Controverses sur le stockage du carbone du sol : trois paradigmes en débat

Pendant plus d’un siècle, la compréhension de la matière organique des sols a été dominée par le concept d’humus, défini comme un ensemble de macromolécules brunes, amorphes et chimiquement récalcitrantes, issues de la recondensation des produits de décomposition des litières. Cette vision, héritée des travaux d’Albrecht Thaer puis systématisée par Selman Waksman (1936), postulait l’existence d’une fraction intrinsèquement stable, résistante à la biodégradation, et constituant le cœur de la fertilité des sols. Le dosage de cet humus, par oxydation sulfochromique ou perte au feu, a longtemps servi d’indicateur central de la qualité agronomique, confortant l’idée que l’accumulation de carbone stable sous forme d’humus était le pilier de toute stratégie de stockage durable.

Or, cette construction théorique s’est heurtée à des incohérences majeures dès lors que les outils de la chimie analytique et de la biogéochimie isotopique ont permis d’observer la dynamique réelle des matières organiques in situ. Les datations au carbone 14 ont révélé que le temps de résidence moyen du carbone organique du sol, même dans les fractions dites stabilisées, est bien inférieur à ce que prédisait le modèle humique (Trumbore, 2000). Dans de nombreux sols tempérés, la moyenne d’âge du carbone organique total n’excède pas quelques décennies, tandis que des molécules simples comme les sucres ou les acides aminés, supposées labiles, peuvent persister des siècles. La vision d’une matière organique évoluant linéairement vers des polymères complexes et résistants s’est effritée, rendant nécessaire une refonte profonde des concepts.

La méthode classique d’extraction alcaline, popularisée par Stevenson (1994), a longtemps été le pilier analytique de la théorie humique. Elle consiste à solubiliser la matière organique par une solution de soude (NaOH 0,1 à 0,5 M), puis à séparer par précipitation acide les acides humiques (insolubles à pH < 2) des acides fulviques (solubles). Ces trois fractions opérationnelles – humine, acides humiques, acides fulviques – ont été considérées comme des entités chimiques distinctes et fonctionnellement pertinentes. Pourtant, dès les années 2000, les spectroscopies RMN du solide et la pyrolyse GC-MS ont démontré que ces fractions ne correspondent pas à des macromolécules spécifiques, mais à des mélanges hétérogènes de composés partiellement dégradés (Kleber et Johnson, 2010). L’extraction alcaline elle-même provoque des réactions d’oxydation et de condensation artéfactuelles, générant des structures de type humine qui n’existent pas dans le sol intact (Lehmann et Kleber, 2015).

Les critiques les plus radicales (Schmidt et al., 2011) ont qualifié les substances humiques de « chimères analytiques », dont la quantification ne renseigne ni sur la réactivité biologique ni sur la protection physiqueMécanisme de stabilisation de la matière organique dans le sol par occlusion à l'intérieur des agrégats, où elle devient physiquement inaccessible aux enzymes microbiennes extracellulaires. Cette séquestration spatiale explique la persistance pluridécennale, voire pluriséculaire, de certaines fractions du carbone organique, indépendamment de leur récalcitrance biochimique intrinsèque. → Vocabulaire du carbone. En effet, la résistance à l’extraction alcaline n’est corrélée ni à la biodégradabilité intrinsèque ni au temps de résidence. Des expériences d’incubation ont montré que des acides humiques extraits peuvent être minéralisés aussi rapidement que des résidus végétaux frais lorsqu’ils sont réintroduits sans protection physique dans un sol vivant (Marschner et al., 2008). Ce constat a conduit la communauté scientifique à abandonner le fractionnement chimique comme outil de prédiction du stockage, au profit d’approches centrées sur les mécanismes de stabilisation organo-minérale et sur l’accessibilité spatiale du carbone aux microorganismes.

L’effritement du paradigme humique a ouvert la voie à une conception écosystémique de la dynamique du carbone, où la persistance n’est plus une propriété moléculaire mais une propriété émergente du système sol. Le modèle du « continuum de décomposition » (Lehmann et Kleber, 2015) propose que les résidus organiques sont progressivement fragmentés, oxydés et recombinés, sans jamais former de macromolécule stable unique. La matière organique s’organise en un gradient de taille décroissante et d’interactions croissantes avec les surfaces minérales. La clé de la stabilisation réside alors dans la protection physiqueMécanisme de stabilisation de la matière organique dans le sol par occlusion à l'intérieur des agrégats, où elle devient physiquement inaccessible aux enzymes microbiennes extracellulaires. Cette séquestration spatiale explique la persistance pluridécennale, voire pluriséculaire, de certaines fractions du carbone organique, indépendamment de leur récalcitrance biochimique intrinsèque. → Vocabulaire par occlusion au sein des agrégats et dans l’adsorption des molécules organiques sur les phases minérales, notamment les argiles et les oxyhydroxydes de fer et d’aluminium (Kögel-Knabner et al., 2008). Une molécule labile, comme le glucose, peut ainsi être préservée pendant des siècles si elle est adsorbée à l’intérieur d’un microporosite inaccessible aux enzymes microbiennes, tandis qu’un composé aromatique réputé récalcitrant peut être rapidement minéralisé s’il demeure libre dans la solution du sol.

Cette transition a des conséquences agronomiques immédiates : elle balaye l’idée qu’il suffit d’apporter des amendements « humifiés » pour stocker du carbone à long terme. Le compostage thermophile, s’il réduit le volume et la phytotoxicité des résidus, ne génère pas un carbone intrinsèquement plus stable que les matières organiques fraîches (Chenu et al., 2019). La véritable stabilisation se construit dans le sol, à l’interface entre minéraux, racines et microorganismes. Cela redéfinit radicalement les stratégies de stockage : elles ne doivent pas viser une accumulation de carbone chimiquement récalcitrant, mais la restauration des processus biogéochimiques qui favorisent l’ancrage du carbone au sein de la matrice minérale, processus eux-mêmes gouvernés par l’activité de l’holobionte sol.

Le postulat d’un stockage illimité du carbone organique dans les sols a été remis en cause par le concept de saturationÉtat d'un profil de sol lorsque toute sa porosité est occupée par l'eau, excluant ainsi la phase gazeuse (Carluer et al., 2011; Río et al., 2024). En période de saturation, le drainage et le ruissellement sont à leur maximum, favorisant les transferts rapides de contaminants vers les eaux de surface (Adoir et al., 2018; Bockstaller et al., 2017) → Vocabulaire : au-delà d’un certain niveau, le carbone additionnel ne serait plus stabilisé dans des fractions persistantes, mais resterait sous forme labile rapidement minéralisée. Ce raisonnement s’appuie sur l’observation d’une corrélation linéaire entre la teneur en carbone « protégé » et la fraction minérale fine (argiles + limons fins < 20 µm), d’abord formalisée par Hassink (1997) et affinée par Six et al. (2002) dans le modèle de saturation du carbone associé aux minéraux (MAOM). Ce plafond, souvent qualifié de capacité de protection physique, serait gouverné par la surface spécifique des minéraux et les sites de liaison disponibles, faisant de la texture un indicateur indirect commode mais réducteur.

En France, les cartographies issues du Réseau de Mesures de la Qualité des Sols (RMQS) et les travaux de Barré et al. (2017) confirment que la majorité des sols agricoles sont en situation de sous-saturation, avec des déficits pouvant dépasser 50 % du stock théorique dans les sols limoneux surexploités. Pourtant, ériger la texture en indicateur absolu se heurte à plusieurs écueils. D’une part, la minéralogie des argiles (smectite vs kaolinite) module la capacité d’échange et le nombre de sites réactifs ; d’autre part, les interactions organo-minérales ne relèvent pas d’une simple adsorption physique, mais d’un continuum de stabilisation impliquant ponts cationiques (Ca²⁺, Fe³⁺), enchevêtrement macromoléculaire et micro-agrégation (Chenu & Plante, 2006). Dès lors, un sol argileux peut exhiber des teneurs en carbone dépassant de 20 à 30 % le plafond calculé sur la seule base granulométrique, à la faveur d’une intense bioturbation ou d’un régime calcique favorable (Six et al., 2002).

La distinction entre sols limoneux et argileux éclaire les limites du modèle de saturation. Les sols limoneux, à faible capacité d’échange cationique (10-20 cmol⁺·kg⁻¹) et structure fragile, approchent rapidement leur plafond de protection minéral : la matière organique y est moins efficacement piégée dans le réseau poreux et plus exposée à la minéralisation oxydativeDégradation de la matière organique du sol par des processus abiotiques impliquant des espèces réactives de l'oxygène, notamment via la réaction de Fenton qui génère des radicaux hydroxyles. Cette voie non enzymatique de minéralisation oxydative complète l'action des décomposeurs microbiens en attaquant les structures aromatiques récalcitrantes et les complexes organo-minéraux protégés de l'accès enzymatique. → Vocabulaire (Stewart et al., 2007). Ainsi, des essais longue durée en grande culture sur limons battants (bassin parisien) montrent un tassement du stock de carbone après 15-20 ans d’apports réguliers de résidus, plafonnant autour de 10-12 g C·kg⁻¹ dans l’horizon de surface, malgré un bilan carboné excédentaire (Cardinael et al., 2015).

À l’inverse, les sols argileux — dotés d’une CEC élevée (20-40 cmol⁺·kg⁻¹) et de capacités d’agrégation renforcées par les ponts calciques et les polysaccharides microbiens — peuvent stocker bien au-delà du seuil granulométrique, jusqu’à 30-50 g C·kg⁻¹ dans les vertisols ou les andosols. Les Terra Preta amazoniennes, enrichies en biochar et en déchets organiques stabilisés, dépassent même les 100 g C·kg⁻¹ sans saturation apparente, soulignant le rôle de formes « pyrogéniques » et de l’activité microbienne pour contourner le plafond minéral (Glaser et al., 2001). Toutefois, même pour les argiles, la saturation n’est pas un mythe : au-delà d’un certain seuil, le supplément de carbone s’accumule dans la fraction légère (fPOM) et devient vulnérable aux perturbations (Rumpel et al., 2018). Le concept de saturation demeure donc pertinent, à condition de l’exprimer non comme une limite fixe, mais comme une enveloppe de saturation dépendante du minéral, du pH, du régime redox et de l’activité biologique.

L’initiative 4 pour 1000Initiative lancée lors de la COP21 visant à augmenter les stocks mondiaux de carbone organique dans les sols de 0,4 % (4 pour 1000) par an afin de compenser une partie des émissions anthropiques de gaz à effet de serre et d'accroître la sécurité alimentaire (Ceschia et al., 2023; Desbois, 2021). L'objectif repose sur le fait qu'un tel taux de séquestration permettrait théoriquement de neutraliser l'augmentation annuelle du CO₂ atmosphérique (Launay et al., 2021; Pulliat, 2018) → Vocabulaire, lancée lors de la COP21, postule qu’une augmentation annuelle de 0,4 % du stock de carbone des sols mondiaux suffirait à compenser les émissions anthropiques de CO₂. Ce calcul global (2 400 Gt × 0,004 ≈ 9,6 Gt C·an⁻¹) masque de profondes hétérogénéités spatiales et, surtout, ignore le gradient de saturation des sols. Les potentiels bruts de stockage, souvent chiffrés entre 0,5 et 3,0 t C·ha⁻¹·an⁻¹ pour les sols tempérés (Chenu et al., 2019), s’effondrent lorsque le déficit de saturation se réduit. En France, les terres arables limoneuses, proches de leur plafond, ne pourraient capter que 0,1-0,3 t C·ha⁻¹·an⁻¹ en moyenne, alors que certaines prairies permanentes ou sols forestiers affichent encore des marges de 0,6-1,0 t C·ha⁻¹·an⁻¹ (Barré et al., 2017).

Plus critique encore, le bilan net du 4 pour 1000 doit intégrer les émissions induites : un apport massif de matières organiques fermentescibles sur sol hydromorphe drainé peut libérer, via la dénitrification, des quantités de N₂O dont l’équivalent CO₂ dépasse le gain de carbone séquestré (Rumpel et al., 2018). De même, l’enfouissement de composts mal stabilisés dans des sols argileux engorgés peut exacerber les conditions réductrices et accroître les émissions de CH₄ (Minasny et al., 2017). Ainsi, aligner les politiques publiques sur le 4 pour 1000 exige de substituer aux potentiels bruts standardisés des grilles de lecture intégratives, qui croisent la saturation texturale, l’historique de gestion et le risque d’émissions de gaz à effet de serre. Faute de cette nuance, la promesse climatique du stockage de carbone dans les sols risque de se heurter aux réalités biogéochimiques du terrain.

Les réseaux d’expérimentation au champ contredisent l’idée selon laquelle le non-travail du sol et les apports organiques suffisent à reconstituer les stocks de carbone. L’analyse de onze essais suisses de longue durée a montré que, malgré une large gamme de traitements incluant l’épandage de fumier, de lisier ou de compost, les stocks de carbone organique de la couche arable (0–0,2 m) ont majoritairement diminué par rapport aux niveaux de référence (Keel et al., 2019). Même les rotations avec restitution intégrale des résidus n’ont pas enrayé ces pertes, rappelant la difficulté d’inverser une minéralisationProcessus biologique par lequel les microorganismes du sol décomposent la matière organique complexe (protéines, cellulose, lignine) en composés inorganiques simples (azote ammoniacal, phosphates, sulfates) assimilables par les plantes (Meilander & Caporaso, 2024; Moreau, 2017). Ce processus est inverse à l'immobilisation et constitue une étape clé du recyclage des nutriments dans les agroécosystèmes, souvent stimulée par l'apport de compost ou de résidus de culture (Fardeau, 2000; Taverne, 2017) → Vocabulaire accélérée par des décennies de travail intensif.

Les Mollisols du Midwest américain, pourtant emblématiques de la fertilité des prairies naturelles, livrent un constat tout aussi frappant. La conversion de ces sols en grandes cultures (maïs, soja) a libéré d’énormes quantités de carbone. L’adoption du semis direct, de rotations diversifiées ou d’amendements organiques a certes amélioré certains indicateurs de santé du sol, mais elle n’a pas restauré les formes persistantes de carbone, c’est-à-dire celles liées aux minéraux (MAOM). Seule la conduite de prairies pérennes avec pâturage tournant a permis un accroissement significatif de ce compartiment stable (Rui et al., 2022). À l’échelle européenne, la modélisation spatialisée de six scénarios alternatifs confirme la modestie du potentiel réel de séquestration : une fois pris en compte les contextes pédoclimatiques et la saturation des réservoirs, les gains additionnels dépassent rarement quelques dixièmes de tonne de carbone par hectare et par an, même pour des changements radicaux comme le retour à la prairie (Lugato et al., 2014).

Un biais méthodologique récurrent dans les essais consiste à ne mesurer le carbone que dans l’horizon labouré (0–20 ou 0–30 cm). Or, l’adoption du semis direct et des couverts végétaux modifie la distribution verticale du carbone sans garantir un gain net sur l’ensemble du profil. En plaine vénitienne, le suivi de parcelles en agriculture de conservation a montré une accumulation superficielle de matière organique, mais également des flux accrus d’eau et de nitrate vers les horizons sous-jacents (Camarotto et al., 2018). La conjonction d’un lessivage de carbone organique dissous et d’une minéralisationProcessus biologique par lequel les microorganismes du sol décomposent la matière organique complexe (protéines, cellulose, lignine) en composés inorganiques simples (azote ammoniacal, phosphates, sulfates) assimilables par les plantes (Meilander & Caporaso, 2024; Moreau, 2017). Ce processus est inverse à l'immobilisation et constitue une étape clé du recyclage des nutriments dans les agroécosystèmes, souvent stimulée par l'apport de compost ou de résidus de culture (Fardeau, 2000; Taverne, 2017) → Vocabulaire profonde peut ainsi compenser le stockage de surface, créant une stratification fragile : un horizon supérieur enrichi en carbone particulaire (POC) vulnérable à l’érosion et aux oxydations brutales lors d’un futur labour, et un sous-sol appauvri en carbone ancien qui n’est plus réalimenté.

Ce constat rejoint les inquiétudes sur la stabilité à long terme des stocks revendiqués. Une grande partie du carbone séquestré en surface sous non-travail n’appartient pas aux fractions protégées par les minéraux mais à un réservoir labile, rapidement reminéralisé en cas de perturbation mécanique ou d’excès d’eau temporaire. La persistance véritable exige donc une comptabilité sur l’intégralité du profil, seule à même d’éviter l’illusion d’un stockage additionnel qui ne serait qu’un transfert vertical.

Les expérimentations citées sont centrées sur des sols tempérés, bien drainés et à texture équilibrée. Les situations qui couvrent pourtant une part majeure des terres agricoles mondiales restent très peu documentées, ce qui affaiblit les projections globales. Dans les sols hydromorphes et tourbeux, le drainage transforme un puits de carbone séculaire en une source massive de CO₂ par oxydation de la matière organique auparavant protégée par l’anoxie, et s’accompagne fréquemment d’émissions de N₂O qui peuvent annuler le bénéfice climatique espéré (Maenhout et al., 2024). Les sols argileux lourds, en dépit de leur capacité d’agrégation élevée, subissent des alternances redox où l’excès d’eau stimule la dénitrification et la minéralisationProcessus biologique par lequel les microorganismes du sol décomposent la matière organique complexe (protéines, cellulose, lignine) en composés inorganiques simples (azote ammoniacal, phosphates, sulfates) assimilables par les plantes (Meilander & Caporaso, 2024; Moreau, 2017). Ce processus est inverse à l'immobilisation et constitue une étape clé du recyclage des nutriments dans les agroécosystèmes, souvent stimulée par l'apport de compost ou de résidus de culture (Fardeau, 2000; Taverne, 2017) → Vocabulaire de fractions jusqu’alors protégées dans les micro-agrégats. En zone tropicale, les températures élevées et les pluies intenses accélèrent le renouvellement de la matière organique, même sous couverture permanente ; les pratiques de semis direct qui améliorent la macro-agrégation en milieu tempéré y montrent une efficacité très limitée. Les sols salins et sodiques, caractérisés par une faible activité biologique et une structure dégradée, répondent à des mécanismes spécifiques de stabilisation du carbone encore mal compris. Le nombre très limité d’essais de longue durée publiés dans ces milieux interdit d’extrapoler les résultats obtenus en contextes favorables et rend toute estimation globale du potentiel de stockage additionnel profondément incertaine.

Les ingénieurs de l’écosystème, au premier rang desquels les vers de terre et les termites, façonnent physiquement l’habitabilité du sol par la création de biopores, de galeries et de turricules (Lavelle et al., 2006). Leur impact sur le stockage du carbone est profondément dual. D’un côté, l’activité des lombriciens contribue à la protection physiqueMécanisme de stabilisation de la matière organique dans le sol par occlusion à l'intérieur des agrégats, où elle devient physiquement inaccessible aux enzymes microbiennes extracellulaires. Cette séquestration spatiale explique la persistance pluridécennale, voire pluriséculaire, de certaines fractions du carbone organique, indépendamment de leur récalcitrance biochimique intrinsèque. → Vocabulaire de la matière organique. Les turricules de surface des anéciques, qui peuvent représenter plus de 40 à 60 t·ha⁻¹·an⁻¹ en prairie tempérée (Bouché, 1984), incorporent des fragments végétaux dans une matrice argilo-humique riche en mucus et en cations polyvalents, favorisant la formation de micro-agrégats stables où le carbone est occlus pour des décennies. L’analyse granulométrique révèle une accumulation significative de carbone intra-agrégat dans les horizons remaniés par la macrofaune, en lien avec la stimulation des ponts cationiques par les sécrétions intestinales calciques (Six et al., 2004). De surcroît, les galeries verticales profondes des anéciques créent des voies préférentielles pour les racines et l’eau, favorisant l’extension du volume prospecté par les rhizodépôts et donc l’entrée de carbone labile en profondeur.

D’un autre côté, cette même activité d’ingénierie peut accélérer la minéralisation du carbone ancien par un effet d’amorçage (« effet d'amorçage »). Le transit intestinal des vers de terre, en brassant de la matière organique protégée avec des substrats frais, active les communautés microbiennes copiotrophes et rompt l’occlusion physique des micro-agrégats, libérant du CO₂ (Lavelle et al., 2016). Dans les sols tropicaux, les termites exercent une pression analogue : les termitières concentrent des teneurs élevées d’argile et de carbone, mais les galeries d’approvisionnement et l’aération des nids stimulent la décomposition aérobie des litières, générant des émissions de CH₄ et de CO₂ significatives à l’échelle de l’écosystème (Lavelle et al., 2006). Ainsi, le bilan carbone des ingénieurs de l’écosystème est une résultante spatio-temporelle entre la stabilisation physique dans les biostructures et la minéralisation rapide des matières organiques labiles qu’ils mobilisent. Ce bilan bascule en faveur du stockage dès lors que les apports organiques sont réguliers et que la macro-agrégation durable n’est pas compromise par le travail du sol.

À l’échelle du microhabitat, la composition et la dynamique des communautés microbiennes dictent le devenir du carbone selon une logique de stratégies adaptatives et de contraintes stoechiométriques. Le concept de continuum r/K, transposé aux microorganismes du sol, distingue des copiotrophes à croissance rapide (stratège r), spécialistes des substrats labiles, et des oligotrophes à croissance lente (stratège K), capables d’exploiter la matière organique complexe (Fontaine et al., 2003). Lorsque des apports riches en sucres solubles ou en peptides pénètrent le sol – par exemple via des exsudats racinaires ou l’incorporation de résidus de couverts peu lignifiés –, ils sélectionnent des populations fongiques et bactériennes à fort taux de renouvellement. Ces microorganismes présentent un rapport C/N de leur biomasse relativement bas, de l’ordre de 6 à 10, et minéralisent l’excès de carbone en CO₂ pour satisfaire leur demande azotée (Manzoni et al., 2012). La conséquence est double : une respiration rapide du carbone frais, mais également une déstabilisation du carbone ancien protégé, car l’activation enzymatique de ces communautés primarisées exerce un « effet d'amorçage » sur la matière organique native (Fontaine et al., 2003).

À l’inverse, les communautés oligotrophes, dominées par des champignons mycorhiziens et des actinobactéries, présentent une croissance plus lente et un rapport C/N élevé, supérieur à 12. Elles sont associées à des taux de minéralisationProcessus biologique par lequel les microorganismes du sol décomposent la matière organique complexe (protéines, cellulose, lignine) en composés inorganiques simples (azote ammoniacal, phosphates, sulfates) assimilables par les plantes (Meilander & Caporaso, 2024; Moreau, 2017). Ce processus est inverse à l'immobilisation et constitue une étape clé du recyclage des nutriments dans les agroécosystèmes, souvent stimulée par l'apport de compost ou de résidus de culture (Fardeau, 2000; Taverne, 2017) → Vocabulaire par unité de carbone métabolisé plus faibles et contribuent à la stabilisation du carbone via l’accumulation de nécromasse fongique et de métabolites secondaires récalcitrants (Six et al., 2006). Le basculement d’un régime de stockage vers un régime de déstockage dépend ainsi d’un effet de seuil stoechiométrique. Lorsque le rapport C/N des intrants franchit le seuil critique d’environ 25, la compétition pour l’azote entre plantes et microorganismes se ralentit, la minéralisation brute est dominante sur l’immobilisation, et le carbone est stocké préférentiellement sous forme particulaire peu protégée (Manzoni et al., 2012). En deçà, l’immobilisation microbienne de l’azote inorganique stimule le recyclage rapide du carbone labile et entretient une respiration élevée. C’est donc bien la stœchiométrie des ressources entrantes, en interaction avec la structure initiale du microbiome, qui détermine le sens du flux net de carbone entre le sol et l’atmosphère.

L’extension du concept d’holobionte au système sol-plante invite à ne plus considérer la plante comme une entité isolée mais comme un super-organisme dont le phénotype étendu dépend de son cortège microbien mutualiste (Vandenkoornhuyse et al., 2015). Dans ce cadre, le puits de carbone que constitue le sol est en grande partie conditionné par l’intensité du dialogue mycorhizien. Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA), symbiotes obligatoires de plus de 80 % des plantes terrestres, reçoivent de 10 à 20 % des photoassimilats de leur hôte, qu’ils transforment rapidement en biomasse hyphes intra- et extra-racinaire (Drigo et al., 2010). La production massive d’hyphes extramatricielles, de l’ordre de 50 à 200 m par gramme de sol, double la surface d’échange de la racine et explore des microporosités inaccessibles aux poils absorbants. Ces hyphes libèrent dans le milieu des composés organiques complexes, notamment la glomaline, une glycoprotéine hydrophobe dont les formes récalcitrantes participent à la stabilisation des macro-agrégats (Rillig & Mummey, 2006). Les agrégats cimentés par la glomaline présentent des concentrations en carbone organique significativement plus élevées que le sol environnant, contribuant à la fois au stockage du carbone d’origine fongique et à la protection du carbone déjà présent par occlusionMécanisme de protection physique de la matière organique du sol par son piégeage à l'intérieur des agrégats ou des pores du sol. Cette séparation physique empêche le contact direct entre les substrats et les enzymes ou micro-organismes, prolongeant ainsi la persistance du carbone (Carvalho et al., 2023; King et al., 2019; Wu et al., 2023) → Vocabulaire physique (Wright & Upadhyaya, 1996).

Cependant, ce puits mycorhizien est hautement dépendant de l’état physiologique de la plante et des pratiques agronomiques. Sous régime de fertilisation azotée excessive, la plante réduit l’allocation de carbone aux CMA, affaiblissant le réseau mycélien et ralentissant la formation de nécromasse fongique stable (Treseder, 2004). Inversement, une limitation modérée en phosphore stimule la symbiose et amplifie le flux de rhizodépôts, orientant la rhizosphère vers des communautés à orientation K et augmentant la fraction de carbone associée aux minéraux. L’holobionte sol-plante constitue donc un levier de séquestration dont l’efficacité repose sur la préservation des mutualismes mycorhiziens, eux-mêmes indicateurs d’un fonctionnement biologique intégré du sol, bien au-delà de la simple addition de matières organiques exogènes.