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Le Sol Vivant

Indice de Chao1

EN : chao1 index standard

Définition

Estimateur non paramétrique de la richesse spécifique (nombre total d'espèces ou d'OTU) au sein d'une communauté microbienne. Corrige le nombre de taxons observés en tenant compte de la fréquence des espèces rares, spécifiquement les "singletons" (observées une fois) et les "doubletons" (observées deux fois), pour estimer la richesse réelle d'un échantillon (Hugerth & Andersson, 2017 ; Saghaï, 2016 ; Siegwald, 2017 ; Urien, 2015 ; Vivant, 2014).

Synonymes : estimateur de richesse Chao1 ; indice Chao1 ; Estimateur de Chao1, Chao1 ; Chao1 richness estimator