Top-down vs bottom-up : doctrine de régulation des communautés microbiennes du sol

• Bottom-up — la disponibilité des ressources contrôle composition et abondance (« la nourriture détermine ») : exsudats racinaires et matière organique pilotent la croissance bactérienne et fongique, qui structure les niveaux trophiques supérieurs.
• Top-down — la pression de prédation contrôle diversité et stabilité : protistes, nématodes bactérivores et mésofaune exercent une régulation descendante qui maintient la diversité bactérienne, freine les espèces opportunistes et libère des nutriments par excrétion (boucle microbienne).

Les travaux 2020-2026 (Jeanbille 2024, Jiang 2023, Bodur 2024) érigent cette dualité en clé de la stabilité et de la résilience des écosystèmes souterrains. Implications :

• la diversité bactérienne effective émerge de l'équilibre ressources × prédation — un sol riche en MO mais pauvre en prédateurs voit s'installer des dominances opportunistes ;
• la résilience dépend de la connectivité des deux flux, pas d'un seul ;
• les pratiques régénératives doivent piloter les deux leviers : apporter du C labile (bottom-up) et préserver/restaurer les niveaux trophiques supérieurs (top-down via couverts, non-travail, arrêt des fongicides).

Ce cadre dual structure la doctrine microbiome au-delà des seuls protistes, jusqu'à toute la chaîne (bactéries-protistes-nématodes-mésofaune-macrofaune).