilan net carbone Cascade phosphore — du minéral inerte à l'os humain Mémoire microbienne paléoclimatique — héritage 20 000 ans Fermentation lactique : mécanismes biochimiques, conservation et instances praticiennes (KNF, EM, Bokashi, LiFoFer, ferments alimentaires) Capture et culture des microorganismes indigènes : KNF-IMO, JADAM leaf mold, LiFoFer, Micro-Ben, MMS Photofermentation et bactéries phototrophes pourpres non-sulfureuses (PNSB) : Rhodopseudomonas palustris pivot Exclusion compétitive et saturation de niche : suppressive soils, JADAM-JMS prophylactique, biocontrôle par diversité Fermentations enzymatiques sur substrat solide — mécanismes et cas Koji, Natto, Jiuqu, Tempeh Carence silencieuse en cobalt et transfert trophique sol-plante-microbiome humain : pendant Co du continuum sol-aliment-santé Cascade biophysique — de l'eau à la plante saine (colonne vertébrale du corpus) ‘Faim d’azote’ après apport carboné (immobilisation) Antifragilité : stress modéré → diversification de l'hologénome Tests enzymatiques β-glucosidase / phosphatase / uréase : protocoles et seuils Toxicité ferreuse en sols hydromorphes : stress oxydatif, mobilité Cd/As et stratégies AWD Triade Fe/Mo/Co pour la nitrogénase : stoechiométrie micronutritionnelle de la fixation biologique de l'azote Archées Asgard et origine eucaryote : la lignée eucaryote prend ses racines dans le domaine archéen Stabilité d’agrégats faible / désagrégation rapide Mésofaune : collemboles et acariens, régulateurs des micro-habitats KSB et altération biologique des silicates : acidolyse, chélation et synergie AMF-bactéries Bascule paradigme microzones anoxiques : demande biologique vs géométrie de l'agrégat Diversité fongique dual rôle producteur/régulateur : les champignons comme acteurs ambivalents des cycles biogéochimiques Top-down vs bottom-up : doctrine de régulation des communautés microbiennes du sol Bio-indication précoce du microbiome (métabarcoding multi-marqueurs) : détection des dégradations avant manifestation visuelle Quorum Quenching One Health : désarmement enzymatique des pathogènes vs antibiorésistance Synthetic Communities (SynComs) : ingénierie rationnelle de consortia microbiens pour l'agriculture régénérative Scavenging vs Mining : stratégies fongiques d'acquisition des nutriments dans le sol Voies aérobie (cob) et anaérobie (cbi) de biosynthèse de la vitamine B12 : architecture évolutive divergente AOA vs AOB : nitrification archéenne et bactérienne, partage de niche et implications agronomiques Couplage méthane-fer-soufre : des mécanismes archéens aux applications agronomiques Mémoire du sol et auto-régulation suppressive : la dimension transgénérationnelle de la résilience pédologique Capture indigène vs inoculum standardisé : doctrine de l'origine du consortium microbien Microsites Plant diversity drives rhizosphere microbiome Tri-trophic interactions CEP / Trichoderma / soil mites Microbial necromass on the rise Interconnexion des microbiomes entre environnements — conséquences pour la santé humaine et planétaire Chaulage et azote en prairie : interactions sur la minéralisation du carbone Root exudates contribute to belowground ecosystem hotspots: A Comammox Nitrospira et nitrification — réponse à la fertilisation longue durée (Alfisol Nord-Est Chine) Stratégies écologiques microbiennes r/K et Y-A-S — du sol nu au climax Carbon Use Efficiency microbienne — pivot stockage/respiration Points chauds et moments chauds (hot spots, hot moments) — hétérogénéité spatio-temporelle des flux Hiérarchie des agrégats et co-évolution structure-fonction Décomposition des résidus — déterminants C/N, lignine, mode d'apport Dormance microbienne et persisters — banque de semences invisible du sol Virosphère du sol et bactériophages — top-down viral et renouvellement microbien Mycotoxines et chaîne alimentaire — quand le sol vivant brise la chaîne Mesurer la biodiversité du sol — cadre Marcon et nombres de Hill Effet Birch — pulse de minéralisation à la réhumectation des sols Mécanismes-clé des cascades sol-plante-aliment-santé : revue critique des niveaux de support empirique Cycle du soufre : du sol à la santé humaine Diagnostiquer la santé du sol au champ : indicateurs simples, des fonctions à la décision Thé de compost et extrait de compost : mécanismes d'extraction et efficacité réelle Le manganèse, du sol à la plante : redox, photosynthèse et disponibilité Le fer, du sol à la nutrition humaine : disponibilité, chlorose et anémie ferriprive Fertilité auto-entretenue : les fonctions biologiques du sol qui réduisent la dépendance aux intrants de synthèse Les fils rouges du sol vivant — thèses transversales et renversements Les fermentations paysannes : couper l'air, produire l'acide, trier les microbes La transition robuste : une vallée à traverser, quatre âges, trois gestes Les grands axes du sol vivant : un principe-racine, des thèses, des renversements, des débats Le régime fixe les rôles — du sol vivant à la plante saine Le microsite anoxique comme refuge évolutif : conservation du vivant ancestral et innovation génétique à l’abri Effluents d'élevage et antibiotiques vétérinaires : la porte d'entrée du résistome dans le sol Haies, bocage et brise-vent — fonctions sol, lisière et microclimat Silvopastoralisme tempéré — arbre, prairie et animal Pompage nutritif profond et filet de sécurité racinaire Trognes et arbres-ressources — biomasse renouvelable et rôle écologique L'animal dans le cycle de fertilité — déjections, coprophages et couplage culture-élevage La fonction hydraulique de la matière organique humifiée — retenir l'eau au-delà du stock de carbone Test Haney et amorçage épigénétique foliaire — une intersection à explorer Exclusion compétitive : la défense qui n'attaque pas — saturation de niche et résistance d'invasion Transfert horizontal de gènes dans le sol : conjugaison, transformation, transduction et hot spots rhizosphériques Tolérance à la sécheresse médiée par le microbiome — de l'osmolyte au rhizosheath La structuration du microbiome : assemblage, core microbiome et coalescence Le microbiome de la graine : l'héritage microbien de la plante-mère Les rhizobactéries promotrices de croissance (PGPR) : l'armée microbienne de la rhizosphère Les effets de priorité : quand l'ordre d'arrivée fait la communauté La plastisphère : le biofilm microbien des microplastiques du sol La phagothérapie végétale : des bactériophages contre les phytopathogènes La rhizosphère : la zone d'influence où la plante parle au sol L'éthylène : l'hormone gazeuse qui sent la compaction du sol L'ozone troposphérique : un stress oxydant qui atteint le microbiome du sol Podzol et toxicité aluminique : le microbiote racinaire au secours du moignon Battance et croûte de surface : mécanismes, diagnostic et remédiation Couleur du sol : le premier diagnostic par le regard Croûtes biologiques du sol (biocrusts) : la peau vivante qui amorce la pédogenèse Biodiversité et stabilité : produire sous climat non stationnaire

S3 — Le Microbiome Fongique et Mycorhizien (43 textes)
Ouverture — le récit du document Les Champignons Entomopathogènes dans le Sol Microbiome du sol vivant et thermotolérance des plantes Coévolution plante-microbe sur 450 Ma : cadre temps-profond et continuum ami-ennemi Les Strigolactones — Signal Clé du Recrutement Mycorhizien Mycorhizes arbusculaires (AM) et ectomycorhizes (ECM) — Symbiose et Echanges Fonctionnels Agroforesterie tempérée — Fonctions sol et productivité système Azote et légumineuses en agriculture régénératrice — chantier 14 Shift PREF 2026 Champignons entomopathogènes — double identité et lutte par conservation Pompe microbienne à carbone — la nécromasse comme voie dominante de stabilisation du MAOM Réseau mycorhizien commun — controverse Simard vs Karst 2023 Voie oxalate-carbonate — séquestration inorganique du carbone par l agroforesterie tropicale Cascade phosphore — du minéral inerte à l'os humain Cascade biophysique — de l'eau à la plante saine (colonne vertébrale du corpus) Filtre mycorhizien ETM : exclusion métaux lourds et sécurité alimentaire Glomaline : glycoprotéine fongique et stockage C profond Tests enzymatiques β-glucosidase / phosphatase / uréase : protocoles et seuils Holobionte programmable : ingénierie du microbiome plante par cycles de culture rationnels Endophytes ubiquitaires et potentiel pathogène latent Diversité fongique dual rôle producteur/régulateur : les champignons comme acteurs ambivalents des cycles biogéochimiques Récepteurs ancestraux et détournement évolutif (exaptation) : KAI2, le cas-type des Orobanchacées Scavenging vs Mining : stratégies fongiques d'acquisition des nutriments dans le sol Wood Wide Web : critique scientifique du paradigme des réseaux mycorhiziens communs (CMN) Auxotrophie et co-évolution : le virage lipidique CMA-plante comme signature de symbiose obligatoire Voie de symbiose commune (CSSP) : SYMRK, CCaMK, CYCLOPS comme modules universels conservés Voies aérobie (cob) et anaérobie (cbi) de biosynthèse de la vitamine B12 : architecture évolutive divergente Plant diversity drives rhizosphere microbiome Tri-trophic interactions CEP / Trichoderma / soil mites Holobionte rhizosphérique des arbres fruitiers : microbiome, virome et syndrome de replantation Mycorrhiza-mediated competition drives soil C Arbuscular mycorrhiza: advances and retreats in our understanding of the ecologi Cri-pour-secours rhizosphérique — recrutement stress-induit du microbiome Sidérophores — pivot écologique de l'accès au fer Cultures associées (intercropping) — principe, complémentarité et conduite Gestion régénérative des nématodes et biofumigation Mécanismes-clé des cascades sol-plante-aliment-santé : revue critique des niveaux de support empirique Le zinc, du sol à la nutrition humaine : disponibilité, absorption et biofortification Fertilité auto-entretenue : les fonctions biologiques du sol qui réduisent la dépendance aux intrants de synthèse Les fils rouges du sol vivant — thèses transversales et renversements Test Haney et amorçage épigénétique foliaire — une intersection à explorer La plastisphère : le biofilm microbien des microplastiques du sol Hydrophobie du sol (SWR) : quand le sol refuse l'eau Eucalyptus × Pisolithus : installer la vie sur un résidu minier acide

S4 — Le Carbone et les Grands Cycles (110 textes)
Ouverture — le récit du document Microbiome du sol vivant et thermotolérance des plantes Stœchiométrie CNPS de Kirkby et bilan AMG Cobalt, Vitamine B12 et Fixation Biologique de l'Azote Le Soil Continuum Model — Fin du Paradigme de l'Humification Thermodynamique Redox des Sols Amendements minéraux structurants : marnage, chaulage, gypse, poudres de roche et articulation avec la fraction organique Les Archées du Sol — Un Troisième Domaine Sous-estimé Le Cycle du Fer et les Bactéries Ferro-réductrices Les Cycles Couplés C-N-P-S-Fe dans les Sols Le Cycle du Potassium dans les Sols Vivants Fragilité systémique fossile et transition robuste (méthode Shift PREF) Puits de carbone agricoles et forestiers — chantier 19 Shift PREF 2026 Cascade des conséquences — de la parcelle à la biosphère Cascade temporelle — du jour au géologique Bactéries pourpres non sulfureuses — biofertilisation photosynthétique multi-fonctionnelle Plantes bio-indicatrices — lecture visuelle du sol et diagnostic praticien Drilosphère et MAOM — le tube digestif du ver comme bioréacteur de stabilisation du carbone Carences minérales silencieuses — de l appauvrissement du sol à la santé publique Pompe microbienne à carbone — la nécromasse comme voie dominante de stabilisation du MAOM Mode d application des amendements — surface versus incorporation et incidence pédologique Couverts végétaux — design, biomasse et services rendus Excès de carbone fermentescible — odeurs, chauffes et instabilités des compostages Voie oxalate-carbonate — séquestration inorganique du carbone par l agroforesterie tropicale Économie de la régénération — Carbon farming, Label Bas Carbone, paiements pour services écosystémiques Lombriciens — écologie, services et pilotage des populations Biochar : architecte de sol (habitat, CEC, carbone stable) Couplages biogéochimiques Fe-P-S-N sous alternance redox Priming effect rhizosphérique : de la stimulation microbienne au bilan net carbone Compaction — de l'asphyxie racinaire à la maladie chronique végétale Mémoire microbienne paléoclimatique — héritage 20 000 ans Densité nutritionnelle alimentaire — du sol à l'assiette Glycoprotéines fongiques — glomaline et GRSP, pivot de la pompe carbone Métaux lourds — exclusion mycorhizienne et sécurité alimentaire One Health Enhanced Rock Weathering (ERW) — CDR émergent et cation bridging MAOM Bokashi anaérobie vs compostage thermophile : conservation matière organique, pertes azote, empreinte carbone Hydrolyse protéique anaérobie : KNF-FAA, JADAM Fish-JLF, biol cubain et préservation de l'azote organique Solubilisation acide de minéraux insolubles : KNF-WCA/WCP, JADAM phyllite, MMS Paniagua Carence silencieuse en cobalt et transfert trophique sol-plante-microbiome humain : pendant Co du continuum sol-aliment-santé Cascade biophysique — de l'eau à la plante saine (colonne vertébrale du corpus) ‘Faim d’azote’ après apport carboné (immobilisation) Chantier de reconstruction d'un sol sableux structurellement vide — doctrine intégrée Glomaline : glycoprotéine fongique et stockage C profond Eh terrain : sondes redox, gradient mV/cm et méthode in situ Tests enzymatiques β-glucosidase / phosphatase / uréase : protocoles et seuils Toxicité ferreuse en sols hydromorphes : stress oxydatif, mobilité Cd/As et stratégies AWD Triade Fe/Mo/Co pour la nitrogénase : stoechiométrie micronutritionnelle de la fixation biologique de l'azote Profil sol hydromorphe/organique : redox bas, émissions, gestion de l’eau centrale Asphyxie / anaérobie locale (odeurs, horizons réduits) KSB et altération biologique des silicates : acidolyse, chélation et synergie AMF-bactéries BCSR vs SLAN : doctrine équilibre cationique et limites du système Albrecht Bascule paradigme microzones anoxiques : demande biologique vs géométrie de l'agrégat Agroforesterie biominérale tropicale : conception des systèmes oxalogènes pour séquestration C pérenne AOA vs AOB : nitrification archéenne et bactérienne, partage de niche et implications agronomiques Couplage méthane-fer-soufre : des mécanismes archéens aux applications agronomiques Microsites allocation C photosynthétique aux exsudats Silicium — biostimulant Controverses sur le stockage du carbone du sol : trois paradigmes en débat Trade-off plant vs soil C under elevated CO2 Microbial necromass on the rise Mineral protection counteracted by root exudates Mycorrhiza-mediated competition drives soil C Chaulage et azote en prairie : interactions sur la minéralisation du carbone Saturation MAOM et plafond de séquestration carbone Carbon Use Efficiency microbienne — pivot stockage/respiration Points chauds et moments chauds (hot spots, hot moments) — hétérogénéité spatio-temporelle des flux Complexe argilo-humique (CAH) — passerelle FR ↔ MAOM Cultures associées (intercropping) — principe, complémentarité et conduite Effet Birch — pulse de minéralisation à la réhumectation des sols Mécanismes-clé des cascades sol-plante-aliment-santé : revue critique des niveaux de support empirique Cycle du soufre : du sol à la santé humaine Le carbone inorganique du sol : carbonates pédogéniques, dynamique et bilan carbone Le zinc, du sol à la nutrition humaine : disponibilité, absorption et biofortification Le sélénium, du sol à la santé humaine : analogue du soufre à marge étroite L'iode, du sol à la thyroïde humaine : un maillon ténu, une carence évitable Diagnostiquer la santé du sol au champ : indicateurs simples, des fonctions à la décision Le magnésium, du sol à la nutrition humaine : mobilité, antagonismes cationiques et chlorophylle Le bore, du sol à la plante : disponibilité, paroi cellulaire et marge étroite Le manganèse, du sol à la plante : redox, photosynthèse et disponibilité Le cuivre, du sol à la plante : transport électronique, lignification et accumulation Le fer, du sol à la nutrition humaine : disponibilité, chlorose et anémie ferriprive La matière organique du sol : deux carbones, un plafond, une recette La transition robuste : une vallée à traverser, quatre âges, trois gestes Les grands axes du sol vivant : un principe-racine, des thèses, des renversements, des débats Le régime fixe les rôles — du sol vivant à la plante saine Le microsite anoxique comme refuge évolutif : conservation du vivant ancestral et innovation génétique à l’abri Pâturage tournant : broutage, exsudation racinaire et pompe à carbone Thermodynamique des fermentations : énergie libre, cascade d'accepteurs d'électrons et transfert d'hydrogène Haies, bocage et brise-vent — fonctions sol, lisière et microclimat Silvopastoralisme tempéré — arbre, prairie et animal Pompage nutritif profond et filet de sécurité racinaire Trognes et arbres-ressources — biomasse renouvelable et rôle écologique L'animal dans le cycle de fertilité — déjections, coprophages et couplage culture-élevage Lactofermentation : technologie alimentaire ancestrale et successions microbiennes Photofermentation : la photosynthèse sans oxygène — versatilité métabolique des bactéries pourpres Hydrolyse protéique anaérobie : livrer l'azote sans le brûler — du FAA à la frontière putréfaction Solubilisation acide des minéraux : dissoudre la roche comme une racine — du WCA à l'altération biologique Conservation anaérobie : l'acide et l'anoxie contre la déperdition — de l'ensilage au bokashi Co-sélection de l'antibiorésistance par les métaux lourds : cuivre, zinc et pressions croisées au champ Le cycle de l'azote : de la fixation symbiotique à la fuite N₂O Le N₂O et l'inhibition de la nitrification : fermer le robinet, ouvrir le puits Le legacy phosphorus : le gisement enfoui sous nos fermes Les PFAS dans le sol agricole : des polluants éternels à tenir hors du cycle L'adsorption : l'interface où le sol retient — et relâche La biodisponibilité : un nutriment n'existe que s'il est accessible Oxydes de fer et d'aluminium : les surfaces réactives du sol Hydrophobie du sol (SWR) : quand le sol refuse l'eau Films IRIS : cartographier les microzones réductrices du sol La biosphère profonde : la vie habite la roche jusqu'à plusieurs kilomètres

V Vivant

Ouverture — le récit de la strate

V1 — La Faune du Sol (30 textes)
Ouverture — le récit du document Protozoaires du Sol et Boucle Microbienne Gestion Systémique des Nématodes à Galles Coévolution plante-microbe sur 450 Ma : cadre temps-profond et continuum ami-ennemi Trophobiose — de l excès d azote minéral à la pullulation des ravageurs Plantes bio-indicatrices — lecture visuelle du sol et diagnostic praticien Drilosphère et MAOM — le tube digestif du ver comme bioréacteur de stabilisation du carbone Régulation trophique top-down — de la prédation microbienne à la suppressivité des maladies Lombriciens — écologie, services et pilotage des populations Capture et culture des microorganismes indigènes : KNF-IMO, JADAM leaf mold, LiFoFer, Micro-Ben, MMS Photofermentation et bactéries phototrophes pourpres non-sulfureuses (PNSB) : Rhodopseudomonas palustris pivot Cascade biophysique — de l'eau à la plante saine (colonne vertébrale du corpus) Glomaline : glycoprotéine fongique et stockage C profond Mésofaune : collemboles et acariens, régulateurs des micro-habitats Redondance fonctionnelle et résilience coévolutive (H5/DP4) Endophytes ubiquitaires et potentiel pathogène latent Top-down vs bottom-up : doctrine de régulation des communautés microbiennes du sol Bio-indication précoce du microbiome (métabarcoding multi-marqueurs) : détection des dégradations avant manifestation visuelle Récepteurs ancestraux et détournement évolutif (exaptation) : KAI2, le cas-type des Orobanchacées Autodissémination et push-pull insectes : ingénierie comportementale et amplification CEP conductivité hydraulique saturée Carabes vermicompost Gastéropodes terrestres — limaces et escargots, rôles écologiques et régulation dans les agrosystèmes Mesurer la biodiversité du sol — cadre Marcon et nombres de Hill Mécanismes-clé des cascades sol-plante-aliment-santé : revue critique des niveaux de support empirique Les grands axes du sol vivant : un principe-racine, des thèses, des renversements, des débats Nématodes libres du sol : guildes trophiques et indice de maturité de Bongers Couvert permanent sous serre : restructurer un sol mort La serre comme bioréacteur : conduite tropicale et autofertilité

V2 — L'Holobionte Plante-Microbiome (108 textes)
Ouverture — le récit du document Les Champignons Entomopathogènes dans le Sol Microbiome du sol vivant et thermotolérance des plantes Cobalt, Vitamine B12 et Fixation Biologique de l'Azote Diagnostic Différentiel K/Mg/N par pH et EC de la Sève Foliaire Chélation par Acides Aminés — Mécanisme et applications Extrêmes Climatiques et Triangle des Maladies Végétales Quorum Sensing et Communication Chimique Rhizosphérique Coévolution plante-microbe sur 450 Ma : cadre temps-profond et continuum ami-ennemi Les Strigolactones — Signal Clé du Recrutement Mycorhizien Le Priming Immunitaire Végétal — Mémoire Épigénétique de la Défense Mycorhizes arbusculaires (AM) et ectomycorhizes (ECM) — Symbiose et Echanges Fonctionnels L'eau dans le sol vivant — Potentiels, continuum SPAC, résilience hydrique Agroforesterie tempérée — Fonctions sol et productivité système Azote et légumineuses en agriculture régénératrice — chantier 14 Shift PREF 2026 Cascade des conséquences — de la parcelle à la biosphère Champignons entomopathogènes — double identité et lutte par conservation Trophobiose — de l excès d azote minéral à la pullulation des ravageurs Plantes bio-indicatrices — lecture visuelle du sol et diagnostic praticien Réseau mycorhizien commun — controverse Simard vs Karst 2023 Couverts végétaux — design, biomasse et services rendus Cycle de rhizophagie — hypothèse de White 2018, état des preuves et implications Lombriciens — écologie, services et pilotage des populations Éliciteurs biologiques exogènes : chitosane et oligogalacturonides Priming effect rhizosphérique : de la stimulation microbienne au bilan net carbone Cascade phosphore — du minéral inerte à l'os humain Trophobiose Chaboussou — de l'azote minéral à la résistance antimicrobienne Polyphénols — du stress racinaire à la longévité humaine Compaction — de l'asphyxie racinaire à la maladie chronique végétale Mémoire microbienne paléoclimatique — héritage 20 000 ans Densité nutritionnelle alimentaire — du sol à l'assiette Glycoprotéines fongiques — glomaline et GRSP, pivot de la pompe carbone Métaux lourds — exclusion mycorhizienne et sécurité alimentaire One Health Hydrolyse protéique anaérobie : KNF-FAA, JADAM Fish-JLF, biol cubain et préservation de l'azote organique Photofermentation et bactéries phototrophes pourpres non-sulfureuses (PNSB) : Rhodopseudomonas palustris pivot Hydrolyse osmotique par sucre concentré : KNF-FPJ, FFJ, OHN — extraction de sève et de phytochimie sans cuisson Exclusion compétitive et saturation de niche : suppressive soils, JADAM-JMS prophylactique, biocontrôle par diversité Phyto-protection JADAM : tensio-actif potassique JWA et polysulfure germicide JS (lime-sulfur sans chaux) Fermentations enzymatiques sur substrat solide — mécanismes et cas Koji, Natto, Jiuqu, Tempeh Carence silencieuse en cobalt et transfert trophique sol-plante-microbiome humain : pendant Co du continuum sol-aliment-santé Cascade biophysique — de l'eau à la plante saine (colonne vertébrale du corpus) Filtre mycorhizien ETM : exclusion métaux lourds et sécurité alimentaire Antifragilité : stress modéré → diversification de l'hologénome Holobionte programmable : ingénierie du microbiome plante par cycles de culture rationnels Triade Fe/Mo/Co pour la nitrogénase : stoechiométrie micronutritionnelle de la fixation biologique de l'azote Endophytes ubiquitaires et potentiel pathogène latent Brix réfractomètre : seuils opérationnels et interprétation agronomique Agroforesterie biominérale tropicale : conception des systèmes oxalogènes pour séquestration C pérenne Diversité fongique dual rôle producteur/régulateur : les champignons comme acteurs ambivalents des cycles biogéochimiques Synthetic Communities (SynComs) : ingénierie rationnelle de consortia microbiens pour l'agriculture régénérative Récepteurs ancestraux et détournement évolutif (exaptation) : KAI2, le cas-type des Orobanchacées Scavenging vs Mining : stratégies fongiques d'acquisition des nutriments dans le sol Wood Wide Web : critique scientifique du paradigme des réseaux mycorhiziens communs (CMN) Auxotrophie et co-évolution : le virage lipidique CMA-plante comme signature de symbiose obligatoire Voie de symbiose commune (CSSP) : SYMRK, CCaMK, CYCLOPS comme modules universels conservés Modèle brésilien FBN soja : enseignements et limites d'une transition continentale réussie ET ambivalente Immunité végétale et ingénierie de la résistance Autodissémination et push-pull insectes : ingénierie comportementale et amplification CEP RNAi exogène HIGS et SIGS : silencing génique ciblé pour le biocontrôle de précision Capture indigène vs inoculum standardisé : doctrine de l'origine du consortium microbien allocation C photosynthétique aux exsudats Silicium — biostimulant Plant diversity drives rhizosphere microbiome Tri-trophic interactions CEP / Trichoderma / soil mites Holobionte rhizosphérique des arbres fruitiers : microbiome, virome et syndrome de replantation CEP endophytes du maïs : potentiel larvicide et biocontrôle Mycorrhiza-mediated competition drives soil C Interconnexion des microbiomes entre environnements — conséquences pour la santé humaine et planétaire Chaulage et azote en prairie : interactions sur la minéralisation du carbone Arbuscular mycorrhiza: advances and retreats in our understanding of the ecologi Priming immunitaire des plantes : du déclenchement à la mémoire transgénérationnelle PTI/ETI — architecture de l'immunité innée végétale (Jones-Dangl) Cri-pour-secours rhizosphérique — recrutement stress-induit du microbiome Sidérophores — pivot écologique de l'accès au fer Diaphonie jasmonate-salicylate — régulateur hormonal de la défense végétale Voie phénylpropanoïde-shikimate — bouclier inductible des polyphénols Cultures associées (intercropping) — principe, complémentarité et conduite Dormance microbienne et persisters — banque de semences invisible du sol Virosphère du sol et bactériophages — top-down viral et renouvellement microbien Gestion régénérative des nématodes et biofumigation Mécanismes-clé des cascades sol-plante-aliment-santé : revue critique des niveaux de support empirique Cycle du soufre : du sol à la santé humaine Le zinc, du sol à la nutrition humaine : disponibilité, absorption et biofortification Le sélénium, du sol à la santé humaine : analogue du soufre à marge étroite L'iode, du sol à la thyroïde humaine : un maillon ténu, une carence évitable Le magnésium, du sol à la nutrition humaine : mobilité, antagonismes cationiques et chlorophylle Le bore, du sol à la plante : disponibilité, paroi cellulaire et marge étroite Le manganèse, du sol à la plante : redox, photosynthèse et disponibilité Le cuivre, du sol à la plante : transport électronique, lignification et accumulation Le fer, du sol à la nutrition humaine : disponibilité, chlorose et anémie ferriprive Les états de l'eau et la biologie du sol Les grands axes du sol vivant : un principe-racine, des thèses, des renversements, des débats Raisonner juste sur un sol vivant : cinq réflexes pour ne pas se faire piéger Le régime fixe les rôles — du sol vivant à la plante saine Agriculture syntropique : succession dirigée et stratification Pâturage tournant : broutage, exsudation racinaire et pompe à carbone Test Haney et amorçage épigénétique foliaire — une intersection à explorer Extraction osmotique : la chimie douce du sucre concentré — de la plasmolyse au FPJ Hydrolyse protéique anaérobie : livrer l'azote sans le brûler — du FAA à la frontière putréfaction Exclusion compétitive : la défense qui n'attaque pas — saturation de niche et résistance d'invasion Tolérance à la sécheresse médiée par le microbiome — de l'osmolyte au rhizosheath Le microbiome de la graine : l'héritage microbien de la plante-mère La phagothérapie végétale : des bactériophages contre les phytopathogènes La rhizosphère : la zone d'influence où la plante parle au sol L'éthylène : l'hormone gazeuse qui sent la compaction du sol Podzol et toxicité aluminique : le microbiote racinaire au secours du moignon L'holobionte ingénieur de sa niche : quand le vivant installe ses conditions (riz noyé, biocroûtes) Croûtes biologiques du sol (biocrusts) : la peau vivante qui amorce la pédogenèse

V3 — Les Fermentations Microbiennes (27 textes)
Ouverture — le récit du document Rhodopseudomonas palustris — Culture et Applications Agricoles Le Priming Immunitaire Végétal — Mémoire Épigénétique de la Défense L'axe intestin-sol — Fibres, prébiotiques et fermentations alimentaires Bactéries pourpres non sulfureuses — biofertilisation photosynthétique multi-fonctionnelle Micro-organismes efficaces, bokashi, LiFoFer — évaluation empirique des biostimulants fermentés Excès de carbone fermentescible — odeurs, chauffes et instabilités des compostages Polyphénols — du stress racinaire à la longévité humaine Fermentation lactique : mécanismes biochimiques, conservation et instances praticiennes (KNF, EM, Bokashi, LiFoFer, ferments alimentaires) Bokashi anaérobie vs compostage thermophile : conservation matière organique, pertes azote, empreinte carbone Fermentation acétique : KNF-BRV (Brown Rice Vinegar), précurseur des extractions minérales Fermentations enzymatiques sur substrat solide — mécanismes et cas Koji, Natto, Jiuqu, Tempeh Cascade biophysique — de l'eau à la plante saine (colonne vertébrale du corpus) RNAi exogène HIGS et SIGS : silencing génique ciblé pour le biocontrôle de précision vermicompost Biofumigation — chimie volatile des glucosinolates et suppressivité Mécanismes-clé des cascades sol-plante-aliment-santé : revue critique des niveaux de support empirique Le rumen comme bioréacteur : fermentation anaérobie, guildes microbiennes et méthane Les fermentations paysannes : couper l'air, produire l'acide, trier les microbes Raisonner juste sur un sol vivant : cinq réflexes pour ne pas se faire piéger Thermodynamique des fermentations : énergie libre, cascade d'accepteurs d'électrons et transfert d'hydrogène Lactofermentation : technologie alimentaire ancestrale et successions microbiennes Photofermentation : la photosynthèse sans oxygène — versatilité métabolique des bactéries pourpres Fermentation acétique : l'oxydation incomplète qui conserve — du vin au vinaigre au WCA Solubilisation acide des minéraux : dissoudre la roche comme une racine — du WCA à l'altération biologique Conservation anaérobie : l'acide et l'anoxie contre la déperdition — de l'ensilage au bokashi Microbiomes de la transformation et conservation alimentaires — de la ferme à l'assiette

P Pratiques

Ouverture — le récit de la strate

P1 — Diagnostic du Sol Vivant (50 textes)
Ouverture — le récit du document Stœchiométrie CNPS de Kirkby et bilan AMG Diagnostic Différentiel K/Mg/N par pH et EC de la Sève Foliaire Gestion Systémique des Nématodes à Galles Quorum Sensing et Communication Chimique Rhizosphérique Amendements minéraux structurants : marnage, chaulage, gypse, poudres de roche et articulation avec la fraction organique Le Cycle du Potassium dans les Sols Vivants Biochar, Chitosane et Extraits d'Algues — Biostimulants Sous-couverts Plantes bio-indicatrices — lecture visuelle du sol et diagnostic praticien Mode d application des amendements — surface versus incorporation et incidence pédologique Excès de carbone fermentescible — odeurs, chauffes et instabilités des compostages Régulation trophique top-down — de la prédation microbienne à la suppressivité des maladies Lombriciens — écologie, services et pilotage des populations Biochar : architecte de sol (habitat, CEC, carbone stable) Éliciteurs biologiques exogènes : chitosane et oligogalacturonides Couplages biogéochimiques Fe-P-S-N sous alternance redox Priming effect rhizosphérique : de la stimulation microbienne au bilan net carbone Compaction — de l'asphyxie racinaire à la maladie chronique végétale Enhanced Rock Weathering (ERW) — CDR émergent et cation bridging MAOM Calcaire actif — protocole Drouineau et interprétation pour sols calcaires Fermentations enzymatiques sur substrat solide — mécanismes et cas Koji, Natto, Jiuqu, Tempeh Carence silencieuse en cobalt et transfert trophique sol-plante-microbiome humain : pendant Co du continuum sol-aliment-santé Cascade biophysique — de l'eau à la plante saine (colonne vertébrale du corpus) ‘Faim d’azote’ après apport carboné (immobilisation) Chantier de reconstruction d'un sol sableux structurellement vide — doctrine intégrée Eh terrain : sondes redox, gradient mV/cm et méthode in situ Tests enzymatiques β-glucosidase / phosphatase / uréase : protocoles et seuils Toxicité ferreuse en sols hydromorphes : stress oxydatif, mobilité Cd/As et stratégies AWD Asphyxie / anaérobie locale (odeurs, horizons réduits) Racines superficielles / enracinement bloqué Stabilité d’agrégats faible / désagrégation rapide Faim d'azote comme outil agronomique : déprise adventice et sélection de cortège Brix réfractomètre : seuils opérationnels et interprétation agronomique BCSR vs SLAN : doctrine équilibre cationique et limites du système Albrecht Top-down vs bottom-up : doctrine de régulation des communautés microbiennes du sol Bio-indication précoce du microbiome (métabarcoding multi-marqueurs) : détection des dégradations avant manifestation visuelle Immunité végétale et ingénierie de la résistance Mémoire du sol et auto-régulation suppressive : la dimension transgénérationnelle de la résilience pédologique Silicium — biostimulant Mesurer la biodiversité du sol — cadre Marcon et nombres de Hill Mécanismes-clé des cascades sol-plante-aliment-santé : revue critique des niveaux de support empirique Le chiendent comme bioindicateur du compactage Les grands axes du sol vivant : un principe-racine, des thèses, des renversements, des débats Raisonner juste sur un sol vivant : cinq réflexes pour ne pas se faire piéger Nématodes libres du sol : guildes trophiques et indice de maturité de Bongers Test Haney et amorçage épigénétique foliaire — une intersection à explorer Couvert permanent sous serre : restructurer un sol mort La serre comme bioréacteur : conduite tropicale et autofertilité Odeurs du sol : la signature olfactive du sol vivant Couleur du sol : le premier diagnostic par le regard

P2 — Agriculture de Conservation (53 textes)
Ouverture — le récit du document Microbiome du sol vivant et thermotolérance des plantes Stœchiométrie CNPS de Kirkby et bilan AMG Thermodynamique Redox des Sols Amendements minéraux structurants : marnage, chaulage, gypse, poudres de roche et articulation avec la fraction organique Coévolution plante-microbe sur 450 Ma : cadre temps-profond et continuum ami-ennemi Biochar, Chitosane et Extraits d'Algues — Biostimulants Sous-couverts Agriculture de Conservation en Climat Méditerranéen et Tropical Azote et légumineuses en agriculture régénératrice — chantier 14 Shift PREF 2026 Puits de carbone agricoles et forestiers — chantier 19 Shift PREF 2026 Cascade temporelle — du jour au géologique Trophobiose — de l excès d azote minéral à la pullulation des ravageurs Drilosphère et MAOM — le tube digestif du ver comme bioréacteur de stabilisation du carbone Pompe microbienne à carbone — la nécromasse comme voie dominante de stabilisation du MAOM Mode d application des amendements — surface versus incorporation et incidence pédologique Couverts végétaux — design, biomasse et services rendus Érosion historique des civilisations — du labour ancien au Dust Bowl, leçons contemporaines Lombriciens — écologie, services et pilotage des populations Biochar : architecte de sol (habitat, CEC, carbone stable) Éliciteurs biologiques exogènes : chitosane et oligogalacturonides Priming effect rhizosphérique : de la stimulation microbienne au bilan net carbone Thermorégulation édaphique — le sol vivant comme tampon climatique local Compaction — de l'asphyxie racinaire à la maladie chronique végétale Enhanced Rock Weathering (ERW) — CDR émergent et cation bridging MAOM Cascade biophysique — de l'eau à la plante saine (colonne vertébrale du corpus) Chantier de reconstruction d'un sol sableux structurellement vide — doctrine intégrée Toxicité ferreuse en sols hydromorphes : stress oxydatif, mobilité Cd/As et stratégies AWD Holobionte programmable : ingénierie du microbiome plante par cycles de culture rationnels Faim d'azote comme outil agronomique : déprise adventice et sélection de cortège Redondance fonctionnelle et résilience coévolutive (H5/DP4) Axe sucre simple → dysbiose intestinale → maladie cardiométabolique Mémoire du sol et auto-régulation suppressive : la dimension transgénérationnelle de la résilience pédologique Lutte intégrée bio-mimétique 4 piliers : cadre stratégique unifié pour la gestion des bioagresseurs conductivité hydraulique saturée allocation C photosynthétique aux exsudats Carabes Agronomic and environmental effect of soil conservation management practices in field crops production : Crop yield and soil carbon and nitrogen dynamics Chaulage et azote en prairie : interactions sur la minéralisation du carbone Termination des couverts — leviers mécaniques, biologiques et thermiques Mélanges multi-espèces de couverts — complémentarité fonctionnelle Cultures associées (intercropping) — principe, complémentarité et conduite Architecture racinaire — levier de design agronomique Décomposition des résidus — déterminants C/N, lignine, mode d'apport Biofumigation — chimie volatile des glucosinolates et suppressivité Allélopathie en agriculture régénérative — chimie inter-spécifique Gastéropodes terrestres — limaces et escargots, rôles écologiques et régulation dans les agrosystèmes Mécanismes-clé des cascades sol-plante-aliment-santé : revue critique des niveaux de support empirique Les fils rouges du sol vivant — thèses transversales et renversements Le chiendent comme bioindicateur du compactage La transition robuste : une vallée à traverser, quatre âges, trois gestes Couvert permanent sous serre : restructurer un sol mort Récolte de l'eau de ruissellement : techniques de captation du runoff et régénération des sols dégradés en zones arides (zaï, demi-lunes, banquettes, jessour) Odeurs du sol : la signature olfactive du sol vivant

P3 — Biostimulants et Fermentations Appliquées (61 textes)
Ouverture — le récit du document Les Champignons Entomopathogènes dans le Sol Rhodopseudomonas palustris — Culture et Applications Agricoles Chélation par Acides Aminés — Mécanisme et applications Fixation Biologique de l'Azote — Le Modèle Brésilien Gestion Systémique des Nématodes à Galles Coévolution plante-microbe sur 450 Ma : cadre temps-profond et continuum ami-ennemi Azote et légumineuses en agriculture régénératrice — chantier 14 Shift PREF 2026 Champignons entomopathogènes — double identité et lutte par conservation Bactéries pourpres non sulfureuses — biofertilisation photosynthétique multi-fonctionnelle Micro-organismes efficaces, bokashi, LiFoFer — évaluation empirique des biostimulants fermentés Mode d application des amendements — surface versus incorporation et incidence pédologique Excès de carbone fermentescible — odeurs, chauffes et instabilités des compostages Régulation trophique top-down — de la prédation microbienne à la suppressivité des maladies Cycle de rhizophagie — hypothèse de White 2018, état des preuves et implications Trophobiose Chaboussou — de l'azote minéral à la résistance antimicrobienne Fermentation lactique : mécanismes biochimiques, conservation et instances praticiennes (KNF, EM, Bokashi, LiFoFer, ferments alimentaires) Capture et culture des microorganismes indigènes : KNF-IMO, JADAM leaf mold, LiFoFer, Micro-Ben, MMS Bokashi anaérobie vs compostage thermophile : conservation matière organique, pertes azote, empreinte carbone Hydrolyse protéique anaérobie : KNF-FAA, JADAM Fish-JLF, biol cubain et préservation de l'azote organique Hydrolyse osmotique par sucre concentré : KNF-FPJ, FFJ, OHN — extraction de sève et de phytochimie sans cuisson Solubilisation acide de minéraux insolubles : KNF-WCA/WCP, JADAM phyllite, MMS Paniagua Fermentation acétique : KNF-BRV (Brown Rice Vinegar), précurseur des extractions minérales Phyto-protection JADAM : tensio-actif potassique JWA et polysulfure germicide JS (lime-sulfur sans chaux) Fermentations enzymatiques sur substrat solide — mécanismes et cas Koji, Natto, Jiuqu, Tempeh Carence silencieuse en cobalt et transfert trophique sol-plante-microbiome humain : pendant Co du continuum sol-aliment-santé Cascade biophysique — de l'eau à la plante saine (colonne vertébrale du corpus) Holobionte programmable : ingénierie du microbiome plante par cycles de culture rationnels Triade Fe/Mo/Co pour la nitrogénase : stoechiométrie micronutritionnelle de la fixation biologique de l'azote Faim d'azote comme outil agronomique : déprise adventice et sélection de cortège Redondance fonctionnelle et résilience coévolutive (H5/DP4) KSB et altération biologique des silicates : acidolyse, chélation et synergie AMF-bactéries BCSR vs SLAN : doctrine équilibre cationique et limites du système Albrecht Quorum Quenching One Health : désarmement enzymatique des pathogènes vs antibiorésistance Synthetic Communities (SynComs) : ingénierie rationnelle de consortia microbiens pour l'agriculture régénérative Modèle brésilien FBN soja : enseignements et limites d'une transition continentale réussie ET ambivalente Souveraineté azote-fertilisation : l'autonomie nationale face à la dépendance Haber-Bosch AOA vs AOB : nitrification archéenne et bactérienne, partage de niche et implications agronomiques Couplage méthane-fer-soufre : des mécanismes archéens aux applications agronomiques Immunité végétale et ingénierie de la résistance Autodissémination et push-pull insectes : ingénierie comportementale et amplification CEP Lutte intégrée bio-mimétique 4 piliers : cadre stratégique unifié pour la gestion des bioagresseurs RNAi exogène HIGS et SIGS : silencing génique ciblé pour le biocontrôle de précision Capture indigène vs inoculum standardisé : doctrine de l'origine du consortium microbien vermicompost Toward a Sustainable Agriculture Through Plant Biostimulants CEP endophytes du maïs : potentiel larvicide et biocontrôle Chaulage et azote en prairie : interactions sur la minéralisation du carbone Gestion régénérative des nématodes et biofumigation Thé de compost et extrait de compost : mécanismes d'extraction et efficacité réelle Fertilité auto-entretenue : les fonctions biologiques du sol qui réduisent la dépendance aux intrants de synthèse Les fermentations paysannes : couper l'air, produire l'acide, trier les microbes Effluents d'élevage et antibiotiques vétérinaires : la porte d'entrée du résistome dans le sol Couvert permanent sous serre : restructurer un sol mort La serre comme bioréacteur : conduite tropicale et autofertilité Lactofermentation : technologie alimentaire ancestrale et successions microbiennes Extraction osmotique : la chimie douce du sucre concentré — de la plasmolyse au FPJ Fermentation acétique : l'oxydation incomplète qui conserve — du vin au vinaigre au WCA Hydrolyse protéique anaérobie : livrer l'azote sans le brûler — du FAA à la frontière putréfaction Conservation anaérobie : l'acide et l'anoxie contre la déperdition — de l'ensilage au bokashi Eau douce, épuration et sol — valoriser les biomasses aquatiques comme amendements

P4 — Agroforesterie et Systèmes Pérennes (17 textes)
Ouverture — le récit du document Agriculture de Conservation en Climat Méditerranéen et Tropical L'eau dans le sol vivant — Potentiels, continuum SPAC, résilience hydrique Agroforesterie tempérée — Fonctions sol et productivité système Puits de carbone agricoles et forestiers — chantier 19 Shift PREF 2026 Cascade temporelle — du jour au géologique Réseau mycorhizien commun — controverse Simard vs Karst 2023 Voie oxalate-carbonate — séquestration inorganique du carbone par l agroforesterie tropicale Thermorégulation édaphique — le sol vivant comme tampon climatique local Enhanced Rock Weathering (ERW) — CDR émergent et cation bridging MAOM Cascade biophysique — de l'eau à la plante saine (colonne vertébrale du corpus) Agroforesterie biominérale tropicale : conception des systèmes oxalogènes pour séquestration C pérenne Holobionte rhizosphérique des arbres fruitiers : microbiome, virome et syndrome de replantation Cultures associées (intercropping) — principe, complémentarité et conduite Architecture racinaire — levier de design agronomique Agriculture syntropique : succession dirigée et stratification Pâturage tournant : broutage, exsudation racinaire et pompe à carbone

P5 — La Transition (24 textes)
Ouverture — le récit du document La transition agroécologique — Barrières systémiques et leviers de diffusion Fragilité systémique fossile et transition robuste (méthode Shift PREF) Cascade des conséquences — de la parcelle à la biosphère Économie de la régénération — Carbon farming, Label Bas Carbone, paiements pour services écosystémiques Cascade des coûts cachés — du direct au civilisationnel Bokashi anaérobie vs compostage thermophile : conservation matière organique, pertes azote, empreinte carbone Carence silencieuse en cobalt et transfert trophique sol-plante-microbiome humain : pendant Co du continuum sol-aliment-santé Cascade biophysique — de l'eau à la plante saine (colonne vertébrale du corpus) Antifragilité : stress modéré → diversification de l'hologénome Souveraineté azote-fertilisation : l'autonomie nationale face à la dépendance Haber-Bosch Lutte intégrée bio-mimétique 4 piliers : cadre stratégique unifié pour la gestion des bioagresseurs Toward a Sustainable Agriculture Through Plant Biostimulants Du sol à la santé : agriculture régénérative, qualité alimentaire et nutrition Regenerative agriculture for sustainable crop productivity: A comprehensive Termination des couverts — leviers mécaniques, biologiques et thermiques Du baril à l'assiette : fragilité systémique de l'alimentation fossile Fertilité auto-entretenue : les fonctions biologiques du sol qui réduisent la dépendance aux intrants de synthèse La transition robuste : une vallée à traverser, quatre âges, trois gestes Les grands axes du sol vivant : un principe-racine, des thèses, des renversements, des débats Raisonner juste sur un sol vivant : cinq réflexes pour ne pas se faire piéger La serre comme bioréacteur : conduite tropicale et autofertilité L'ozone troposphérique : un stress oxydant qui atteint le microbiome du sol Biodiversité et stabilité : produire sous climat non stationnaire

H Humain

Ouverture — le récit de la strate

H1 — Sol, Alimentation et Santé Humaine (49 textes)
Ouverture — le récit du document Mycobiome Intestinal et Axe Gut-Brain Fongique L'assiette et le sol — Densité nutritionnelle, UPF et cohortes biologiques Cascade des conséquences — de la parcelle à la biosphère Carences minérales silencieuses — de l appauvrissement du sol à la santé publique Couplages biogéochimiques Fe-P-S-N sous alternance redox Cascade phosphore — du minéral inerte à l'os humain Trophobiose Chaboussou — de l'azote minéral à la résistance antimicrobienne Polyphénols — du stress racinaire à la longévité humaine Densité nutritionnelle alimentaire — du sol à l'assiette Métaux lourds — exclusion mycorhizienne et sécurité alimentaire One Health Enhanced Rock Weathering (ERW) — CDR émergent et cation bridging MAOM Esclaves énergétiques en agriculture : coût fossile réel et substitution régénérative Fermentations enzymatiques sur substrat solide — mécanismes et cas Koji, Natto, Jiuqu, Tempeh Carence silencieuse en cobalt et transfert trophique sol-plante-microbiome humain : pendant Co du continuum sol-aliment-santé Filtre mycorhizien ETM : exclusion métaux lourds et sécurité alimentaire Archées Asgard et origine eucaryote : la lignée eucaryote prend ses racines dans le domaine archéen Axe sucre simple → dysbiose intestinale → maladie cardiométabolique Brix réfractomètre : seuils opérationnels et interprétation agronomique Quorum Quenching One Health : désarmement enzymatique des pathogènes vs antibiorésistance Du sol à la santé : agriculture régénérative, qualité alimentaire et nutrition Interconnexion des microbiomes entre environnements — conséquences pour la santé humaine et planétaire Chaulage et azote en prairie : interactions sur la minéralisation du carbone Cultures associées (intercropping) — principe, complémentarité et conduite Hypothèse des vieux amis et biodiversité — exposition microbienne et maturation immunitaire Pesticides → AMR + inflammation low-grade — voie indirecte agrochimie/santé Exposome chimique alimentaire et microbiote — additifs, résidus, perturbateurs Mycotoxines et chaîne alimentaire — quand le sol vivant brise la chaîne Du baril à l'assiette : fragilité systémique de l'alimentation fossile Mécanismes-clé des cascades sol-plante-aliment-santé : revue critique des niveaux de support empirique Cycle du soufre : du sol à la santé humaine Le zinc, du sol à la nutrition humaine : disponibilité, absorption et biofortification Le sélénium, du sol à la santé humaine : analogue du soufre à marge étroite L'iode, du sol à la thyroïde humaine : un maillon ténu, une carence évitable Le magnésium, du sol à la nutrition humaine : mobilité, antagonismes cationiques et chlorophylle Le manganèse, du sol à la plante : redox, photosynthèse et disponibilité Le cuivre, du sol à la plante : transport électronique, lignification et accumulation Le fer, du sol à la nutrition humaine : disponibilité, chlorose et anémie ferriprive Le régime fixe les rôles — du sol vivant à la plante saine Les fermentations paysannes : couper l'air, produire l'acide, trier les microbes Les grands axes du sol vivant : un principe-racine, des thèses, des renversements, des débats Raisonner juste sur un sol vivant : cinq réflexes pour ne pas se faire piéger Le régime fixe les rôles — du sol vivant à la plante saine Test Haney et amorçage épigénétique foliaire — une intersection à explorer La serre comme bioréacteur : conduite tropicale et autofertilité Lactofermentation : technologie alimentaire ancestrale et successions microbiennes Du sol à la clinique : preuves du continuum environnemental de l'antibiorésistance (One Health) La biodisponibilité : un nutriment n'existe que s'il est accessible Microbiomes de la transformation et conservation alimentaires — de la ferme à l'assiette

H2 — Le Microbiome Intestinal (20 textes)
Ouverture — le récit du document Mycobiome Intestinal et Axe Gut-Brain Fongique L'assiette et le sol — Densité nutritionnelle, UPF et cohortes biologiques L'axe intestin-sol — Fibres, prébiotiques et fermentations alimentaires Cascade des conséquences — de la parcelle à la biosphère Carences minérales silencieuses — de l appauvrissement du sol à la santé publique Trophobiose Chaboussou — de l'azote minéral à la résistance antimicrobienne Polyphénols — du stress racinaire à la longévité humaine Densité nutritionnelle alimentaire — du sol à l'assiette Carence silencieuse en cobalt et transfert trophique sol-plante-microbiome humain : pendant Co du continuum sol-aliment-santé Filtre mycorhizien ETM : exclusion métaux lourds et sécurité alimentaire Axe sucre simple → dysbiose intestinale → maladie cardiométabolique AGCC (butyrate, propionate, acétate) — pivot moléculaire fibres → immunité Hypothèse des vieux amis et biodiversité — exposition microbienne et maturation immunitaire Exposome chimique alimentaire et microbiote — additifs, résidus, perturbateurs Mécanismes-clé des cascades sol-plante-aliment-santé : revue critique des niveaux de support empirique Le rumen comme bioréacteur : fermentation anaérobie, guildes microbiennes et méthane Les grands axes du sol vivant : un principe-racine, des thèses, des renversements, des débats Le régime fixe les rôles — du sol vivant à la plante saine Lactofermentation : technologie alimentaire ancestrale et successions microbiennes

H3 — La Résistance Antimicrobienne (11 textes)
Ouverture — le récit du document AMR et Résistome du Sol Cascade des conséquences — de la parcelle à la biosphère Trophobiose Chaboussou — de l'azote minéral à la résistance antimicrobienne Pesticides → AMR + inflammation low-grade — voie indirecte agrochimie/santé Mécanismes-clé des cascades sol-plante-aliment-santé : revue critique des niveaux de support empirique Effluents d'élevage et antibiotiques vétérinaires : la porte d'entrée du résistome dans le sol La bioprécipitation : quand le vivant fait pleuvoir Transfert horizontal de gènes dans le sol : conjugaison, transformation, transduction et hot spots rhizosphériques Co-sélection de l'antibiorésistance par les métaux lourds : cuivre, zinc et pressions croisées au champ Du sol à la clinique : preuves du continuum environnemental de l'antibiorésistance (One Health)