Fiche #194 Réfs. académiques (67) Doc(s) : V2 · H1

Interconnexion des microbiomes entre environnements — conséquences pour la santé humaine et planétaire

L'émergence du paradigme One Health a transformé notre compréhension de la santé humaine, non plus comme un état isolé, mais comme le résultat d'une interdépendance profonde avec les écosystèmes animaux et environnementaux. Au cœur de cette synergie se trouvent les microbiomes, dont l'intégration dans les politiques de santé mondiale et les systèmes agricoles sera officialisée lors du sommet One Health World Microbiome Partnership en juin 2025 (Affagard et al., 2026). Ce tournant scientifique propose le microbiome comme un "nexus" stratégique permettant d'aligner les interventions de santé publique avec la durabilité écologique (Drobne et al., 2026).

Le continuum microbien : Du sol à l'humain

Le sol est aujourd'hui identifié comme le réservoir primaire ou la "banque de semences microbiennes" de la biosphère (Ma et al., 2025). Il héberge environ 25 % de la biodiversité totale de la Terre, et structure les communautés microbiennes qui colonisent ensuite les plantes (rhizosphère et phyllosphère) (Ma et al., 2025). La santé de tous les organismes d'un écosystème est ainsi interconnectée par le cycle des communautés microbiennes circulant de l'environnement vers les plantes et les humains, avant de retourner au sol (Tarnowski et al., 2023).

Transmission et diversité alimentaire

L'alimentation constitue l'un des principaux vecteurs de cette interconnectivité. Des études récentes en métagénomique ont démontré que :

Transfert direct : La consommation de fruits et légumes frais introduit des millions de cellules bactériennes (jusqu'à 100 millions pour une seule pomme) dans le tube digestif humain (Sessitsch et al., 2023).
Contribution à la diversité : Les microbes dérivés des aliments représentent environ 3 % de la diversité du microbiome intestinal chez l'adulte (Carlino et al., 2024). Bien que présents en faible abondance, ces taxons environnementaux (tels que les Enterobacterales et Lactobacillales) enrichissent le répertoire fonctionnel de l'hôte, notamment pour la production de vitamines et d'acides gras à chaîne courte (Wicaksono et al., 2023).
Similitudes taxonomiques : Le microbiome intestinal humain et celui du sol partagent plusieurs phyla majeurs, dont les Bacillota, Bacteroidota et Pseudomonadota — bien que leurs dominances relatives diffèrent fortement entre les deux écosystèmes (le sol étant plutôt dominé par Pseudomonadota, Acidobacteriota et Actinomycetota, l'intestin par Bacillota et Bacteroidota) —, ce qui souligne une parenté de fond plutôt qu'une composition identique (Duarte et al., 2024).

Impact sur l'immunité et la résilience

L'exposition à la biodiversité microbienne environnementale, particulièrement durant la petite enfance, est cruciale pour le développement d'une "immunité naturelle" (Ma et al., 2025).

Mémoire moléculaire : Le contact direct avec le sol et les environnements naturels facilite la reconnaissance rapide des organismes pathogènes et favorise la différenciation des populations de cellules T régulatrices (Ma et al., 2025).
Résilience immunologique : L'ingestion de micro-organismes liés au sol soutient la stabilité du microbiote intestinal et protège contre les maladies inflammatoires chroniques non transmissibles, de plus en plus prévalentes dans les sociétés urbanisées où cette connexion est rompue (Roslund et al., 2024 ; Sun et al., 2023).
En résumé, la transition d'une approche focalisée uniquement sur les risques (pathogènes et résistance aux antibiotiques) vers une reconnaissance des bénéfices de la transmission microbienne est essentielle (Sessitsch et al., 2023). Cette vision holistique impose de repenser la gestion des sols et les pratiques agricoles non seulement pour la productivité, mais aussi comme un levier fondamental de la santé immunitaire globale (Ma et al., 2025 ; Mattoo & Suman, 2023).

Résumé

Cette étude démontre que la santé humaine est intrinsèquement liée à un continuum microbien s'étendant du sol aux systèmes biologiques complexes. L'analyse des recherches récentes (2023-2026) révèle que l'altération des microbiomes environnementaux constitue une menace majeure, tout en offrant des leviers de régénération inédits.
1. Un continuum microbien menacé L'interconnexion entre le sol, les plantes et l'humain forme un axe vital de transfert de diversité microbienne et de nutriments (Lyamin et al., 2024). Cependant, l'intensification agricole et l'urbanisation ont rompu ce cycle, entraînant une « déficience de nature » qui favorise les maladies inflammatoires et allergiques conformément aux hypothèses sur la biodiversité et celles des « vieux amis » (Rook, 2023 ; Haahtela et al., 2024). Le sol et la chaîne alimentaire agissent également comme des vecteurs de gènes de résistance aux antibiotiques, soulignant l'urgence d'une gestion intégrée de la santé (Zhang et al., 2023).
2. Vers une transition systémique La restauration de la santé publique passe par une transformation radicale des modèles de production et de sécurité suivants :

Agriculture régénérative : Bien que le nombre d'exploitations agricoles engagées dans cette voie reste faible, l'agriculture régénérative est essentielle pour restaurer le microbiome du sol, séquestrer le carbone et garantir la sécurité nutritionnelle (Hermans et al., 2023 ; Rosier et al., 2025).
Technologies de précision : Le passage à des décontaminations ciblées (bactériophages, méthodes non thermiques) permet de cibler les pathogènes tout en préservant le microbiote bénéfique (Tazi, 2025).
Gouvernance mondiale : Des initiatives comme FoodSafeR et l'intégration des microbiomes dans le cadre One Health visent à passer d'une gestion réactive à une surveillance prédictive des risques microbiens à l'échelle planétaire (Affagard et al., 2026 ; Leslie et al., 2025).
3. La doctrine du « Humicrobe » L'étude conclut à la nécessité d'adopter une doctrine régénérative où l'humain est perçu comme un « holobionte étendu » (Vega, 2024). La santé ne peut plus être gérée de manière isolée ; elle dépend d'une « intendance microbienne » (microbial stewardship) globale visant à protéger les microbiomes comme une infrastructure vitale pour la résilience des écosystèmes et de l'humanité (Choudoir et al., 2025 ; Zhou et al., 2024).
Ce document souligne que la préservation de la diversité microbienne est un enjeu central de la biologie moderne pour assurer une durabilité sociale et biologique (Zhou et al., 2024).

Cadre One Health

Concept et limites de causalité

L'approche One Health a récemment évolué pour positionner les microbiomes comme un « nexus » stratégique reliant la santé humaine, animale et environnementale (Drobne et al., 2026). Bien que le plan d'action conjoint One Health (2022-2026) des Nations Unies reconnaisse cette interdépendance, l'intégration opérationnelle de la science des microbiomes reste un défi majeur (Martiny et al., 2025).
L'un des principaux obstacles réside dans le passage de la corrélation à la causalité. Si le partage de souches entre les domaines est avéré, la démonstration que des microbes environnementaux colonisent durablement l'hôte humain — plutôt que d'y transiter simplement — nécessite des approches multi-omiques et des modèles prédictifs avancés (Law et al., 2024 ; Muhummed et al., 2025). De plus, des débats méthodologiques subsistent sur l'interprétation des données de métagénomique, suggérant que certains liens entre microbiome et santé pourraient être surestimés sans une standardisation rigoureuse des indicateurs de stabilité et de résilience (Drobne et al., 2026 ; Pitt & Gunn, 2024).

Microbiome du sol : Le réservoir primaire

Le microbiome du sol est désormais décrit comme la « banque de semences microbiennes » de la planète, abritant au moins 25 % de la biodiversité totale de la Terre (Ma et al., 2025). Quantitativement, la diversité des espèces dans le sol surpasse celle de l'intestin humain d'un facteur 10, bien que le nombre de cellules actives par gramme (environ 10⁹) soit comparable (Dietert, 2023).
Ce réservoir primaire assure des fonctions critiques :

Régulation des pathogènes : Un sol sain et diversifié agit comme une barrière naturelle contre la prolifération des gènes de résistance aux antibiotiques, limitant leur dissémination vers la chaîne alimentaire (Klümper et al., 2024).
Source de colonisation : Le sol structure le microbiome des plantes (rhizosphère), qui sert ensuite de médiateur vers l'intestin humain (Ma et al., 2025).
Services écosystémiques : Il régule le cycle des nutriments et la séquestration du carbone, conditions sine qua non de la sécurité nutritionnelle mondiale (Law et al., 2024).

Microbiomes interconnectés

L'interconnexion des microbiomes repose sur un flux continu de micro-organismes à travers les écosystèmes. La recherche montre que les phyla bactériens qui dominent l'intestin des mammifères sont également les acteurs clés associés aux racines des plantes, soulignant une unité biologique profonde (Pitt & Gunn, 2024).
Cette connectivité s'exprime à travers plusieurs dimensions :

Transfert par l'alimentation : Les microbes associés aux fruits et légumes frais peuvent intégrer le microbiome intestinal, contribuant ainsi à sa diversité fonctionnelle, notamment pour la production de vitamines et d'acides gras à chaîne courte (Wicaksono et al., 2023).
Exposition environnementale : La proximité avec des environnements naturels (forêts, jardins) facilite la diversification du microbiote humain par contact direct ou inhalation de poussières biologiquement actives (Dietert, 2023 ; Larsen & Burgwal, 2021).
Santé circulaire : La santé d'un compartiment influence directement les autres ; par exemple, une perte de biodiversité dans les sols urbains est corrélée à une augmentation des maladies inflammatoires chez les populations humaines locales, illustrant la rupture de cette chaîne de transmission (Larsen & Burgwal, 2021 ; Pitt & Gunn, 2024).

Sol → plante

Rhizosphère et sélection active

La rhizosphère constitue un "point chaud" d'activité microbienne où les plantes ne sont pas des réceptacles passifs, mais des acteurs qui recrutent activement des taxons spécifiques (Fleishman et al., 2022). La production d'exsudats racinaires et de dépôts organiques pilote ce processus en servant de signaux métaboliques pour attirer ou repousser certains microorganismes (Fleishman et al., 2022). Les recherches récentes démontrent que ce recrutement est codéfini par le génotype de l'hôte et son statut de domestication ; par exemple, la domestication du blé a considérablement modifié la diversité fongique et les fonctions métaboliques de la rhizosphère par rapport aux lignées sauvages (Yue et al., 2023). L'ingénierie de cette sélection, via la modification des schémas d'exsudation, ouvre des perspectives pour améliorer la performance des cultures tout en stabilisant un microbiome bénéfique (González-Guzmán et al., 2021).

Endophytes et risques de phytonose

Au-delà de la surface racinaire, les microorganismes colonisent les tissus internes des plantes en tant qu'endophytes, migrant de la rhizosphère vers l'endosphère (Sessitsch et al., 2023). Si la majorité de ces interactions sont mutualistes, facilitant l'absorption des nutriments et la résistance au stress, il existe un continuum "parasite-mutualiste" complexe (Lengrand et al., 2024). Certaines bactéries endophytes peuvent agir comme des agents pathogènes opportunistes pour l'homme ou des contaminants environnementaux et nécessitent une évaluation de leur sécurité (Kumari et al., 2022). Ces "phytonoses" potentielles, incluant des souches comme Escherichia coli ou Salmonella capables de survivre dans les cultures post-récolte, soulignent la nécessité d'une étude plus approfondie de ces agents pathogènes (Black et al., 2021). Les technologies de séquençage de pointe, notamment le séquençage par nanopores, permettent désormais un diagnostic rapide et direct de ces pathogènes sans étape d'amplification préalable (Afridi et al., 2022).

Microbiote alimentaire et gestion des risques

La qualité et la sécurité microbiologique des aliments dépendent directement de la santé du microbiome du sol (Bertola et al., 2021). Une gestion systémique, ou "microbial stewardship", est essentielle pour maintenir la continuité écologique entre le sol et le microbiote intestinal humain (Schloter & Schulz, 2025). La gestion moderne des risques s'appuie sur l'intégration des technologies "omiques" (métagénomique, métabolomique) pour surveiller les réseaux microbiens tout au long de la chaîne alimentaire (Fernández-Gómez et al., 2025). L'utilisation de biofertilisants et de consortia microbiens synthétiques permet de concevoir des systèmes agroalimentaires plus résilients, réduisant ainsi la dépendance aux intrants chimiques (Singh et al., 2025).

De l'aliment à l'humain

Microbiote intestinal et transfert de diversité

L'intégration du « microbiome comestible » dans le système digestif humain constitue un pont direct entre l'environnement et la santé métabolique (Berg et al., 2025 ; Kostić et al., 2025). Des études métagénomiques récentes révèlent que les fruits et légumes frais peuvent contenir de plusieurs milliers à des milliards de micro-organismes par portion (Berg et al., 2025). Par exemple, une seule pomme peut héberger environ 100 millions de cellules bactériennes, bien que les processus post-récolte puissent en réduire la charge d'environ deux tiers tout en modifiant sa composition (Sessitsch et al., 2023).
L'analyse de milliers de métagénomes alimentaires montre que de nombreux membres du microbiote intestinal humain pourraient avoir été acquis récemment via l'alimentation (Carlino et al., 2024). En moyenne, 2,2 % à 3 % de la diversité du microbiote intestinal d'un adulte provient directement de sources alimentaires, notamment d'ordres tels que les Enterobacterales, Burkholderiales et Lactobacillales (Carlino et al., 2024 ; Wicaksono et al., 2023). Ce transfert est influencé par la fréquence de consommation de végétaux et la diversité des plantes consommées, suggérant que le régime alimentaire agit comme un vecteur constant de renouvellement de la biodiversité microbienne intestinale (Ma et al., 2025).

Modulation chimique et prébiotique

Au-delà du transfert de cellules vivantes, les composants phytochimiques des plantes agissent comme des modulateurs critiques de l'écosystème intestinal. Les composés phénoliques fonctionnent comme des agents prébiotiques (Kussmann et al., 2023). Ces molécules, peu biodisponibles, persistent dans l'intestin où elles stimulent sélectivement la prolifération de communautés microbiennes bénéfiques (Santhiravel et al., 2022).
L'interaction est bidirectionnelle : le microbiote transforme les polyphénols complexes en métabolites plus simples, lesquels influencent à leur tour la régulation glycémique et le métabolisme lipidique (Kussmann et al., 2023). Parallèlement, la fermentation des fibres alimentaires par des bactéries spécifiques entraîne la production d'acides gras à chaîne courte, essentiels pour la régulation des hormones de la satiété (comme le GLP-1 et le PYY) et le maintien de l'homéostasie intestinale (Agu et al., 2023).

Exposition environnementale et immunité

Le contact avec la biodiversité microbienne environnementale est fondamental pour la maturation du système immunitaire, selon l'hypothèse de la biodiversité (Divín et al., 2024). L'urbanisation et l'usage excessif d'antibiotiques ont réduit cette exposition, entraînant une dysrégulation immunitaire et une augmentation des maladies inflammatoires et allergiques (Wang et al., 2023).
Des recherches récentes soulignent que l'établissement d'une tolérance immunitaire optimale dépend du degré de stimulation par la colonisation microbienne précoce (Wang et al., 2023). Les déséquilibres entre l'environnement ancestral et les modes de vie modernes sont identifiés comme une cause majeure de la rupture du mutualisme immuno-microbien (Brodin, 2022). À l'inverse, l'exposition à des environnements biodiversifiés (par la consommation de produits du sol ou le contact avec des espaces verts) renforce la résilience immunologique en favorisant les réponses régulatrices par rapport aux réponses pro-inflammatoires (Ma et al., 2025).

Conséquences sur la santé

L'altération des microbiomes environnementaux sous l'effet des pressions anthropiques redéfinit les trajectoires de santé humaine. La rupture du continuum microbien est désormais identifiée comme un facteur déterminant dans l'émergence des pathologies modernes.

Maladies chroniques et nutrition

L'appauvrissement microbien des sols et des aliments est directement corrélé à la prévalence croissante des maladies métaboliques et inflammatoires (Lyamin et al., 2024). Les recherches récentes soulignent :

Qualité nutritionnelle et microbiote : La mobilisation des nutriments dépend de l'activité du microbiote du sol, qui est dégradé par les pratiques agricoles intensives. Cette dégradation entraîne une « maladaptation » du système immunitaire humain, désormais exposé à des xénobiotiques plutôt qu'à des interactions microbiennes évolutivement calibrées (Lyamin et al., 2024).
Facteur de protection végétale : Un régime riche en plantes et en fibres, tel que recommandé par les directives nutritionnelles récentes (par exemple, les Recommandations Nordiques 2025), est associé à une diversité accrue et une composition distincte du microbiote intestinal chez les individus en bonne santé (Rosier et al., 2025). Ces régimes agissent comme des facteurs protecteurs contre les maladies chroniques non transmissibles (Rosier et al., 2025).
Rôle des métabolites secondaires : Les composés phytochimiques (phénoliques), produits par les plantes en réponse aux stress environnementaux, sont transformés par le microbiote intestinal en métabolites régulateurs de la glycémie et du métabolisme lipidique, offrant des voies de traitement pour le diabète et l'obésité (Kussmann et al., 2023).

Hypothèses des « vieux amis » et de la biodiversité

Le concept de santé humaine est désormais indissociable de la biodiversité environnementale, menant à l'émergence de la notion de « déficience de nature » (Haahtela et al., 2024).

L'hypothèse de la biodiversité : Elle postule que le contact avec une grande variété d'antigènes naturels (symbiontes et pathogènes) est indispensable pour que le système immunitaire établisse une tolérance optimale (Divín et al., 2024). L'urbanisation réduit cette exposition, favorisant des réponses pro-inflammatoires exagérées face à des antigènes communs (Divín et al., 2024).
L'hypothèse des « vieux amis » : Elle précise que l'absence de micro-organismes saprophytes avec lesquels l'être humain a co-évolué entraîne une défaillance de l'immunorégulation, augmentant les risques d'allergies, de maladies auto-immunes et de maladies inflammatoires de l'intestin (Özdemir et al., 2024).
Prescription de nature : Face à ce constat, l'intégration de « prescriptions de nature » dans la pratique clinique est envisagée pour restaurer la diversité microbienne du corps humain (Haahtela et al., 2024).

Résistance aux antibiotiques

Le continuum sol-plante-humain constitue une voie majeure de dissémination des gènes de résistance aux antibiotiques (Han et al., 2022).

Mécanismes de transfert : Les plantes peuvent absorber des ARG (par exemple : vanA, ampC, blaCTX-M) directement depuis les sols amendés avec du fumier ou irrigués par des eaux usées. Ces gènes sont souvent portés par des éléments génétiques mobiles, comme les intégrons (intI1) ou des plasmides auto-transmissibles trouvés dans des légumes comme la roquette, facilitant leur transfert vers le microbiote intestinal humain (Han et al., 2022).
Barrière de biodiversité : Inversement, une biodiversité phylogénétique et écologique élevée dans les sols sains agit comme une barrière naturelle limitant la transmission horizontale de la résistance (Zhang et al., 2023).
Impact de l'élevage intensif : L'administration massive d'antibiotiques en élevage intensif crée des « points chauds » (points chauds) de transfert horizontal de gènes, enrichissant la chaîne alimentaire en ARG avant même la transformation des produits (Sessitsch et al., 2023).

Implications systémiques

La gestion des microbiomes à l'échelle planétaire exige une transition des modèles réactifs vers des approches proactives et systémiques, redéfinissant les pratiques de production, de sécurité et de régulation.

Agriculture régénérative : Défis et délais

L'agriculture régénérative s'impose comme un levier critique pour restaurer la vitalité des sols, bien que son adoption reste limitée à plus de 1 % des terres agricoles mondiales (Rosier et al., 2025).

Restauration du microbiome du sol : Bien que souvent négligé, le microbiome est le composant essentiel des agroécosystèmes régénératifs (Rosier et al., 2025). Le passage d'une agriculture industrielle — qui épuise les microbes bénéfiques par le labour et les intrants chimiques — à des pratiques de couverture et de rotation permet de reconstruire la matière organique et de séquestrer le carbone (Bhardwaj et al., 2025).
Objectifs et délais : L'Union européenne vise une augmentation de 75 % des sols sains d'ici 2030 (Villat & Nicholas, 2024). Cependant, la transition se heurte à l'absence de définitions opérationnelles standardisées et de certifications claires, ce qui freine l'investissement et l'adhésion des consommateurs (Rosier et al., 2025).
Résilience climatique : Les microbiomes sains renforcent la rétention d'eau et la résistance aux stress biotiques, offrant une "assurance biologique" face à la variabilité climatique croissante (Khan, 2023 ; Bhattacharyya et al., 2021).

Technologies de décontamination de précision

La science évolue d'un contrôle réactif et global vers une intervention ciblée et basée sur les données pour préserver la diversité microbienne utile tout en éliminant les menaces (Elbehiry & Alajaji, 2026).

Antimicrobiens de précision : L'utilisation de bactériophages, d'enzymes dérivées de phages et d'inhibiteurs de quorum sensing permet de cibler sélectivement des pathogènes spécifiques (par ex. : Listeria, Salmonella) sans perturber le microbiote bénéfique environnant (Elbehiry & Alajaji, 2026).
Méthodes non thermiques : Des innovations comme le plasma froid, l'UV-C pulsé et les acides organiques offrent des alternatives à la pasteurisation traditionnelle, minimisant la dégradation nutritionnelle et les résidus chimiques (Jacob et al., 2025).
Surveillance numérique : L'intégration de capteurs intelligents et de "jumeaux numériques" des lignes de production permet de prédire les risques de contamination en temps réel, facilitant une gestion flexible plutôt qu'une stérilisation systématique (Javanshir et al., 2025).

Gouvernance et FoodSafeR

Le cadre réglementaire mondial connaît un changement de paradigme, passant de la quête illusoire du "risque zéro" à une gestion proportionnée et négociée du risque (Allende & Bover-Cid, 2026).

Initiative FoodSafeR : Lancée comme un consortium mondial, le projet FoodSafeR centralise les données sur les dangers émergents (microbiens et chimiques) liés au changement climatique (Leslie et al., 2025). Son pivot de données utilise l'intelligence artificielle pour prédire les foyers d'infection et harmoniser les normes de sécurité à travers les chaînes d'approvisionnement mondiales.
Gouvernance "One Health" : Le sommet One Health World Microbiome Partnership de 2025 a souligné la nécessité d'intégrer la science des microbiomes dans toutes les politiques de santé publique et environnementales (Affagard et al., 2026).
Intendance microbienne : Ce nouveau concept politique propose de traiter les microbiomes comme une infrastructure vitale devant être protégée contre les perturbations anthropiques (pesticides, pollution, antibiotiques) pour garantir la résilience des écosystèmes et de la santé humaine (Choudoir et al., 2025).

Doctrine régénérative

La doctrine régénérative propose un changement de paradigme où l'humain n'est plus considéré comme une entité isolée, mais comme une composante intégrée d'un "holobiome" planétaire, nécessitant une gestion éthique et scientifique des équilibres microbiens (García et al., 2025).

L'humain comme holobionte étendu

La recherche contemporaine recentre l'attention de l'individu biologique vers une vision post-humaniste de l'être humain, désormais qualifié d'« humicrobe » (Vega, 2024).

Concept de l'holobionte : L'humain est compris comme un assemblage d'espèces microbiennes interdépendantes, où les fonctions physiologiques essentielles résultent d'une "gouvernance partagée" entre les gènes de l'hôte et ceux de son microbiome (Aggarwal et al., 2022 ; Vega, 2024).
Le « Familiome » et l'« Oikiome » : Pour illustrer l'interconnexion au-delà du corps, de nouveaux termes ont été proposés : le familiome (partage microbien au sein d'un foyer et incluant les animaux de compagnie) et l'oikiome (microbiome de l'environnement domestique) (Skoufos et al., 2025). Ces concepts démontrent que la santé d'un individu est intimement liée à la diversité microbienne de son entourage immédiat (Skoufos et al., 2025).
Lien avec Gaia 2.0 : Cette perspective s'inscrit dans la théorie de Gaia 2.0, qui met en évidence l'interconnectivité et le mutualisme de toutes les formes de vie, et souligne que l'épuisement des sols et l'utilisation de pesticides (comme le glyphosate) ne sont pas seulement des problèmes agricoles, mais des agressions directes contre l'intégrité de l'holobionte humain (Vega, 2024).

Articulation One Health et durabilité

L'évolution du cadre One Health appelle à une transition radicale : passer de la simple surveillance des maladies à une véritable "intendance microbienne" (microbial stewardship) (Choudoir et al., 2025 ; Ginnan et al., 2025).

Théorie de l'équilibre des facteurs dynamiques : Cette nouvelle approche propose que la santé mondiale repose sur l'équilibre entre les interactions microbiennes et les facteurs environnementaux (Zhou et al., 2024). Le maintien de cet équilibre est présenté comme le "Saint Graal" de la biologie moderne afin d'assurer la durabilité sociale et l'équité en santé (Zhou et al., 2024).
Le microbiome comme levier de restauration : Face à la dégradation accélérée des écosystèmes, la préservation des microbiomes est désormais considérée comme une stratégie de survie indispensable pour sécuriser la santé humaine et planétaire (Athithan et al., 2026).
Intégration politique : La doctrine régénérative appelle à l'incorporation de la science des microbiomes dans les politiques de santé publique, la médecine de précision et la législation environnementale (Zhou et al., 2024). L'objectif est de restaurer la résilience écologique par une gestion proactive de la biodiversité microbienne, condition sine qua non pour une durabilité à long terme (Affagard et al., 2026 ; Ginnan et al., 2025).