Pesticides → AMR + inflammation low-grade — voie indirecte agrochimie/santé

Les néonicotinoïdes, notamment l'imidaclopride et la clothianidine, ne se limitent pas à une action neurotoxique sur les insectes ; ils pénètrent activement le système des mammifères via l'alimentation et perturbent l'homéostasie intestinale (ONARU-NAKANISHI et al., 2025 ; Qumsani, 2024). Des études récentes sur des modèles murins démontrent qu'une exposition subchronique à la clothianidine, même à des doses proches de la dose sans effet indésirable observé, altère la diversité microbienne (ONARU-NAKANISHI et al., 2025).
L'imidaclopride induit une dysbiose caractérisée par une augmentation du ratio Firmicutes/Bacteroidetes, un biomarqueur fréquemment associé aux troubles métaboliques et à l'inflammation systémiqueRéponse immunitaire persistante et généralisée affectant l'ensemble de l'organisme, déclenchée par des perturbations sévères de l'homéostasie (infections chroniques, exposition prolongée à des contaminants) (Ashley et al., 2012). Contrairement à l'inflammation locale, elle mobilise des réseaux de signalisation immunorégulateurs complexes à l'échelle systémique (Ashley et al., 2012) → Vocabulaire (Qumsani, 2024). Pour les pollinisateurs, modèles sentinelles, ces molécules réduisent l'abondance de genres clés comme Bifidobacterium et Lactobacillus, compromettant les fonctions immunitaires et métaboliques de l'hôte (Alberoni et al., 2020).

Le glyphosateHerbicide total et systémique qui agit en inhibant l'enzyme EPSP synthase (5-énol-pyruvyl-shikimate-3-phosphate synthase), bloquant ainsi la synthèse des acides aminés aromatiques essentiels (phénylalanine, tyrosine, tryptophane) chez les végétaux (Carpentier et al., 2020; Reboud et al., 2018). Absorbé par les feuilles, il migre dans toute la plante jusqu'aux systèmes racinaires, entraînant la nécrose des tissus (Bonny, 2008; Laamari, 2016) → Vocabulaire cible l'enzyme 5-énolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase de la voie du shikimate, absente chez les mammifères mais omniprésente chez plus de la moitié des bactéries du microbiote humain (Puigbò et al., 2022 ; Walsh et al., 2023).

• Sélectivité et sensibilité : Les bactéries intestinales possédant une EPSPS de classe I sont intrinsèquement sensibles au glyphosate, tandis que celles de classe II y sont résistantes (Motta et al., 2018). Cette pression sélective favorise la prolifération de souches potentiellement pathogènes au détriment de commensaux bénéfiques (Bellot et al., 2023).
• Induction de l'antibiorésistance : Le glyphosate est de plus en plus documenté comme un moteur de résistance aux antibiotiques (Raoult et al., 2021), favorisant la co-sélection de gènes de résistance dans l'environnement (Liao et al., 2021) et potentiellement dans l'intestin (Klátyik et al., 2023). L'accumulation de shikimate résultant de l'inhibition enzymatique pourrait également jouer un rôle indirect dans certains processus carcinogènes (Bruggen et al., 2021).

L'utilisation massive de fongicides triazoles (tébuconazole, propiconazole) en agriculture a ouvert une "voie environnementale" à la résistanceCapacité d'un système écologique ou biologique à maintenir son état d'équilibre et ses fonctions structurelles face à une perturbation extérieure (sécheresse, incendie, forçage externe) (Baudrot, 2016; Flores et al., 2014). Elle est inversement corrélée à l'amplitude des changements observés après la perturbation et se distingue de la résilience, qui mesure la vitesse de retour à l'équilibre (Bernard, 2017; Goudard, 2007) → Vocabulaire aux antifongiques médicaux (Snelders et al., 2012 ; Berger et al., 2017).

• Mécanisme de résistance : L'exposition de moisissures non cibles, comme Aspergillus fumigatus, à des doses sublétales de triazoles agricoles induit des mutations du gène cyp51A (notamment les génotypes TR34/L98H et TR46/Y121F/T289A) (Meis et al., 2016).
• Conséquences cliniques : Ces souches résistantes sont désormais omniprésentes dans l'environnement et infectent des patients "naïfs" de tout traitement antifongique préalable. L'aspergillose invasive résistante aux azolés présente des taux de mortalité alarmants, compris entre 50 % et 100 % (Meis et al., 2016).

Le microbiome humain ne fonctionne pas en vase clos mais s'inscrit dans un continuum sol-plante-alimentation (2022 ; Yan et al., 2022).

• Exposition résiduelle : Environ 80 % des sols agricoles de l'Union européenne contiennent des résidus de pesticides (Matsuzaki et al., 2023).
• Flux microbiologique : La consommation de produits frais est une voie majeure d'introduction de micro-organismes dans l'intestin (une seule pomme peut héberger 100 millions de cellules bactériennes) (Wassermann et al., 2019). Si ces produits portent des résidus de pesticides ou des bactéries porteuses de gènes de résistanceCapacité d'un système écologique ou biologique à maintenir son état d'équilibre et ses fonctions structurelles face à une perturbation extérieure (sécheresse, incendie, forçage externe) (Baudrot, 2016; Flores et al., 2014). Elle est inversement corrélée à l'amplitude des changements observés après la perturbation et se distingue de la résilience, qui mesure la vitesse de retour à l'équilibre (Bernard, 2017; Goudard, 2007) → Vocabulaire sélectionnés dans le sol, ils représentent une voie d'exposition humaine aux agrochimiques potentiellement nocifs (Yan et al., 2022).

Le résistome englobe l'ensemble des gènes de résistance aux antibiotiquesSubstances chimiques utilisées pour inhiber la croissance ou détruire les micro-organismes. En agriculture, leur présence dans les sols (via les déjections animales) peut perturber le fonctionnement biologique, affecter la croissance des plantes et favoriser l'émergence de gènes de résistance (Role of Bacteriophages in the Implementation of a Sustainable Dairy Chain, 2019; Zhao et al., 2023). Leur persistance dépend de processus d'adsorption et de dégradation biotique ou abiotique (Goulas, 2016b, 2016a) → Vocabulaire, qu'ils soient présents chez des bactéries pathogènes, commensales ou environnementales (Kim & Cha, 2021). Des recherches récentes soulignent que les agroécosystèmes représentent un "point chaud" non reconnu pour l'évolution de la résistance aux antimicrobiens (Britti, 2026).

L'application systématique de pesticides modifie profondément la signature génétique des microbiomes du sol (Lyu et al., 2025) :

• Herbicides : L'utilisation de molécules comme le glyphosateHerbicide total et systémique qui agit en inhibant l'enzyme EPSP synthase (5-énol-pyruvyl-shikimate-3-phosphate synthase), bloquant ainsi la synthèse des acides aminés aromatiques essentiels (phénylalanine, tyrosine, tryptophane) chez les végétaux (Carpentier et al., 2020; Reboud et al., 2018). Absorbé par les feuilles, il migre dans toute la plante jusqu'aux systèmes racinaires, entraînant la nécrose des tissus (Bonny, 2008; Laamari, 2016) → Vocabulaire, le glufosinate et le dicamba augmente significativement la prévalence des ARG et des éléments génétiques mobiles, même sans changement majeur dans la diversité taxonomique globale des bactéries (Liao et al., 2021).
• Insecticides : Des expositions à l'imidaclopride ont révélé une augmentation de la résistance phénotypique de E. coli à des antibiotiques critiques tels que les carbapénèmes, les aminoglycosides et les céphalosporines (A et al., 2024).
• Fongicides : Les triazoles utilisés en agriculture sont directement corrélés à l'émergence de souches d' Aspergillus fumigatus multirésistantes, posant une urgence clinique majeure pour le traitement de l'aspergillose humaine (Miller et al., 2022).

Les pesticides favorisent la propagation de la résistanceCapacité d'un système écologique ou biologique à maintenir son état d'équilibre et ses fonctions structurelles face à une perturbation extérieure (sécheresse, incendie, forçage externe) (Baudrot, 2016; Flores et al., 2014). Elle est inversement corrélée à l'amplitude des changements observés après la perturbation et se distingue de la résilience, qui mesure la vitesse de retour à l'équilibre (Bernard, 2017; Goudard, 2007) → Vocabulaire par trois leviers principaux :

• Perméabilité membranaire : Les herbicides augmentent la perméabilité des membranes cellulaires, facilitant ainsi la fréquence de conjugaison des plasmides de multirésistance (Liao et al., 2021).
• Mimétisme moléculaire : Une hypothèse émergente suggère que certains systèmes de défense bactériens (comme les pompes à efflux) identifient par erreur les molécules de pesticides comme des menaces antimicrobiennes en raison de similitudes structurelles, déclenchant des réponses de résistance croisée (Britti, 2026).
• Transfert trophique : La résistance ne reste pas confinée au sol ; elle se propage via la chaîne alimentaire. Des études récentes montrent que le stress induit par les pesticides augmente la transmission des ARG des collemboles du sol vers leurs prédateurs naturels (acariens), confirmant une bioaccumulation du résistome (Liu et al., 2024).

La crise de la résistanceCapacité d'un système écologique ou biologique à maintenir son état d'équilibre et ses fonctions structurelles face à une perturbation extérieure (sécheresse, incendie, forçage externe) (Baudrot, 2016; Flores et al., 2014). Elle est inversement corrélée à l'amplitude des changements observés après la perturbation et se distingue de la résilience, qui mesure la vitesse de retour à l'équilibre (Bernard, 2017; Goudard, 2007) → Vocabulaire aux antimicrobiens est désormais qualifiée de pandémie silencieuse, avec des projections atteignant 10 millions de décès annuels d'ici 2050 si aucune mesure n'est prise (Ahmed et al., 2024 ; Tang et al., 2023). L'impact économique est estimé à plusieurs dizaines de milliers de milliards de dollars, menaçant non seulement les systèmes de santé mais aussi la sécurité alimentaire mondiale (Ahmed et al., 2024). L'intégration des résidus de pesticides comme cofacteurs de cette crise est devenue un impératif pour les futures réformes réglementaires basées sur la santé planétaire (Britti, 2026).

Le tractus gastro-intestinal constitue la première barrière biologique contre les résidus de pesticides alimentaires (Rodríguez et al., 2023). L'exposition chronique induit une dysbioseRupture de l'équilibre écologique (eubiose) au sein d'une communauté microbienne, caractérisée par une perte de diversité taxonomique, une modification des fonctions métaboliques et souvent une prolifération de microorganismes potentiellement pathogènes (Armetta, 2022; Zeng et al., 2016). La dysbiose intestinale est étroitement liée à des facteurs environnementaux (alimentation, antibiotiques) et constitue un moteur central de nombreuses maladies inflammatoires, métaboliques et neurologiques chez l'hôte (Bäckhed et al., 2012; Khan et al., 2024; Martinez et al., 2021) → Vocabulaire caractérisée par :

• Altération de la diversité : Une augmentation est fréquemment observée du ratio Firmicutes/Bacteroidetes, une signature classiquement associée à l'obésité et au syndrome métabolique (Liu et al., 2021).
• Perméabilité intestinale ("Leaky Gut") : Les pesticides altèrent les jonctions serrées de la barrière épithéliale, favorisant la translocation bactérienne et le passage de composants pro-inflammatoires comme les lipopolysaccharides dans la circulation systémique (Djekkoun et al., 2021).
• Production d'endotoxines : Des études sur des modèles exposés aux pesticides courants montrent une prolifération de la flore productrice d'endotoxines, ce qui entretient un état inflammatoire chronique (Liu et al., 2021).

Les pesticides sont désormais classés comme des produits chimiques perturbateurs du métabolisme (Sargis et al., 2019). Ils interfèrent avec les voies hormonales et métaboliques par plusieurs mécanismes :

• InflammationRéponse immunitaire complexe déclenchée par des récepteurs reconnaissant des pathogènes ou des cellules endommagées, visant à restaurer l'homéostasie après une infection, une blessure ou une exposition à des contaminants (Ashley et al., 2012) → Vocabulaire du tissu adipeux : Les polluants organiques persistants et certains pesticides modernes s'accumulent dans les tissus adipeux, provoquant une inflammation locale et une lipotoxicité qui contribuent à la résistance à l'insuline (Lee et al., 2018).
• Dérégulation glycémique : Des cohortes récentes ont démontré une corrélation significative entre les niveaux urinaires de néonicotinoïdes et l'élévation de la glycémie à jeun ainsi que l'obésité (Zhang et al., 2024).
• Stress oxydatif : L'activation des réponses inflammatoires est souvent médiée par un stress oxydatif et une dysfonction mitochondriale (Patergnani et al., 2021).

L'inflammationRéponse immunitaire complexe déclenchée par des récepteurs reconnaissant des pathogènes ou des cellules endommagées, visant à restaurer l'homéostasie après une infection, une blessure ou une exposition à des contaminants (Ashley et al., 2012) → Vocabulaire déclenchée dans l'intestin ne reste pas localisée ; elle communique avec le système nerveux central via l'axe intestin-cerveau (Khoo et al., 2024 ; Matsuzaki et al., 2023) :

• Neuroinflammation : L'exposition aux pesticides (notamment les néonicotinoïdes et les pyréthrinoïdes) active les cellules microgliales et favorise la libération de cytokines pro-inflammatoires dans le cerveau (Cresto et al., 2023 ; Lian-kui et al., 2023).
• Atteinte de la barrière hémato-encéphalique : Des preuves émergentes indiquent que les pesticides peuvent compromettre l'intégrité de la BHE, facilitant ainsi l'entrée de médiateurs inflammatoires et de neurotoxines dans le parenchyme cérébral (Cresto et al., 2023).
• Risques neurodégénératifs : Cette inflammation chronique est un facteur identifié dans la pathogenèse de maladies comme Parkinson et Alzheimer, où l'interaction bidirectionnelle entre pesticides et microbiote joue un rôle de "déclencheur" (Botnaru et al., 2025 ; Kulcsárová et al., 2023).

Les données épidémiologiques et les programmes de biosurveillance humaine confirment l'ampleur du phénomène (Botnaru et al., 2025).

• Étude NHANES (2015-2016) : Des analyses menées sur des adultes américains ont suggéré des associations entre la présence de néonicotinoïdes et des marqueurs hématologiques de l'inflammationRéponse immunitaire complexe déclenchée par des récepteurs reconnaissant des pathogènes ou des cellules endommagées, visant à restaurer l'homéostasie après une infection, une blessure ou une exposition à des contaminants (Ashley et al., 2012) → Vocabulaire (Godbole et al., 2024).
• Initiative HBM4EU : Ce programme européen vise un usage systématique des biomarqueurs d'effet dans la biosurveillance en population générale afin de réduire l'exposition aux produits chimiques et les effets sur la santé (Jeddi et al., 2020).
• Suivi des travailleurs agricoles : Une étude sur des viticulteurs a montré que l'exposition au glyphosate a entraîné des altérations des niveaux de cytokines plasmatiques, y compris des augmentations marquées d'IL-4 et IL-5 et une diminution d'IL-8 (Maddalon et al., 2025).
• Impact prénatal : Les cohortes récentes soulignent que la fenêtre de vulnérabilité pour l'exposition in utero est importante. La dysbiose intestinale est associée aux pesticides, ce qui peut être une manifestation du syndrome métabolique et conduire à des pathologies inflammatoires chroniques (Djekkoun et al., 2021).

L'agriculture intensive et les pesticides transforment les sols en réservoirs de gènes de résistance aux antibiotiquesSubstances chimiques utilisées pour inhiber la croissance ou détruire les micro-organismes. En agriculture, leur présence dans les sols (via les déjections animales) peut perturber le fonctionnement biologique, affecter la croissance des plantes et favoriser l'émergence de gènes de résistance (Role of Bacteriophages in the Implementation of a Sustainable Dairy Chain, 2019; Zhao et al., 2023). Leur persistance dépend de processus d'adsorption et de dégradation biotique ou abiotique (Goulas, 2016b, 2016a) → Vocabulaire. Une étude d'envergure européenne a révélé que 83 % des sols agricoles testés en Europe contiennent des résidus de pesticides, créant une pression de sélection permanente sur le microbiome édaphique (Liao et al., 2021).

• Signature génétique : L'application d'herbicides tels que le glyphosate, le glufosinate et le dicamba augmente la prévalence des ARG et des éléments génétiques mobiles dans le sol, facilitant potentiellement leur transfert ultérieur vers d'autres niches (Liao et al., 2021).
• Vecteurs fauniques : La faune du sol (comme les enchytréides) exposée au glyphosate subit une dysbiose intestinale et peut ainsi devenir un vecteur de gènes de résistance qui présentent un risque pour la santé humaine (Zhang et al., 2024).
• Différenciation des pressions : Contrairement aux antibiotiques qui peuvent réduire la diversité microbienne, les pesticides non antibiotiques peuvent augmenter la diversité alpha du résistome, créant des réseaux de résistance plus dispersés et complexes à éradiquer (Lyu et al., 2025).

L'exposome chimique varie selon la voie de contact, et son interaction avec le système immunitaire joue un rôle important dans les maladies immunomédiées (Ronsmans et al., 2022).

• Exposition professionnelle : Chez les travailleurs agricoles, l'exposition aiguë entraîne des modifications rapides des cytokinesProtéines ou glycoprotéines solubles agissant comme un « langage universel » de communication entre les cellules (Berger, 2010). Synthétisées principalement par les cellules du système immunitaire, elles régulent l'activité et la fonction cellulaire à distance et interviennent massivement dans les mécanismes de virulence et la pathologie tissulaire (Berger, 2010; Henderson et al., 1996) → Vocabulaire plasmatiques (une augmentation de l'IL-4 et de l'IL-5 et une diminution de l'IL-8), témoignant d'une réponse immunitaire immédiate et d'une polarisation Th2 (Maddalon et al., 2025).
• Exposition alimentaire : Pour la population générale, l'ingestion chronique de résidus de pesticides (notamment le glyphosate et ses métabolites présents dans les fruits et légumes) est la voie prédominante (Jabłońska-Trypuć & Wiater, 2022). Le paradigme traditionnel de la dose est désormais remis en question car la toxicité et le risque métabolique à long terme sont définis par les conséquences d'une exposition chronique à de faibles doses (Djekkoun et al., 2021).

Le tractus gastro-intestinal est la première barrière biologique confrontée aux pesticides ingérés (Giambò et al., 2021).

• Altérations taxonomiques : L'exposition subchronique à des néonicotinoïdes (clothianidine) tend à réduire la diversité microbienne (ONARU-NAKANISHI et al., 2025). L'imidaclopride, quant à lui, favorise un déséquilibre marqué du ratio Firmicutes/Bacteroidetes, une signature typique des troubles métaboliques (Qumsani, 2024).
• Sensibilité sélective : Plus de la moitié des micro-organismes du microbiote humain possèdent la voie du shikimate et sont donc intrinsèquement sensibles au glyphosateHerbicide total et systémique qui agit en inhibant l'enzyme EPSP synthase (5-énol-pyruvyl-shikimate-3-phosphate synthase), bloquant ainsi la synthèse des acides aminés aromatiques essentiels (phénylalanine, tyrosine, tryptophane) chez les végétaux (Carpentier et al., 2020; Reboud et al., 2018). Absorbé par les feuilles, il migre dans toute la plante jusqu'aux systèmes racinaires, entraînant la nécrose des tissus (Bonny, 2008; Laamari, 2016) → Vocabulaire (Puigbò et al., 2022). Le glyphosate peut perturber le microbiote bénéfique de l'intestin, favorisant potentiellement des souches plus tolérantes ou pathogènes (Bruggen et al., 2021).

La dysbioseRupture de l'équilibre écologique (eubiose) au sein d'une communauté microbienne, caractérisée par une perte de diversité taxonomique, une modification des fonctions métaboliques et souvent une prolifération de microorganismes potentiellement pathogènes (Armetta, 2022; Zeng et al., 2016). La dysbiose intestinale est étroitement liée à des facteurs environnementaux (alimentation, antibiotiques) et constitue un moteur central de nombreuses maladies inflammatoires, métaboliques et neurologiques chez l'hôte (Bäckhed et al., 2012; Khan et al., 2024; Martinez et al., 2021) → Vocabulaire intestinale peut être induite par les pesticides et peut entraîner un risque accru de développer des pathologies inflammatoires chroniques de bas grade (Djekkoun et al., 2021).

• Mécanismes moléculaires : Les pesticides activent les récepteurs de cytokines par des voies de signalisation et augmentent la perméabilité intestinale, facilitant la translocation de bactéries (Tsatsakis et al., 2020).
• Conséquences métaboliques : Cet état inflammatoire persistant est directement lié à l'augmentation mondiale de l'obésité et du diabète de type 2 (Lee & Olefsky, 2021). Chez les adolescents vivant en zone agricole, une corrélation positive a été établie entre les mélanges de pesticides et des biomarqueurs inflammatoires, comme l'IL-6 et le TNF-α (Yen et al., 2024).
• Axe Intestin-Cerveau : L'inflammation systémique et la perturbation du microbiote par les pesticides sont reconnues comme des facteurs contributifs à la pathogenèse des maladies neurodégénératives, notamment la maladie de Parkinson, entre autres (Kulcsárová et al., 2023).

L'agriculture régénérative repose sur des pratiques telles que les cultures de couverture, le compostage et le semis direct pour restaurer la santé du sol et sa diversité microbienne (Thakur & Thakur, 2025). Ces méthodes favorisent un cycle des nutriments plus efficace et une réduction de l'occurrence des pathogènes par redondance fonctionnelle (Rosier et al., 2025).

• Densité nutritionnelle : L'AR augmente la concentration de composés bioactifs, notamment les polyphénols, les flavonoïdes et les caroténoïdes. Ces gains nutritionnels sont directement associés à une réduction de l'inflammation systémiqueRéponse immunitaire persistante et généralisée affectant l'ensemble de l'organisme, déclenchée par des perturbations sévères de l'homéostasie (infections chroniques, exposition prolongée à des contaminants) (Ashley et al., 2012). Contrairement à l'inflammation locale, elle mobilise des réseaux de signalisation immunorégulateurs complexes à l'échelle systémique (Ashley et al., 2012) → Vocabulaire et pourraient diminuer le risque de maladies non transmissibles comme le diabète de type 2 (Thakur & Thakur, 2025).
• Stabilité microbienne : L'utilisation de pâturages diversifiés augmente le carbone organique du sol et contribue à un microbiote intestinal plus stable chez les ruminants (Jayaneththi et al., 2026).

La consommation d'aliments biologiques constitue un levier direct pour moduler les biomarqueurs inflammatoires (Ludwig-Borycz et al., 2020).

• Réduction des biomarqueurs : Des études récentes montrent que la consommation d'aliments biologiques est inversement associée aux niveaux de protéine C-réactive et de cystatine C (Ludwig-Borycz et al., 2020). Cette corrélation est particulièrement significative pour la consommation de lait, de fruits, de légumes et de céréales biologiques en ce qui concerne la protéine C-réactive, tandis que la cystatine C est principalement influencée par le lait, les œufs et la viande (Ludwig-Borycz et al., 2020).
• Qualité des produits : L'agriculture biologique régénérative permet d'augmenter les teneurs en vitamine C, en zinc et en polyphénols dans des cultures comme les légumes-feuilles, les raisins et les carottes, tout en réduisant les résidus de pesticides et les nitrates (Feliziani et al., 2025).

L'intégration de la dimension environnementale dans les plans d'action nationaux de lutte contre la résistanceCapacité d'un système écologique ou biologique à maintenir son état d'équilibre et ses fonctions structurelles face à une perturbation extérieure (sécheresse, incendie, forçage externe) (Baudrot, 2016; Flores et al., 2014). Elle est inversement corrélée à l'amplitude des changements observés après la perturbation et se distingue de la résilience, qui mesure la vitesse de retour à l'équilibre (Bernard, 2017; Goudard, 2007) → Vocabulaire aux antimicrobiens est encore lacunaire (Willemsen et al., 2022).

• Lacunes des plans d'action : Bien que 146 pays disposent de Plans d'action nationaux contre l'AMR, d'importantes lacunes subsistent dans l'opérationnalisation des programmes de surveillance environnementale (Cai et al., 2025).
• Approche One Health : Des rapports, comme celui commandé par le Gouvernement français en 2020, soulignent la nécessité de limiter l'usage des antibiotiques et des biocides en agriculture pour réduire la pression de sélection dans les sols et les eaux (Haenni et al., 2021). L'harmonisation des méthodologies de détection à l'échelle mondiale est cruciale pour évaluer l'impact réel de l'AMR d'origine environnementale sur la santé humaine (Kumlien et al., 2021).

Face aux pertes de rendement mondiales dues aux maladies des plantes, estimées entre 21 % et 30 %, le développement d'alternatives non chimiques est une urgence agricole, avec des implications pour la santé publique (El-Saadony et al., 2022).

• Rhizobactéries : Les rhizobactéries favorisant la croissance des plantes sont identifiées comme des agents de biocontrôle prometteurs, offrant une alternative non toxique aux pesticides de synthèse (El-Saadony et al., 2022).
• Services écosystémiques : Le microbiome associé aux plantes peut offrir des bénéfices pour la lutte contre les ravageurs et l'efficacité de l'utilisation des nutriments, réduisant ainsi la dépendance aux intrants chimiques (Ray et al., 2020).

Le levier fondamental réside dans la compréhension de l'interconnexion entre la biodiversité du sol et celle du microbioteLe microbiote se définit comme l'ensemble des microorganismes (bactéries, virus, champignons, archées) vivant dans un environnement spécifique et interagissant avec son écosystème (Écale, 2021; Rochefort, 2020). Contrairement au "microbiome" qui inclut souvent la dimension génomique, le microbiote désigne spécifiquement la communauté taxonomique présente dans un hôte ou un habitat donné (Bousset, 2020; Nguyen, 2016) → Vocabulaire humain.

• Paradigme de gestion : Il existe une analogie directe entre les méthodes de restauration du microbiote intestinal humain et celles du microbiome de la rhizosphère (Adam et al., 2016). Une transition vers une gestion spécialisée des microbiomes du sol est nécessaire pour assurer la durabilité des systèmes alimentaires (Adam et al., 2016).
• Biodiversité et santé : L'exposition à un environnement diversifié est essentielle au développement génétique et métabolique du microbiome humain (Rosier et al., 2025). Les interventions agroécologiques globales contribuent ainsi à améliorer la diversité alimentaire et les résultats de santé publique en restaurant ce continuum (Rosier et al., 2025).

Les recherches de 2024-2025 confirment que la lutte contre la résistance aux antimicrobiens ne peut se limiter à la réduction des antibiotiquesSubstances chimiques utilisées pour inhiber la croissance ou détruire les micro-organismes. En agriculture, leur présence dans les sols (via les déjections animales) peut perturber le fonctionnement biologique, affecter la croissance des plantes et favoriser l'émergence de gènes de résistance (Role of Bacteriophages in the Implementation of a Sustainable Dairy Chain, 2019; Zhao et al., 2023). Leur persistance dépend de processus d'adsorption et de dégradation biotique ou abiotique (Goulas, 2016b, 2016a) → Vocabulaire en agriculture (BĂDESCU et al., 2025).

• Sélection par les pesticides : Même en l'absence d'antibiotiques, les pesticides et biocides agissent comme des agents de sélection et de maintien pour les bactéries résistantes (Schultz, 2025). Le résistome des plantes, autrefois garant de leur plasticité et résilience, est potentiellement altéré par l'impact anthropique, ce qui pourrait favoriser l'émergence de pathogènes au détriment des symbiotes (Berg et al., 2023).
• Mécanismes de "mimétisme moléculaire" : Une percée conceptuelle récente suggère que certaines molécules de pesticides déclenchent par erreur les systèmes de défense bactériens (comme les pompes à efflux) en raison de similitudes structurelles avec les menaces antimicrobiennes, accélérant ainsi la multi-résistance (Britti, 2026).
• Séquençage de pointe : L'utilisation de la métagénomique permet désormais de mieux comprendre le rôle de l'usage des pesticides dans les cultures quant à la résistance aux antimicrobiens (Schultz, 2025).

La réduction de l'exposome chimique alimentaire est pertinente pour la sécurité sanitaire humaine, face à des résidus de pesticides omniprésents dans l'environnement et l'alimentation (Silva et al., 2023).

• Contamination systémique : Les contaminants entrent dans la chaîne alimentaire non seulement par application directe, mais aussi par l'intermédiaire de composants non intentionnels (résidus dans le sol, microplastiques, solvants) (Panda et al., 2025).
• Stratégies de réduction : L'adoption de l'agriculture de précision, l'intégration de biopesticides et l'utilisation de fertilisants organiques représentent les leviers technologiques majeurs pour limiter cette exposition chimique (Olufemi & Ayeni, 2025).
• Traçabilité et blockchain : Pour garantir un système alimentaire sûr, l'utilisation de technologies comme la blockchain pour la traçabilité et l'intelligence artificielle pour une surveillance en temps réel devient un impératif pour réduire les risques chimiques tout au long de la chaîne d'approvisionnement (Olufemi & Ayeni, 2025).

Le concept des "Vieux Amis" évolue vers une compréhension du holobiome, un réseau interconnecté d'écosystèmes microbiens reliant le sol, les plantes, les animaux et les humains (García et al., 2025).

• Axe sol-intestin : Il existe un continuum microbien où des micro-organismes spécifiques transitent du sol vers le système gastro-intestinal humain via les plantes consommées (Ma et al., 2025). La biodiversité microbienne environnementale et humaine est codéveloppée (Rosier et al., 2025), et la perte de diversité microbienne chez l'homme affaiblit la régulation immunitaire (Wang et al., 2023).
• Restauration par les probiotiques du sol : L'utilisation d'inoculants microbiens et de probiotiques du sol permet de restaurer l'équilibre des sols dégradés, améliorant la qualité nutritionnelle (Bhardwaj et al., 2025) et la santé des consommateurs (García et al., 2025).
• Biodiversité et immunité : L'agriculture régénérative, en favorisant des systèmes de pâturages diversifiés, peut influencer la diversité et la stabilité du microbioteLe microbiote se définit comme l'ensemble des microorganismes (bactéries, virus, champignons, archées) vivant dans un environnement spécifique et interagissant avec son écosystème (Écale, 2021; Rochefort, 2020). Contrairement au "microbiome" qui inclut souvent la dimension génomique, le microbiote désigne spécifiquement la communauté taxonomique présente dans un hôte ou un habitat donné (Bousset, 2020; Nguyen, 2016) → Vocabulaire intestinal des ruminants (Jayaneththi et al., 2026).

L'approche One Health s'est institutionnalisée avec la création du Quadripartite en 2022 (Zhang et al., 2024), appelant à un "équilibre socio-écologique" entre les interactions humain-animal-environnement (Zhang et al., 2024).

• Sécurité des sols : Ce concept, complémentaire de One Health, souligne la nécessité de cinq dimensions mesurables pour évaluer la santé des sols (Swan et al., 2024).
• Besoin de standards unifiés : Un obstacle majeur reste la fragmentation des politiques et l'absence de normes de certification unifiées pour l'agriculture régénérative (Rosier et al., 2025). L'utilisation des microbiomes pour de meilleures pratiques agronomiques durables pourrait contribuer aux objectifs clés de l'approche One Health (Yan et al., 2022).
• Engagement multisectoriel : La collaboration entre les parties prenantes et des approches interdisciplinaires est nécessaire pour relever les défis du système alimentaire et les crises planétaires (Rosier et al., 2025).