Microbiome intestinal
Le microbiome intestinal désigne la communauté microbienne complexe résidant dans le tube digestif humain, comprenant plus de 10¹³ cellules bactériennes et plus de 1 000 espèces. Cet écosystème fonctionne comme un méta-organe influençant la digestion, l’immunité et le métabolisme.
Sa composition dépend étroitement de l’exposition environnementale et de l’alimentation. Les micro-organismes du sol transitent vers les plantes par la rhizosphère et la phyllosphère, puis sont ingérés avec les végétaux crus, les fruits ou les aliments fermentés. Cette voie d’inoculation continue constitue un véritable continuum sol-plante-microbiome intestinal : la diversité microbienne du sol, entretenue par l’activité des lombriciens (drilosphère, biopores) et de la mésofaune (collemboles, acariens), se répercute sur celle du microbiome humain.
Cependant, ce continuum peut aussi servir de passerelle à des gènes de résistance aux antibiotiques, comme l’illustrent les concepts de résistome et de transfert horizontal de gènes entre compartiments.
Un microbiome intestinal appauvri, consécutif à une perte de biodiversité microbienne dans l’alimentation et l’environnement, est associé à une augmentation des maladies inflammatoires chroniques, de l’obésité et du diabète. Cette perspective holobiontique souligne que la santé humaine est indissociable de la santé des sols et des écosystèmes microbiens qui les habitent.