Endophytes ubiquitaires et potentiel pathogène latent

Tout endophyte conserverait un potentiel pathogène latent lié à son métabolisme secondaire (cadre Schulz & Boyle — l'absolu est débattu, certaines lignées ayant perdu leurs voies de virulence avérées) : cluster de sesquiterpène activable chez C. tofieldiae (Hiruma 2023), cluster du botrydial dont la désactivation transforme un pathogène en bénéfique (Ujimatsu 2025), effecteurs latents chez Colletotrichum. Comme le résume Shelake (2026), « les associations bénéfiques plante-champignon ont pu s'accompagner du compromis de laisser entrer des phytopathogènes ». Ce n'est pas un cas particulier (comme la double identité des champignons entomopathogènes) mais le régime général.

Ce statut latent tient par antagonisme équilibré (Schulz & Boyle 2005 ; Partida-Martínez & Heil 2011) : l'endophytisme est une infection contrôlée où la virulence du microbe est neutralisée par les défenses de l'hôte et par l'autorégulation métabolique du microbe. Tant que l'équilibre tient, la colonisation reste asymptomatique ; tout stress qui affaiblit l'hôte (thermique, hydrique, nutritionnel) le rompt et fait basculer l'allié en exploiteur opportuniste. Le statut n'est donc pas une étiquette d'espèce mais une propriété émergente et contextuelle de l'équilibre hôte–microbe–environnement.

Rhizophagie (White, 2018) — modalité proposée du cycle endophytaire : la plante internaliserait et lyserait directement des bactéries (notamment dans les méristèmes racinaires) pour acquérir azote et phosphore, via la production de superoxyde par les NADPH oxydases. La doctrine corpus la traite comme une hypothèse structurante mais non consolidée : critiques méthodologiques (magnitude du transfert non quantifiée sur le terrain, absence de modèles de flux distincts de la minéralisation classique, confusion possible avec l'autophagie, nécessité de dommages racinaires — fiche #74 §3) et tensions théoriques (conflit de signalisation avec la réponse hypersensible, coût énergétique de la lyse, origine semencière vs recrutement opportuniste du sol, risque de saturation des capacités oxydatives par les bio-inoculants — fiche #74 §6). La présente card ne canonise pas le mécanisme : le consensus expérimental est en cours de constitution.