La plante n'est pas passive : par ses exsudats (5 à 20 % de son carbone photosynthétique, médiane littérature ; jusqu'à 40 % en conditions exceptionnelles), elle recrute et pilote activement son microbiome, qui lui répond par une immunité mémorisée se propageant jusqu'à ses tissus — et influençant la qualité phytochimique de l'aliment. Comprendre ce dialogue moléculaire ouvre des leviers concrets — consortia microbiens, amorçage immunitaire, désarmement enzymatique des pathogènes — comme alternatives aux fongicides, sans pression de résistance aux antifongiques (problème distinct de l'antibiorésistance clinique).
Les maillons de la chaîne
10 étapes, du levier agronomique à l'effet santé.
V2HolobiontePoint de départ : poser l'holobionte comme cadre opératoire — la plante et son microbiome forment une entité biologique unique dont l'hologénome est sélectionné d'un bloc. C'est dans cette unité que se joue toute la signalisation qui va suivre.
V2exsudats racinairesPremière traduction matérielle du cadre holobionte : la plante investit 5 à 40% du carbone photosynthétique dans les exsudats racinaires, qui deviennent le langage chimique de la rhizosphère et le support physique du dialogue hôte-microbiome.
V2Recrutement sélectifLes exsudats ne sont pas diffusés au hasard : leur composition module le recrutement sélectif (SIREM) des micro-organismes utiles. La plante passe ainsi du statut d'hôte passif à celui de prescripteur actif de son microbiome.
V2détection du quorumUne fois la communauté recrutée, les bactéries coordonnent leur expression génétique par quorum sensing en fonction de leur densité. C'est la couche de communication interne qui transforme un assemblage microbien en collectif fonctionnel capable de répondre à la plante.
V2Composés organiques volatilsAu quorum sensing s'ajoutent les composés organiques volatils, qui étendent la communication au-delà du contact direct : plantes, champignons et bactéries dialoguent à distance, couplant rhizosphère et phyllosphère dans un même réseau signalétique.
V2élicitation par débris microbiensCes signaux chimiques trouvent un amplificateur dans l'élicitation par débris microbiens : les MAMPs (chitine, peptidoglycane, LPS) sont reconnus par la plante et déclenchent ses voies de défense, comme une mémoire immunitaire entraînée par exposition contrôlée.
V2vésicule extracellulaireCouche de communication cross-règne (Shelake 2026, H4) : plantes, champignons et bactéries échangent des EV contenant sncRNA et protéines. Cette modalité moléculaire s'ajoute au QS et aux VOCs, constitue une couche de contrôle évolutive des interactions PM. Bacterial EVs peuvent délivrer dsRNA anti-virulence dans cellules fongiques (Niño-Sánchez 2025 : P. putida + B. subtilis vs V. dahliae) — alternative écologique aux fongicides.
V2Résistance systémique induiteLe recrutement microbien actif induit la résistance systémique induite (ISR), voie jasmonate/éthylène pilotée par les rhizobactéries bénéfiques — pendant de la SAR mais déclenché par le microbiome et non par l'agent pathogène. C'est le maillon le plus aligné avec le récit recrutement→immunité.
V2Résistance systémique acquiseL'élicitation active la SAR, résistance systémique acquise par la voie de l'acide salicylique : la protection se propage aux tissus distaux, avec PR-protéines et polyphénols. La plante passe d'une défense locale à une immunité végétale mémorisée et généralisée.
H1phyto-élicitation par le solDernière traversée : la phyto-élicitation par le sol prolonge la SAR jusqu'à l'assiette. Les polyphénols, flavonoïdes et antioxydants stimulés par le microbiome passent dans la récolte et nourrissent l'immunité humaine, bouclant le mécanisme holobionte sol-plante-mangeur.