Mycobiome Intestinal et Axe Gut-Brain Fongique

L'analyse du mycobiomeEnsemble des champignons et de leurs fonctions dans un écosystème sol. Représente 20-70% de la biomasse microbienne totale selon l'état du sol. Caractérisé par métabarcoding ITS et PLFA (marqueurs fongiques). Un ratio F/B élevé indique un sol mature à cycles lents et stables. → Vocabulaire humain révèle une diversité alpha nettement inférieure à celle du bactériome (Nash et al., 2017). Les études de séquençage de l'espaceur transcrit interne montrent que le mycobiome est dominé par deux embranchements principaux : les Ascomycota et les Basidiomycota (Nash et al., 2017). Dans une moindre mesure, des membres des Zygomycetes sont également détectés (Spatz & Richard, 2020). Un individu sain héberge généralement une dizaine de genres et une vingtaine d'espèces fongiques distinctes (Spatz & Richard, 2020).

Parmi la vaste diversité fongique, les genres SaccharomycesGenre de levures ascomycètes unicellulaires incluant l'espèce modèle Saccharomyces cerevisiae, acteur central des fermentations alimentaires depuis le Néolithique. Présent dans le microbiote intestinal humain, ce genre illustre la continuité évolutive entre les écosystèmes fermentaires telluriques et les communautés microbiennes associées à l'hôte. → Vocabulaire et Candida sont les plus abondants dans le tractus gastro-intestinal humain, suivis par Penicillium et Aspergillus (Lai et al., 2023).

• Saccharomyces : Souvent le genre le plus abondant (Nash et al., 2017).
• Candida : Comprenant des espèces commensales telles que Candida albicans, C. glabrata et C. tropicalis, ce genre peut devenir opportuniste en cas de dysbiose (Jawhara, 2022).
• Malassezia : Est identifié comme un colonisateur permanent du système digestif.
  D'autres genres tels que Aspergillus, Penicillium, Debaryomyces et Cladosporium sont fréquemment répertoriés, bien que leur abondance relative varie considérablement d'un individu à l'autre (Maas et al., 2023 ; Spatz & Richard, 2020).

Une distinction cruciale doit être opérée entre les colonisateurs permanents et les espèces transitoires. Alors que Candida et SaccharomycesGenre de levures ascomycètes unicellulaires incluant l'espèce modèle Saccharomyces cerevisiae, acteur central des fermentations alimentaires depuis le Néolithique. Présent dans le microbiote intestinal humain, ce genre illustre la continuité évolutive entre les écosystèmes fermentaires telluriques et les communautés microbiennes associées à l'hôte. → Vocabulaire s'établissent constamment, de nombreux autres champignons détectés, tels qu'Agaricus (Auchtung et al., 2022) ou certains Aspergillus (Jaramillo-Valverde, 2022), proviennent de l'ingestion alimentaire ou de l'environnement. Ce phénomène souligne le lien étroit entre l'alimentation, l'exposition environnementale et la structure temporaire du mycobiome (Auchtung et al., 2022 ; Renzi et al., 2024).

Le mycobiomeEnsemble des champignons et de leurs fonctions dans un écosystème sol. Représente 20-70% de la biomasse microbienne totale selon l'état du sol. Caractérisé par métabarcoding ITS et PLFA (marqueurs fongiques). Un ratio F/B élevé indique un sol mature à cycles lents et stables. → Vocabulaire se caractérise par une forte variabilité inter-individuelle, bien plus marquée que celle observée pour les communautés bactériennes (Maas et al., 2023). Cette instabilité relative suggère que la composition fongique est particulièrement sensible aux facteurs externes, notamment au régime alimentaire, à l'utilisation d'antibiotiques ou d'antifongiques, et aux conditions de santé globale de l'hôte (Huang et al., 2024). Néanmoins, le maintien d'un équilibre entre ces populations est vital, car sa rupture peut favoriser la production de mycotoxines et déclencher des réponses inflammatoires systémiques.

Le mycobiomeEnsemble des champignons et de leurs fonctions dans un écosystème sol. Représente 20-70% de la biomasse microbienne totale selon l'état du sol. Caractérisé par métabarcoding ITS et PLFA (marqueurs fongiques). Un ratio F/B élevé indique un sol mature à cycles lents et stables. → Vocabulaire communique avec le cerveau via plusieurs canaux majeurs :

• Voie nerveuse : Les composants fongiques peuvent stimuler directement les fibres afférentes du nerf vague, transmettant des signaux rapides au tronc cérébral.
• Médiateurs métaboliques : Les champignons sont capables de produire ou de moduler des neurotransmetteurs et leurs précurseurs, tels que la sérotonine et des métabolites de la voie des kynurénines (Bashir & Khan, 2022 ; Wu et al., 2021).
• Signalisation immunitaire : Les parois cellulaires fongiques, riches en bêta-glucanes et mannanes, sont reconnues par des récepteurs spécifiques (comme Dectin-1) sur les cellules immunitaires intestinales, déclenchant la libération de cytokines pro-inflammatoires (IL-6, TNF-α, IL-17) susceptibles de circuler jusqu'au SNC (Wu et al., 2021).

Une rupture de l'équilibre fongique, souvent marquée par une prolifération excessive de CandidaGenre de champignons levuriformes caractérisé par un dimorphisme (levure/hyphe) dont la virulence et la formation de biofilms sont régulées par des molécules de signalisation comme le farnesol (Deveau, 2023; Hassani et al., 2018). En protection des cultures, certaines espèces sont utilisées comme agents de biocontrôle pour leur capacité à entrer en compétition pour l'espace et les nutriments avec des pathogènes, ou par parasitisme direct des hyphes (Cabral et al., 2018; Freimoser et al., 2019) → Vocabulaire albicans, altère l'intégrité de la barrière épithéliale intestinale (Fusco et al., 2021). Ce phénomène de perméabilité intestinale (ou leaky gut) permet la translocation de molécules fongiques et de métabolites toxiques dans la circulation systémique (Parker et al., 2022). Cette exposition chronique favorise une inflammation de bas grade, un facteur prédisposant majeur aux troubles neurologiques (Giron et al., 2022 ; Dias-Carvalho et al., 2023).

La neuroinflammation induite par le mycobiomeEnsemble des champignons et de leurs fonctions dans un écosystème sol. Représente 20-70% de la biomasse microbienne totale selon l'état du sol. Caractérisé par métabarcoding ITS et PLFA (marqueurs fongiques). Un ratio F/B élevé indique un sol mature à cycles lents et stables. → Vocabulaire résulte de l'activation des cellules gliales dans le cerveau (Cornitius et al., 2025).

• Altération de la barrière hémato-encéphalique : Les cytokines systémiques augmentent la perméabilité de la BHE (Villalba et al., 2023).
• Activation de la microglie : Une fois les signaux inflammatoires parvenus au cerveau, les cellules microgliales passent d'un état de surveillance à un état pro-inflammatoire, libérant des radicaux libres et des protéases qui endommagent les neurones (Xie et al., 2022 ; Xu et al., 2023).
• Accumulation de protéines : Des données suggèrent que la dysbiose fongique pourrait influencer l'agrégation de protéines pathogènes, telles que les plaques amyloïdes dans la maladie d'Alzheimer, via des mécanismes d'inflammation chronique (Cornitius et al., 2025).

Le rôle du mycobiomeEnsemble des champignons et de leurs fonctions dans un écosystème sol. Représente 20-70% de la biomasse microbienne totale selon l'état du sol. Caractérisé par métabarcoding ITS et PLFA (marqueurs fongiques). Un ratio F/B élevé indique un sol mature à cycles lents et stables. → Vocabulaire est de plus en plus documenté dans plusieurs pathologies neuropsychiatriques (Hadrich et al., 2025).

• Sclérose en plaques : Des modifications du mycobiome, avec une augmentation de certains genres fongiques comme Candida et Saccharomyces, ont été observées chez les patients atteints de sclérose en plaques (Gargano et al., 2022) et associées au déclenchement d'une inflammation dans cette maladie (Wu et al., 2023).
• Troubles du spectre autistique : Une prévalence élevée de Candida est souvent rapportée chez les patients atteints de troubles du spectre autistique, corrélée à la sévérité des symptômes (Caputi et al., 2024).
• Maladies neurodégénératives : Le mycobiome pourrait agir comme un modulateur environnemental clé dans la progression de la maladie de Parkinson et d'Alzheimer en déclenchant une inflammation unique (Wu et al., 2023).

Le clade des Opisthokontes regroupe les règnes des Animalia et des Fungi, ainsi que plusieurs lignées de protistes apparentées (Medina et al., 2003). Les analyses génomiques et protéomiques modernes confirment que les animaux et les champignons partagent un ancêtre commun beaucoup plus récent que celui du règne végétal (Paterson et al., 2023). Cette proximité phylogénétique signifie que les champignons sont, d'un point de vue évolutif, les « frères » des animaux plutôt que leurs cousins éloignés. Cette parenté structurelle explique la présence de caractéristiques cellulaires partagées, telles que la synthèse de la chitine ou l'utilisation du glycogène comme réserve énergétique (Brain et al., 2025 ; Wang et al., 2021).

En raison de cette ascendance commune, de nombreuses voies de signalisation moléculaires et métaboliques sont conservées entre les champignons et les humains (Nurani, 2023). Cette conservation a des implications majeures pour l'axe intestin-cerveauSystème de communication bidirectionnelle entre le tractus gastro-intestinal et le système nerveux central, impliquant des voies nerveuses (nerf vague), endocriniennes et immunitaires (Bashir & Khan, 2022). Le microbiote intestinal joue un rôle clé dans cet axe en produisant des neurotransmetteurs (sérotonine, GABA) et des métabolites comme les acides gras à chaîne courte qui influencent les fonctions cognitives, le comportement et l'humeur (Margoob et al., 2024; Welcome, 2018). Toute perturbation de l'équilibre intestinal (dysbiose) peut ainsi affecter la santé neurologique via des signaux pro-inflammatoires ou métaboliques (Akpınar, 2018; Zhang et al., 2022) → Vocabulaire :

• Homologie des récepteurs : Les systèmes de reconnaissance immunitaire innée de l'hôte, comme les récepteurs de type Toll, ont évolué pour détecter des motifs moléculaires fongiques hautement conservés (Houshyar et al., 2021).
• Production de métabolites neuroactifs : De nombreux champignons synthétisent des molécules, telles que les alcaloïdes de l'ergot, qui partagent des similitudes structurelles avec les neurotransmetteurs animaux, comme la sérotonine et la dopamine (Lim et al., 2023).

L'évolution des premiers systèmes nerveux chez les métazoaires s'est déroulée dans un environnement riche en microorganismes (Bennett, 2021). Cette cohabitation millénaire a favorisé une coévolution où le système nerveux animal a appris à intégrer les signaux chimiques environnementaux et microbiens pour réguler ses fonctions physiologiques (Giez et al., 2021).
Les neurones humains sont sensibles aux métabolites fongiques qui peuvent influencer les voies de signalisation neuronales (Masum et al., 2025). Cette interconnexion explique pourquoi une dysbiose fongiqueAltération de la composition et de la fonction du mycobiome, la composante fongique du microbiote intestinal. La dysbiose fongique se manifeste par une prolifération de levures opportunistes (Candida spp.) ou une perte de diversité fongique, souvent consécutive à une antibiothérapie ou une immunodépression. Elle peut exacerber l'inflammation intestinale et moduler la réponse immunitaire systémique via la translocation de métabolites fongiques. → Vocabulaire peut induire des réponses neurologiques et comportementales aussi profondes, le cerveau interprétant les signaux du mycobiome comme des modulateurs directs de la plasticité synaptique (Abdelmoula et al., 2023 ; Liu et al., 2022).

Le sol est l'un des écosystèmes les plus riches en champignons sur Terre (Debeljak & Baltar, 2023). Dans une perspective historique et évolutive, l'être humain a toujours été exposé à une inoculation microbienne constante par le contact direct avec la terre et l'ingestion d'aliments peu transformés (Yadav et al., 2023). Des études montrent que l'exposition à l'environnement naturel, y compris les sols sains, introduit des champignons bénéfiques dans le microbiote intestinal, contribuant à atténuer les inflammations (Ma et al., 2025).

Les pratiques agricoles modernes, notamment l'utilisation intensive de fongicides et de pesticides, ont considérablement appauvri la santé du sol en détruisant les réseaux mycorhiziens essentiels (Ma et al., 2025). À l'inverse, l'agriculture régénératrice favorise la restauration de cette biomasse fongique. Un sol riche en champignons symbiotiques permet non seulement une meilleure résilience des cultures, mais assure également que les aliments produits portent une signature microbienne diversifiée capable de recoloniser favorablement le tractus intestinal humain (Ma et al., 2025).

L'axe sol-plante-goûtApproche transversale des systèmes alimentaires reliant les propriétés biophysiques du sol à la qualité sensorielle finale des produits (Guiomar, 2015). Elle s'appuie sur la compréhension des transferts d'ions nutritifs et des mécanismes biogéochimiques dans le continuum sol-plante, influençant la composition chimique et la typicité organoleptique (notamment dans le secteur viticole) (Blotevogel, 2017; Bonfante & Brillante, 2022) → Vocabulaire postule que la richesse microbiologique du sol influence directement la synthèse de métabolites secondaires (comme les polyphénols et les terpènes) par les plantes (Johnston-Monje et al., 2023). Ces composés, perçus par nos récepteurs sensoriels comme des indicateurs de qualité nutritionnelle (Kurhaluk et al., 2025), jouent un rôle prébiotique pour le mycobiome intestinal (Milutinović et al., 2021). À l'inverse, un sol appauvri prive le microbiome intestinal des métabolites secondaires produits par les plantes en sol sain, nécessaires à la régulation des neurotransmetteurs via l'axe gut-brain (Ma et al., 2025 ; Riegelman et al., 2024).

L'intégration de ces données mène à une vision One Health : la santé neurologique de l'individu est indissociable de la santé des écosystèmes (Fernandes et al., 2024 ; White, 2021). La dégradation des sols entraîne une perte de diversité du mycobiomeEnsemble des champignons et de leurs fonctions dans un écosystème sol. Représente 20-70% de la biomasse microbienne totale selon l'état du sol. Caractérisé par métabarcoding ITS et PLFA (marqueurs fongiques). Un ratio F/B élevé indique un sol mature à cycles lents et stables. → Vocabulaire, favorisant la dysbiose et, par extension, la neuroinflammation (Forbes et al., 2019). Restaurer le lien entre l'humain et le microbiome du sol par une alimentation issue de sols vivants apparaît donc comme une stratégie préventive majeure contre les troubles neuropsychiatriques contemporains (Roslund et al., 2024).