Holobionte

L'holobionte désigne l'unité biologique fonctionnelle formée par un hôte eucaryote et l'ensemble de ses microorganismes associés (le microbiome : bactéries, archées, champignons, virus). Cette association intime transcende la simple coexistence : les interactions métaboliques, immunitaires et développementales entre les partenaires génèrent une entité intégrée, dont la fitness et l'adaptation dépendent des propriétés émergentes du système. Chez les plantes, l'holobionte s'étend de la rhizosphère au phyllosphère en passant par l'endosphère, et s'inscrit dans un continuum sol-plante-microbiome. Les microorganismes modulent la nutrition minérale (azote, phosphore), la synthèse de phytohormones, la résistance aux stress biotiques et abiotiques, et la signalisation. Cette vision holistique renouvelle notre compréhension des interactions écologiques : les lombriciens, via leurs turricules et la drilosphère, construisent des biopores riches en microorganismes qui colonisent les racines, prolongeant l'holobionte dans la matrice du sol. Les champignons entomopathogènes à double identité endophyte (CEP) illustrent la plasticité fonctionnelle du microbiome, où un même organisme peut basculer d'un rôle mutualiste à un rôle parasitaire selon le contexte. Le transfert horizontal de gènes et le résistome circulant entre le sol et les plantes rappellent que l'holobionte est un nœud d'échanges génomiques constant. La mésofaune (collemboles, acariens) régule les communautés microbiennes du sol, influençant ainsi la composition et la stabilité de l'holobionte végétal. Enfin, le continuum sol-plante-humain étend cette conception à la santé globale, où l'holobionte agricole dialogue avec le microbiote intestinal humain (Zilber-Rosenberg & Rosenberg, 2008).