Antibiorésistance

L'antibiorésistance désigne la capacité des micro-organismes à survivre et à se multiplier en présence de concentrations d'agents antimicrobiens normalement inhibitrices. Dans les sols, cette propriété est majoritairement codée par des gènes de résistance (ARGs) souvent portés par des éléments génétiques mobiles — plasmides, transposons, intégrons — qui facilitent leur dissémination par transfert horizontal entre taxons phylogénétiquement éloignés. Ce phénomène est exacerbé dans les hotspots microbiens où la densité cellulaire et les contacts physiques sont élevés : la rhizosphère, interface d'échanges entre racines et micro-organismes, ou la drilosphère, le tube digestif et les turricules des vers de terre. Le sol constitue un réservoir ancestral de diversité de résistance, le résistome (D'Costa et al., 2011), mais les apports anthropiques (effluents d'élevage, boues d'épuration, eaux usées) y introduisent des pressions sélectives et des déterminants de résistance clinique. Les champignons entomopathogènes endophytes, de même que la mésofaune (collemboles, acariens), participent à la redistribution spatiale des bactéries résistantes. Cette circulation s'inscrit dans un continuum sol-plante-humain : les gènes de résistance peuvent se retrouver sur les parties aériennes des végétaux, contaminer les aliments et, in fine, le microbiote humain, avec des conséquences thérapeutiques potentielles. Comprendre l'antibiorésistance comme une propriété écologique émergente, favorisée par la promiscuité microbienne dans des habitats partagés, invite à une gestion intégrée des effluents et à une réduction des pressions sélectives à l'échelle du paysage.