métabarcodage
Définition
Séquençage massif de marqueurs taxonomiques (16S ARNr pour les bactéries, ITS pour les champignons) permettant d'inventorier simultanément des milliers d'espèces microbiennes à partir d'un échantillon de sol. Outil central de la caractérisation du microbiome. Fournit richesse taxonomique (Chao1), diversité fonctionnelle et structure des guildes. LIMITES en agronomie appliquée : identité sans fonction, biais de primers, ADN = morts + vivants mélangés, pas de corrélation avec test Haney. Le métabarcoding a sa place en recherche écologique mais PAS comme outil de décision agronomique. Hiérarchie recommandée : Haney > PLFA > enzymes > infiltration > microscopie.