Les gènes de résistance aux antibiotiques présents dans le sol ne restent pas confinés : la pression sélective des intrants (antibiotiques vétérinaires, métaux Cu/Zn, biocides) et le transfert horizontal les acheminent jusqu'au microbiote humain par l'alimentation. L'antibiorésistance clinique a notamment une racine agricole et édaphique — l'illustration la plus directe du principe One Health : un même résistome circule du sol à l'assiette. Argument pour réguler intrants et antibiotiques en amont.
Les maillons de la chaîne
8 étapes, du levier agronomique à l'effet santé.
S2métabarcodagePoint de départ : le métabarcoding 16S/ITS révèle la richesse des communautés microbiennes natives du sol agricole, socle taxonomique sur lequel se greffera l'inventaire fonctionnel des gènes de résistance.
S2Effet d’amorçageSur ce fond microbien caractérisé en pos1, l'apport de carbone frais (exsudats, résidus, intrants organiques) déclenche un effet d'amorçage qui stimule sélectivement les populations copiotrophes, premier levier qui modifie la structure des guildes et la pression de sélection.
H3Déterminants de résistanceParmi ces copiotrophes réveillés par l'amorçage sommeille un pool génétique latent : les gènes de résistance aux antibiotiques (ARG), présents naturellement via les Actinobacteria mais amplifiés par l'usage d'antibiotiques vétérinaires et les intrants agricoles.
H3résistomeL'ensemble de ces ARG forme le résistome du sol, entité fonctionnelle transférable : la mobilité via éléments génétiques mobiles transforme un inventaire de gènes dispersés (pos3) en réservoir cohérent, échangeable entre taxons par transfert horizontal.
H3antibiorésistanceLorsque ce résistome rencontre des pathogènes, il se traduit en AMR phénotypique : la résistance passe du statut de potentiel génomique (pos4) à celui de crise sanitaire, amplifiée par la transmission sol-plante-intestin documentée par Ma et al. 2025.
H2dysbioseL'AMR et les ARG circulants atteignent le microbiote intestinal humain via l'alimentation et provoquent une dysbiose : perte de diversité, dominance de pathobiontes, perméabilité accrue, bascule pathologique qui matérialise le lien sol-santé.
H1Coévolution sol-microbiome-humainCette dysbiose n'est pas un accident isolé mais la rupture d'une co-évolution sol-microbiome-humain millénaire : la perte de contact avec les phyla microbiens du sol (hypothèse hygiéniste, Rook 2011) rend l'intestin vulnérable au résistome qu'il reçoit.
H1Approche intégrée de la santéAboutissement : le cadre One Health (OMS/OIE/FAO) unifie en politique publique intégrée le constat des positions précédentes, reconnaissant que la santé humaine, animale et environnementale forment un continuum dont le résistome est l'un des traceurs les plus éloquents.