Core microbiome : le noyau fonctionnel de l'holobionte

Le core microbiome (ou microbiome cœur) désigne l'ensemble des taxons microbiens persistants et ubiquitaires associés à un hôte ou à un habitat, par opposition aux taxons transitoires ou conditionnels. Sa définition est statistique — les taxons présents dans une proportion significative des échantillons (typiquement ≥50-70%) — mais sa signification écologique est profondément fonctionnelle : le core porte les fonctions essentielles de l'holobionte — nutrition minérale (fixation d'azote, solubilisation du phosphore), synthèse de phytohormones, résistance aux stress biotiques (antagonisme, induction SAR/ISR) et abiotiques (osmorégulation, chélation).

Le concept s'applique à toutes les niches du continuum sol-plante : core rhizosphérique, core phyllosphérique, core endosphérique, et core de la graine (transmission verticale). Il complète et enrichit le concept d'holobionte en distinguant le « noyau dur » fonctionnellement structurant du « bruit » stochastique. La distinction core/transitoire est dynamique : un taxon conditionnel peut être recruté dans le core en réponse à un stress (cry-for-help), puis être éliminé lorsque la pression sélective cesse.

La redondance fonctionnelle au sein du core garantit la résilience de l'holobionte : si un taxon clé est éliminé (stress, perturbation), un autre taxon du core portant la même fonction peut le remplacer. Cette redondance est la signature d'une sélection stabilisatrice opérée par l'hôte via ses exsudats racinaires et ses gènes M (management du microbiome). Le core microbiome n'est donc pas une simple liste d'espèces, mais une architecture fonctionnelle coévolutive entre la plante et ses microorganismes.

En pratique agronomique, identifier et manipuler le core microbiome ouvre la voie à des stratégies de sélection variétale pour la santé : choisir des cultivars qui recrutent un core plus diversifié et plus fonctionnel. C'est le prolongement opérationnel du concept d'holobionte appliqué à l'amélioration des plantes.