Diversité microbienne

La diversité microbienne du sol recouvre la variété et l'abondance des bactéries, archées, champignons et protistes qui colonisent les microhabitats édaphiques. Elle se décline en diversité taxonomique (richesse en espèces) et fonctionnelle (gamme de capacités métaboliques), deux dimensions souvent corrélées mais non redondantes (Fierer, 2017). Dans le continuum sol-plante-microbiome, les flux de matière organique particulaire (POM) et l'association organo-minérale (MAOM), stabilisant les nécromasses microbiennes selon Lehmann & Kleber (2015), façonnent cette diversité. Les ingénieurs du sol — lombriciens (turricules, biopores) et mésofaune (collemboles, acariens) — créent des hot-spots qui favorisent la diversification microbienne. La rhizosphère, par ses exsudats, recrute des guildes bénéfiques pour la nutrition et la protection végétales. La redondance fonctionnelle, où plusieurs taxons assurent une même fonction, confère une résilience aux cycles biogéochimiques (Nannipieri et al., 2003). Cependant, le transfert horizontal de gènes peut disséminer des gènes de résistance aux antibiotiques, alimentant un résistome diffus (Allen et al., 2010). Certains micro-organismes, comme les champignons entomopathogènes endophytes (CEP), illustrent la plasticité écologique au sein de l'holobionte sol. Ainsi, la diversité microbienne sous-tend un réseau d'échanges reliant la santé des sols, des plantes et des humains.