Méthanogènes

Les méthanogènes sont des archées du phylum Euryarchaeota qui synthétisent du méthane (CH₄) en anaérobiose stricte (Eh < –200 mV). Ils occupent la dernière position de la succession thermodynamique des accepteurs d'électrons : après épuisement de l'oxygène, des nitrates, des oxydes de fer et des sulfates, ils transforment le CO₂ (voie hydrogénotrophe) ou l'acétate (voie acétotrophe) issus des fermentations amont. Dans le continuum sol-plante-microbiome, ces micro-organismes colonisent les microsites anoxiques – profondeurs, agrégats saturés, rhizosphère de plantes inondées – où la matière organique particulaire (POM) et les exsudats racinaires alimentent leur métabolisme. Ils ferment ainsi le cycle du carbone en produisant un gaz à effet de serre que les méthanotrophes oxydent à l'interface oxygénée. Leur activité s'inscrit dans le modèle AMG : la méthanogénèse ralentit le retour du carbone au CO₂ et influence la stabilisation organo-minérale. Elle interagit avec le cycle de l'azote (compétition avec la dénitrification pour les donneurs d'électrons) et celui du phosphore (libération de phosphates en conditions réductrices). En milieu calcaire, le CO₂ coproduit module l'équilibre des carbonates pédogéniques. Ainsi, les méthanogènes, indicateurs d'un statut rédox avancé, sont un maillon clé de la dynamique du carbone organique, orientant le devenir de la matière organique vers la minéralisation gazeuse ou vers la constitution de matière organique associée aux minéraux (MAOM).