Les Archées du Sol — Un Troisième Domaine Sous-estimé

La classification actuelle repose sur quatre super-groupes majeurs, identifiés grâce au recouvrement de génomes sans culture préalable en laboratoire (Méheust et al., 2022) :

• EuryarchaeotaPhylum majeur et diversifié du domaine des Archaea comprenant des lignées cultivées capables de s'adapter à des habitats extrêmement variés, des sols agricoles aux environnements hypersalins ou anaérobies (León-Lorenzana et al., 2017; Wang et al., 2020). Ce groupe inclut des organismes clés pour les cycles biogéochimiques, notamment tous les méthanogènes connus, ainsi que des halophiles extrêmes et des thermophiles (Wang et al., 2020; Wehking et al., 2018) → Vocabulaire : Le groupe le plus étudié, incluant les méthanogènes essentiels aux processus de dégradation anaérobie et les halophiles (Weiland-Bräuer, 2023),(2022).
• Super-groupe TACK : Acronyme regroupant les Thaumarchaeota (impliquées dans la nitrification), les Aigarchaeota, les Crenarchaeota et les Korarchaeota (Méheust et al., 2022). Ce groupe est également désigné sous le terme de Proteoarchaeota (Méheust et al., 2022).
• Archées Asgard : Découvertes récemment, elles comprennent des lignées telles que les Lokiarchaeota et les Thorarchaeota (Sun, 2025). Elles revêtent une importance évolutive majeure car elles possèdent un répertoire étendu de protéines de signature eucaryote, suggérant que les eucaryotes sont issus de cette lignée archéenne (Yao et al., 2023).
• Clade DPANN : Un groupe diversifié (incluant Diapherotrites, Parvarchaeota, Aenigmarchaeota, Nanoarchaeota) caractérisé par des génomes de petite taille et des capacités métaboliques souvent limitées, suggérant des modes de vie symbiotiques ou parasitaires (Méheust et al., 2022 ; Weiland-Bräuer, 2023).

L'application des techniques indépendantes de la culture a démontré que les archées ne sont pas confinées aux milieux extrêmes (2022). Elles sont omniprésentes dans la biosphère, des sédiments marinsAccumulations de particules minérales et organiques déposées sur le plancher océanique. Les sédiments marins constituent le plus vaste puits de carbone de la planète et abritent une biodiversité microbienne encore largement méconnue. Leur composition en carbonates en fait des archives essentielles pour la reconstruction paléoclimatique et les modèles prédictifs du cycle du carbone. → Vocabulaire profonds aux systèmes d'eau douce continentaux ; ces derniers apparaissant comme l'un des plus grands réservoirs de diversité archéenne, encore largement inexplorés (Noyer et al., 2023).
Dans les écosystèmes terrestres, les archées, par leur abondance et leur polyvalence métabolique, pilotent des cycles biogéochimiques cruciaux, notamment ceux du carbone, de l'azote et du soufre (Zou et al., 2025). Cette expansion de la diversité redéfinit non seulement notre vision de l'arbre de la vie, mais souligne également l'impact critique des archées sur le fonctionnement global des écosystèmes et la régulation du climat (Bar-On et al., 2018).

Le processus de nitrification par les AOA repose sur l'oxydation de l'ammoniacForme gazeuse ou dissoute (sous forme d'ammonium NH₄⁺) de l'azote inorganique, produite par la minéralisation de la matière organique ou la fixation biologique de l'azote atmosphérique (Bender et al., 2016; Bottomley et al., 2012) → Vocabulaire (NH₃) en nitrite (NO₂⁻), une étape limitante pilotée par l'enzyme ammoniac monooxygénase (Biller et al., 2012 ; Wright & Lehtovirta-Morley, 2023). Des recherches récentes soulignent des différences biochimiques fondamentales avec les bactéries :

• Intermédiaire clé : Contrairement aux bactéries, le monoxyde d'azote est un intermédiaire essentiel et obligatoire du catabolisme chez les AOA, comme l'illustre l'inhibition de la croissance de Nitrososphaera viennensis par les piégeurs de NO (Kozlowski et al., 2016).
• Affinité et efficacité : Les AOA possèdent une affinité pour l'ammoniac bien plus élevée que celle des AOB (constante de Michaelis Kₘ nettement plus basse), ce qui leur permet de prospérer dans des environnements oligotrophes ou à très faible disponibilité en azote (Peigang et al., 2021).
• Polyvalence métabolique : Certaines lignées, telles que Candidatus Nitrosocosmicus, démontrent une capacité à utiliser l'urée, leur permettant de s'adapter à diverses sources d'azote organique dans les sols (Alves et al., 2019).

L'abondance des AOA est souvent utilisée comme un indicateur de la dynamique des nutriments dans les sols :

• Sols acides et forestiers : Les AOA dominent largement la nitrification dans les sols au pH inférieur à 6, où l'activité des AOB est souvent inhibée (Lei et al., 2022).
• Impact climatique : Les AOA génèrent du protoxyde d'azote (N₂O) par des réactions abiotiques résultant de la "fuite" d'intermédiaires azotés (comme le NO) pendant l'oxydation, contrairement aux AOB qui le produisent par voie enzymatique (Kozlowski et al., 2016).
• Sensibilité thermique : Des études récentes sur les lignées arctiques montrent que l'augmentation des températures stimule l'activité des AOA, suggérant un rôle accru dans les cycles de l'azote des régions polaires en réponse au réchauffement climatique (Alves et al., 2019).

L'intégration des AOA dans les stratégies de gestion des cultures devient cruciale pour améliorer l'efficacité de l'utilisation de l'azote :

• Réponse aux fertilisants : Si les fertilisants synthétiques massifs favorisent généralement les AOB (stratèges K), les apports organiques et les systèmes à intrants modérés maintiennent des communautés d'AOA actives et résilientes. (Allegrini et al., 2021 ; Bhaduri et al., 2022)
• Inhibiteurs de nitrification : L'efficacité des inhibiteurs classiques (ex. : DCD, DMPP) varie entre les AOA et les AOB, des informations précieuses pour adapter les traitements au microbiome spécifique du sol (Beeckman et al., 2022).
• Indicateur de fertilité : Une abondance élevée d'archées oxydant l'ammoniacForme gazeuse ou dissoute (sous forme d'ammonium NH₄⁺) de l'azote inorganique, produite par la minéralisation de la matière organique ou la fixation biologique de l'azote atmosphérique (Bender et al., 2016; Bottomley et al., 2012) → Vocabulaire (AOA) contribue à la nitrification, en particulier dans les sols acides (Sun, 2025).

Pendant des décennies, la capacité méthanogène a été considérée comme l'apanage exclusif du phylum EuryarchaeotaPhylum majeur et diversifié du domaine des Archaea comprenant des lignées cultivées capables de s'adapter à des habitats extrêmement variés, des sols agricoles aux environnements hypersalins ou anaérobies (León-Lorenzana et al., 2017; Wang et al., 2020). Ce groupe inclut des organismes clés pour les cycles biogéochimiques, notamment tous les méthanogènes connus, ainsi que des halophiles extrêmes et des thermophiles (Wang et al., 2020; Wehking et al., 2018) → Vocabulaire (Cheng et al., 2023). Cependant, des analyses métagénomiques récentes ont radicalement élargi cet horizon :

• Nouvelles lignées méthanogènes : La présence du complexe enzymatique méthyl-coenzyme M réductase, signature de la méthanogenèse, a été identifiée dans plusieurs lignées non-euryarchéennes, notamment les Verstraetearchaeota (désormais Methanomethylicales), les Korarchaeia et les Nitrososphaeria (anciennement Thaumarchaeota) (Ou et al., 2022).
• Spécialisations fonctionnelles : Tandis que les méthanogènes classiques utilisent principalement l'hydrogène et le CO₂ ou l'acétate, des lignées comme les Verstraetearchaeia semblent être des méthanogènes méthylotrophes dépendants de l'H₂, ce qui remet en question notre compréhension du cycle global du carbone (Cheng et al., 2023).
• Distinction MCR/ACR : Il est désormais crucial de distinguer les enzymes MCR (impliquées dans la méthanogenèse) des enzymes ACR (alkyle-coenzyme M réductases), identifiées chez les Helarchaeota, qui activent des alcanes à chaîne courte plutôt que la production de méthane (Lyu et al., 2022).

Le flux global de méthaneGaz à effet de serre (CH₄) produit principalement en agriculture par la fermentation entérique des ruminants et la décomposition de la matière organique dans des conditions anoxiques (sols de rizières, zones inondées) (Smith et al., 2007; Soussana & Cellier, 2008). Bien qu'une partie soit oxydée en CO₂ dans les couches superficielles, il constitue une source majeure de GES d'origine agricole (Garnier et al., 2011; Soussana et al., 2006) → Vocabulaire est dominé par deux voies métaboliques majeures dont les contributions relatives ont été récemment précisées :

• Méthanogenèse acétotrophe : Prédominante dans les systèmes d'eau douce et côtiers, elle représente environ 67 % des émissions annuelles de CH₄ (Konhauser et al., 2025). Les genres tels que Methanosarcina et Methanosaeta en sont les principaux moteurs (Ngo, 2022).
• Méthanogenèse hydrogénotrophe : Commune dans les sédiments marins profonds et le tube digestif des animaux, elle contribue à environ 30-33 % des émissions globales (Konhauser et al., 2025).
• Méthanogenèse méthylotrophe : Bien qu'estimée à moins de 5 % des émissions, son rôle pourrait être sous-estimé car une grande partie du méthane marin est consommée par des archées oxydant le méthane avant d'atteindre l'atmosphère (Konhauser et al., 2025).

Importance historique et écologique des métaux traces :

• Le rôle pivot du Nickel : L'enzyme MCR contient du nickel (Glass & Hörst, 2025), un élément qui a façonné l'évolution des méthanogènesArchées productrices de méthane (CH₄) en conditions strictement anoxiques (Eh < -200 mV), voie métabolique terminale de la dégradation anaérobie de la MO. Domaine Archaea, groupes Euryarchaeota. Actives dans les microsites anoxiques profonds, les zones humides et les digesteurs anaérobies. Indicateurs de conditions réductrices extrêmes. Le méthane est un GES 28× plus puissant que le CO₂. → Vocabulaire (Konhauser et al., 2025). Les méthanogènes de "Classe II" émergent comme les contributeurs majeurs aux émissions actuelles (>70 % du flux global) et semblent particulièrement bien adaptés aux environnements modernes limités en nickel (Konhauser et al., 2025).
• Niches écologiques : Ces archées colonisent une vaste gamme de biotopes anoxiques, des sédiments marins aux rizières, en passant par les décharges et le microbiome des ruminants (Volmer et al., 2023). Leur activité dépend de la disponibilité des substrats produits par les bactéries fermentatrices amont.

Le méthaneGaz à effet de serre (CH₄) produit principalement en agriculture par la fermentation entérique des ruminants et la décomposition de la matière organique dans des conditions anoxiques (sols de rizières, zones inondées) (Smith et al., 2007; Soussana & Cellier, 2008). Bien qu'une partie soit oxydée en CO₂ dans les couches superficielles, il constitue une source majeure de GES d'origine agricole (Garnier et al., 2011; Soussana et al., 2006) → Vocabulaire est le deuxième gaz à effet de serre le plus important après le CO₂ (Glass & Hörst, 2025). Son impact est tel que des baisses brutales de sa concentration atmosphérique, comme lors de la Grande Oxydation il y a 2,4 à 2,3 milliards d'années, ont déclenché des glaciations majeures (Thanwerdas, 2021).

• Rizicultures et zones humides : Les rizières saturées émettent entre 30 et 50 Tg de CH₄ par an (Fatma, 2021). Le levier principal reste le drainage périodique (mid-season drainage), qui interrompt la méthanogenèse en réintroduisant de l'oxygène, réduisant les émissions de 20 à 77 % (Perry et al., 2024).
• Évolution des émissions : Dans un futur désoxygéné, les modèles prédisent une nouvelle augmentation des concentrations de CH₄ atmosphérique, soulignant la sensibilité des archées méthanogènes aux changements d'oxydoréduction globaux (Glass & Hörst, 2025).

La découverte majeure de ces dernières années concerne la capacité de certaines archéesTroisième domaine du vivant, distincts des bactéries et des eucaryotes. Dans les sols, les archées jouent des rôles clés : Thaumarchaeota (nitrification en sols acides), Euryarchaeota (méthanogenèse en zones humides). Représentent 1-5% des procaryotes du sol mais parfois dominants dans les microsites anoxiques. → Vocabulaire à pratiquer le transfert d'électrons extracellulaire, un mécanisme permettant d'échanger des électrons avec des accepteurs solides comme les oxydes de fer (Zhang et al., 2023).

• Rôle des cytochromes multi-hémiques : Des études récentes sur Methanosarcina acetivorans et Ca. Methanoperedens nitroreducens ont démontré que ces archées utilisent des cytochromes de type c localisés à leur surface pour réduire les métaux (Holmes et al., 2022 ; Zhang et al., 2023). Chez M. acetivorans, la suppression du gène codant pour le cytochrome MmcA élimine toute capacité de transfert d'électrons vers le fer métallique (Holmes et al., 2022).
• Respiration dissimilatrice : Le fer ferrique (Fe) sert d'accepteur terminal d'électrons pour une grande diversité de lignées, y compris des méthanogènes comme Methanosarcina barkeri, qui réduit le fer dans des conditions proches de l'état naturel, influençant ainsi la stabilité des oxydes de fer dans les sédiments méthanogènes (Dong et al., 2021).

L'oxydation anaérobie du méthane par les archéesTroisième domaine du vivant, distincts des bactéries et des eucaryotes. Dans les sols, les archées jouent des rôles clés : Thaumarchaeota (nitrification en sols acides), Euryarchaeota (méthanogenèse en zones humides). Représentent 1-5% des procaryotes du sol mais parfois dominants dans les microsites anoxiques. → Vocabulaire méthanotrophes est désormais reconnue comme directement couplée à la réduction du fer et du soufre, un processus crucial pour limiter les émissions de méthane (Cai et al., 2022 ; Merino et al., 2022).

• Couplage Fe-AOM : Des lignées comme Ca. Methanoperedens peuvent coupler l'oxydation du méthane à la réduction de la ferrihydrite sur de longues périodes (plus de 500 jours documentés), illustrant une niche écologique distincte de la méthanotrophie dépendante du nitrate (Cai et al., 2022).
• Couplage Soufre-AOM : Les communautés syntrophiques entre archées ANME-2 et bactéries sulfato-réductrices (ex: Desulfobulbaceae) sont les moteurs principaux de la consommation de méthane dans les sédiments marins (Gao et al., 2022 ; Krause et al., 2023). Le transfert d'électrons inter-espèces est facilité par des nanofils ou des cytochromes (Merino et al., 2022 ; Zhang et al., 2023), permettant une minéralisation efficace du soufre.

Les avancées génomiques ont révélé des capacités de transformation du soufreÉlément nutritif essentiel pour la croissance des plantes, constitutif des acides aminés (cystéine, méthionine), des vitamines, des cofacteurs et des ponts disulfures des protéines (Narayan et al., 2022). Bien que présent majoritairement sous forme organique dans le sol, il est principalement absorbé par les racines sous forme de sulfate (SO₄²−) via des transporteurs spécifiques (Narayan et al., 2022; Scherer, 2009). Il joue un rôle crucial dans la tolérance au stress via la synthèse de molécules de signalisation et de défense comme le glutathion et les phytochélatines (Fuentes-Lara et al., 2019; Sharma et al., 2024) → Vocabulaire bien plus étendues que prévu, notamment au sein des superphyla récemment découverts :

• Archées Asgard et TACK : Des gènes de réduction du sulfate et du thiosulfate ont été identifiés chez les Thorarchaeota, suggérant leur implication active dans les cycles intermédiaires du soufre. Le métabolisme du soufre, incluant son oxydation et sa réduction, est une caractéristique physiologique importante des Sulfolobales (Liu et al., 2021).
• Réduction de la pyrite : De manière surprenante, il a été démontré que certaines archées méthanogènes anaérobies peuvent dissoudre par réduction la pyrite (FeS₂), le sulfure de fer le plus abondant, pour assimiler le fer et le soufre. Ce processus, qui ne nécessite pas toujours un contact direct grâce à des navettes d'électrons, souligne la labilité des minéraux sulfurés face au métabolisme archéen (Boyd & Payne, 2025).

Ces couplages biogéochimiques ont des conséquences concrètes :

• Atténuation climatique : Près de 80% du méthane marin est consommé par les archéesTroisième domaine du vivant, distincts des bactéries et des eucaryotes. Dans les sols, les archées jouent des rôles clés : Thaumarchaeota (nitrification en sols acides), Euryarchaeota (méthanogenèse en zones humides). Représentent 1-5% des procaryotes du sol mais parfois dominants dans les microsites anoxiques. → Vocabulaire anaérobies oxydant le méthane avant qu'il n'atteigne l'atmosphère (Konhauser et al., 2025).
• Corrosion microbiologique : Les archées méthanogènes comme Methanosarcina acetivorans catalysent le transfert direct d'électrons du métal au microbe pour soutenir la production de méthane, un mécanisme impliquant des cytochromes de surface (Holmes et al., 2022).
• Remédiation : Certaines ANME possèdent des gènes de réduction de l'arséniate (As (V)), suggérant un potentiel de couplage entre l'oxydation du méthane et la détoxification de métalloïdes dans les aquifères pollués (Slobodkin et al., 2023).

Les recherches récentes confirment que le pH, la température et la salinité sont les trois variables maîtresses dictant la spécialisation des niches :

• Le binôme pH/Température : Dans les environnements géothermaux, une étude de 2024 portant sur près de 3 000 génomes montre que le pH est le principal facteur corrélé à la composition et à la fonction archéenne pour les températures inférieures à 80 °C (Qi et al., 2024). Au-delà de ce seuil (70-80 °C), la température reprend son rôle de moteur dominant (Qi et al., 2024). On observe une partition nette entre les niches acides (pH 2-5) et neutres (pH 6-8) (Qi et al., 2024).
• La salinité comme filtre sélectif : Dans les systèmes salins continentaux et côtiers, la salinité explique la majeure partie de la variation des populations (Menéndez-Serra et al., 2020). Par exemple, les archées oxydant l'ammoniacForme gazeuse ou dissoute (sous forme d'ammonium NH₄⁺) de l'azote inorganique, produite par la minéralisation de la matière organique ou la fixation biologique de l'azote atmosphérique (Bender et al., 2016; Bottomley et al., 2012) → Vocabulaire montrent une tolérance spécifique allant jusqu'à 10 % de salinité, avec une abondance maximale proche des concentrations marines (3 %) (Menéndez-Serra et al., 2020).
• Oxygène et Redox : Dans les estuaires et les mangroves, les gradients d'oxygène et de salinité segmentent l'espace écologique selon la polyvalence physiologique des différents phylums (2022). Les zones anoxiques favorisent les archées méthanogènes (Delepouve, 2023), tandis que les zones d'interface (oxiques-anoxiques) sont des niches pour les AOA et des archées méthanotrophes (2022).

Au-delà des contraintes physiques, la niche écologique est définie par le statut redox des donneurs d'électrons et la disponibilité de la matière organique (Teske et al., 2021) :

• Différenciation des niches méthanotrophes : Des études de 2022 et 2023 révèlent une spécialisation fine au sein des archées consommatrices de méthane. Par exemple, Ca. MethanoperedensGenre d'archées méthanotrophes anaérobies (groupe ANME-2d) jouant un rôle crucial dans l'oxydation anaérobie du méthane (Bell et al., 2022). Elles possèdent la capacité unique de coupler cette oxydation à la réduction de divers accepteurs d'électrons, tels que le nitrate ou les oxydes de manganèse, reliant ainsi les cycles du carbone et des métaux (Bell et al., 2022; Leu et al., 2020). → Vocabulaire nitroreducens (dépendant du nitrate) est progressivement remplacé par Ca. Methanoperedens ferrireducens dans les niches où les oxydes de fer sont l'accepteur d'électrons dominant, illustrant une ségrégation spatiale basée sur la ressource terminale (Cai et al., 2022).
• Sédiments et eaux douces : Les habitats d'eau douce continentaux émergent comme l'un des plus grands réservoirs de diversité archéenne (Noyer et al., 2023), mais les réseaux de communautés complexes et les activités métaboliques élevées sont observés dans les environnements du sol par rapport aux biofilms d'eau douce ou aux eaux estuariennes (Wang et al., 2020).

L'organisation des communautés archéennes dépend également de relations biologiques directes (compétition, prédation, parasitisme, symbiose ou mutualisme) (2022) :

• Syntrophie : La niche des méthanogènesArchées productrices de méthane (CH₄) en conditions strictement anoxiques (Eh < -200 mV), voie métabolique terminale de la dégradation anaérobie de la MO. Domaine Archaea, groupes Euryarchaeota. Actives dans les microsites anoxiques profonds, les zones humides et les digesteurs anaérobies. Indicateurs de conditions réductrices extrêmes. Le méthane est un GES 28× plus puissant que le CO₂. → Vocabulaire est intrinsèquement liée à celle des bactéries fermentatrices qui leur fournissent l'acétate et l'H₂ nécessaires à leur survie (Ngo, 2022)
• Dispersion et théorie du neutre : Bien que la niche (sélection environnementale) domine, la petite taille des archées et leur forte abondance les soumettent également à des processus de dispersion passive (vent, courants), particulièrement en milieu marin, ce qui peut parfois moduler les patrons de distribution attendus par la seule chimie du milieu (Yan et al., 2018)

La distribution spatiale des archéesTroisième domaine du vivant, distincts des bactéries et des eucaryotes. Dans les sols, les archées jouent des rôles clés : Thaumarchaeota (nitrification en sols acides), Euryarchaeota (méthanogenèse en zones humides). Représentent 1-5% des procaryotes du sol mais parfois dominants dans les microsites anoxiques. → Vocabulaire devient un outil diagnostique pour l'agronomie :

• Rapport AOA/AOB : Une prédominance d'AOA signale généralement des niches oligotrophes ou acides, souvent associées à une fertilisation azotée organique ou modérée (Farooq et al., 2022).
• Abondance des méthanogènes : Leur présence massive dans les couches saturées et anaérobies des rizières implique que le drainage périodique (réintroduction d'oxygène) peut perturber leur niche (Delepouve, 2023).
  En somme, les archées ne sont pas seulement présentes partout ; elles occupent des micro-niches ultra-spécialisées où elles optimisent l'utilisation de l'énergie disponible, faisant d'elles des sentinelles précises des changements environnementaux et climatiques (Noyer et al., 2023 ; Teske et al., 2021).

Les archéesTroisième domaine du vivant, distincts des bactéries et des eucaryotes. Dans les sols, les archées jouent des rôles clés : Thaumarchaeota (nitrification en sols acides), Euryarchaeota (méthanogenèse en zones humides). Représentent 1-5% des procaryotes du sol mais parfois dominants dans les microsites anoxiques. → Vocabulaire associées aux plantes (phytobiomes) agissent comme des « auxiliaires microscopiques » via plusieurs mécanismes biochimiques (Wang et al., 2024) :

• Production d'hormones : Des études récentes ont démontré que certaines archées, comme Sulfolobus acidocaldarius, sécrètent de l'acide indole-acétique, une auxine clé, à des concentrations jusqu'à mille fois supérieures à celles mesurées dans les extraits végétaux (Ventura et al., 2024).
• Solubilisation des nutriments : Des lignées du genre Haloferax et d'autres archées halophiles facilitent la solubilisation du phosphore et la production de sidérophores, améliorant ainsi la biodisponibilité du fer et du phosphore dans la rhizosphère (Selim et al., 2022).
• Inoculants microbiens : L'utilisation d'archées comme bio-fertilisants montre des résultats prometteurs sur des cultures majeures comme le maïs et le blé en améliorant la croissance et l'absorption des nutriments (Naitam et al., 2023 ; Selim et al., 2022).

L'une des applications les plus critiques concerne la protection des cultures contre les stress environnementaux croissants : (Naitam et al., 2023)

• Tolérance à la salinité : Les archées halophilesMicro-organismes nécessitant la présence de sel pour leur croissance optimale, se déclinant en trois catégories : faiblement halophiles (1 à 6 %), modérés (3 à 15 %) et extrêmes (15 à 30 %) (Lefebvre, 2005). Pour survivre aux fortes pressions osmotiques, ils accumulent des solutés organiques compatibles ou produisent des protéines acides spécifiques (DasSarma & DasSarma, 2012, 2017) → Vocabulaire isolées de milieux hypersalins peuvent tolérer jusqu'à 4,5 M de sel et leur inoculation dans la rhizosphère de cultivars de blé ou de maïs aide les plantes à maintenir leur équilibre osmotique et à limiter ses effets toxiques (Naitam et al., 2023).
• Résistance aux métaux lourds : Certaines lignées d'archées halophiles sont capables d'éliminer des métaux toxiques grâce à leur métabolisme, protégeant ainsi la chaîne alimentaire (Martínez-Espinosa, 2024).

L'ingénierie du microbiome archéen permet d'affiner la gestion de la fertilité des sols (Selim et al., 2022):

• Efficacité d'utilisation de l'azote : En favorisant les AOA par des pratiques de fertilisation organique, les pertes sont limitées par lixiviation et les émissions de N₂O, car les AOA présentent une affinité pour l'azote nettement plus élevée que les bactéries nitrifiantes classiques (Hei et al., 2023 ; Xu et al., 2021).
• Diagnostic moléculaire : L'abondance des archéesTroisième domaine du vivant, distincts des bactéries et des eucaryotes. Dans les sols, les archées jouent des rôles clés : Thaumarchaeota (nitrification en sols acides), Euryarchaeota (méthanogenèse en zones humides). Représentent 1-5% des procaryotes du sol mais parfois dominants dans les microsites anoxiques. → Vocabulaire (notamment les Nitrososphaeraceae) est désormais utilisée comme bio-indicateur de la santé des sols (Wilhelm et al., 2023).

Les capacités métaboliques uniques des archéesTroisième domaine du vivant, distincts des bactéries et des eucaryotes. Dans les sols, les archées jouent des rôles clés : Thaumarchaeota (nitrification en sols acides), Euryarchaeota (méthanogenèse en zones humides). Représentent 1-5% des procaryotes du sol mais parfois dominants dans les microsites anoxiques. → Vocabulaire sont exploitées pour restaurer des sols dégradés ou pollués (Berde & Berde, 2022) :

• Dégradation des hydrocarbures : Les archées peuvent décomposer des composés organiques complexes, tels que les phénols ou le pétrole brut, même dans des conditions de forte salinité ou d'acidité extrême où les bactéries échouent (Martínez-Espinosa, 2024).
• Restauration des cycles biogéochimiques : En participant au cycle du soufre (par exemple : réduction de la pyrite), les archées facilitent la réhabilitation fonctionnelle de sites miniers ou de sols anciennement contaminés par des effluents industriels (Boyd & Payne, 2025).
  En conclusion, l'intégration des archées dans les systèmes agronomiques modernes représente une frontière scientifique majeure. Elle offre des solutions biosourcées pour réduire la dépendance aux engrais chimiques tout en augmentant la productivité et la résilience des cultures face au changement climatique (Ventura et al., 2024 ; Wang et al., 2024).