Assemblage des communautés : sélection, dispersion, dérive
L'assemblage des communautés microbiennes est le cadre théorique qui décrit comment les communautés microbiennes se construisent au fil du temps sous l'action de quatre processus écologiques fondamentaux : (1) la sélection environnementale (filtre abiotique : pH, humidité, oxygène), (2) la sélection biotique (compétition, prédation, coopération, quorum sensing), (3) la dispersion (arrivée de nouveaux taxons), et (4) la dérive (fluctuations stochastiques dans les petites populations).
Ce cadre oppose traditionnellement deux visions : les processus déterministes (sélection : « qui gagne » est prédictible par les conditions environnementales) et les processus stochastiques (dispersion et dérive : « qui gagne » dépend du hasard historique). En microbiologie du sol, la réalité est un continuum : les sols extrêmes (pH acide, salinité) sont dominés par la sélection abiotique, tandis que les sols modérés sont plus sensibles à la dispersion et à l'histoire.
Le concept de core microbiome émerge directement de ce cadre : les taxons du core sont ceux qui passent avec succès le filtre de sélection (déterministe) et sont suffisamment dispersés (stochastique) pour apparaître de manière récurrente. À l'inverse, les taxons transitoires sont ceux qui n'ont pas encore été filtrés ou qui sont éliminés par la compétition.
En pratique agronomique, l'assemblage explique pourquoi les communautés microbiennes du sol sont difficiles à manipuler : injecter une souche (dispersion) ne suffit pas si les conditions environnementales et la communauté résidente (sélection biotique) ne sont pas favorables. C'est la base de l'échec des inoculants et de la coalescence asymétrique. Le cadre de l'assemblage guide aussi les stratégies de restauration : modifier d'abord le filtre abiotique (pH, structure), puis laisser la dispersion et la sélection naturelle reconstruire la communauté.
Approfondissement : la fiche fiche #301 déploie le concept en détail.