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Le Sol Vivant

Phages et transduction des ARG : réservoir silencieux du résistome

Card #74 Continuum Continuum Docs : H3

Les bactériophages (phages) sont des vecteurs de transduction des ARG largement sous-estimés dans les bilans globaux de résistance antimicrobienne (AMR). Bien qu'ils soient souvent cités comme agents de sols suppressifs, leur rôle comme réservoir et vecteur de gènes de résistance est rarement quantifié (Goryluk-Salmonowicz 2022).

Mécanisme

  • Transduction généralisée : un phage lytique peut empaqueter accidentellement des fragments d'ADN bactérien (ADN chromosomique aléatoire au sens canonique ; des plasmides sont aussi transductibles chez certaines espèces — les intégrons étant surtout mobilisés par transposons/conjugaison) et les transférer à la prochaine cellule hôte.
  • Transduction spécialisée : intégration dans le génome bactérien, puis excision imprécise peut emporter un ARG adjacent.

Réservoir persistant

  • Le phageome PEUT PERSISTÉR après élimination des bactéries hôtes par un traitement (ex. digestion anaérobie, compostage) — la persistance dépendant du couple température/durée, un compostage thermophile bien mené inactivant aussi les phages.
  • Conséquence : les technologies de décontamination qui ciblent les bactéries peuvent laisser intact le réservoir phagique → re-émergence possible.

Sites denses

  • Sols amendés (lisier, fumier), eaux usées traitées, biofilms de microplastiques → forte densité de phages avec ARG.

Implications

  • Les bilans AMR doivent intégrer le compartiment viral, pas seulement le compartiment bactérien.
  • Les indicateurs métagénomiques actuels sous-estiment la capacité de transduction (difficulté d'assignation phage → hôte).
  • Cf résistome et transfert horizontal.

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