Mycorhizes arbusculaires (AM) et ectomycorhizes (ECM) — Symbiose et Echanges Fonctionnels

La distinction entre les mycorhizes à arbuscules et les ectomycorhizes repose sur des trajectoires évolutives contrastées. Si les CMA sont historiquement liées à la colonisationProcessus par lequel des micro-organismes (bactéries, champignons) s'établissent dans la rhizosphère ou à l'intérieur des tissus végétaux (endosphère) (Compant et al., 2009; Gruet, 2022). Cette colonisation est initiée par le recrutement actif de la plante via ses exsudats racinaires, créant une niche écologique où les microbes peuvent influencer positivement la croissance et la défense de l'hôte (Durand, 2017; Lemanceau, 2019) → Vocabulaire des terres émergées, il y a environ 450 millions d'années (Lebreton & Keller, 2023), des découvertes récentes soulignent l'importance d'autres lignées anciennes comme les Endogonales (Rosling et al., 2024). À l'inverse, les ECM (Dikarya : Basidiomycota et Ascomycota) sont apparues plus tardivement et de manière convergente à partir d'ancêtres saprotrophes (Plett, 2017). Une signature génomique majeure différencie ces lignées : les champignons CMA ont perdu les gènes nécessaires à la synthèse des acides gras, ce qui les rend strictement dépendants des lipides fournis par l'hôte, une caractéristique absente chez les ECM qui conservent une plus grande autonomie métabolique (Plett, 2017).

L'écologie de ces deux lignées est définie par leur mode d'exploitation des ressources du sol :

• Les CMA agissent comme des « glaneurs » (scavengers) de nutriments inorganiques (d’Entremont & Kivlin, 2023). Ils dépendent de la minéralisation préalable de la matière organique par les micro-organismes saprotrophes pour absorber le phosphore et l'azote sous forme minérale (d’Entremont & Kivlin, 2023)
• Les ECM (Basidiomycota/Ascomycota) sont des « mineurs » (miners) actifs (d’Entremont & Kivlin, 2023). Grâce à un arsenal enzymatique complexe (protéases, peroxydases), ils dégradent directement la matière organique pour en extraire l'azote et le phosphore, ce qui leur confère un avantage compétitif marqué dans les sols forestiers pauvres et froids (Tunlid et al., 2022).

La recherche récente applique désormais le cadre écologique de Grime pour différencier les familles de champignons mycorhiziens, en particulier chez les CMA (Albornoz et al., 2023 ; Horsch et al., 2023) :

• Gigasporaceae : Investissent massivement dans le mycélium extra-radiculaire pour explorer le sol et transférer le phosphore, mais sont sensibles aux perturbations du sol (Horsch et al., 2023).
• GlomeraceaeFamille de champignons mycorhiziens à arbuscules (Glomeromycota) formant des symbioses obligatoires avec les racines de la majorité des plantes terrestres. Les Glomeraceae produisent des spores de grande taille, des hyphes extraradiculaires extensifs et des arbuscules intracellulaires sièges des échanges nutritifs. Le genre Funneliformis (anciennement Glomus) en est un représentant majeur dans les sols agricoles, où il contribue à l'acquisition du phosphore et à la structuration des agrégats via la production de glomaline. → Vocabulaire : Priorisent la colonisation intra-racinaire, ce qui leur permet de dominer dans les sols agricoles perturbés ou enrichis en azote (Peng et al., 2022).
• Acaulosporaceae : Se caractérisent par un taux de croissance lent et une résistance aux stress abiotiques (Albornoz et al., 2023).

Une différence écologique fondamentale réside dans leur capacité de dispersion. Les ECM produisent des spores microscopiques (souvent < 9 000 µm³), facilitant une colonisationProcessus par lequel des micro-organismes (bactéries, champignons) s'établissent dans la rhizosphère ou à l'intérieur des tissus végétaux (endosphère) (Compant et al., 2009; Gruet, 2022). Cette colonisation est initiée par le recrutement actif de la plante via ses exsudats racinaires, créant une niche écologique où les microbes peuvent influencer positivement la croissance et la défense de l'hôte (Durand, 2017; Lemanceau, 2019) → Vocabulaire rapide de nouveaux habitats par voie aérienne (Carteron et al., 2024). En revanche, les spores de CMA sont beaucoup plus volumineuses (jusqu'à 2 000 fois plus grandes que celles des ECM), limitant leur dispersion à longue distance (Carteron et al., 2024). Cependant, les CMA compensent cette limite par une faible spécificité d'hôte, leur permettant de s'associer à environ 72 % des espèces végétales mondiales, contre seulement 2 % pour les ECM, principalement des essences ligneuses (Perez-Lamarque, 2021).

Les forêts dominées par les ECM semblent montrer une meilleure résilience à l'élévation du CO₂ atmosphérique, ce qui se traduit par une augmentation de biomasse estimée à 30 %, là où les écosystèmes à CMA montrent une réponse quasi nulle (Song, 2024). De plus, le manchon fongique (manteau) des ECM agit comme une véritable « armure » biologique, protégeant les racines contre les pathogènes, les polluants et les températures extrêmes, une fonction de protection physique moins développée chez les CMA (Song, 2024).

Chez les mycorhizes à arbuscules, le site principal de transfert et de déchargement des nutriments, notamment le phosphate et l'azote, est l'arbusculeStructure fongique intracellulaire hautement ramifiée formée par les champignons mycorhiziens à l'intérieur des cellules corticales de la racine hôte (Bonfante & Genre, 2010). C'est le site privilégié des échanges trophiques où le champignon transfère des nutriments minéraux (phosphore, azote) et de l'eau à la plante en échange de composés carbonés issus de la photosynthèse (sucres, lipides) (Forges, 2015; Lemanceau et al., 2017; Redon, 2009) → Vocabulaire (Zhang et al., 2023). Cette structure branchée, logée dans le lumen des cellules corticales, est entourée par la membrane péri-arbusculaire, une extension de la membrane plasmique de l'hôte (Zhang et al., 2023).

• Biogenèse et compartimentation : La formation de l'arbuscule nécessite un reprogrammation transcriptionnelle majeur et une activité exocytotique intense pour générer la PAM, créant un compartiment apoplastique où se logent les transporteurs de nutriments (Seemann et al., 2021).
• Types morphologiques : On distingue le type Arum, où les hyphes progressent entre les cellules, et le type Paris, où le champignon croît directement de cellule en cellule en formant des pelotes (coils) (Nogueira de Sousa, 2023).
• Dynamique lipidique : Alors que les arbuscules gèrent les transferts minéraux, les champignons CMA dépendent entièrement de l'hôte pour l'obtention de lipides (acides gras), qu'ils stockent ensuite dans des vésicules (Liu et al., 2023).

Contrairement aux CMA, les ectomycorhizes ne pénètrent pas dans les cellules de la racine ; l'échange est exclusivement extracellulaire (d’Entremont & Kivlin, 2023).

• Composantes structurales : Une racine ECM se définit par un manteau (ou gaine) hyphal externe, un réseau de HartigRéseau complexe d'hyphes fongiques se développant de manière intercellulaire entre les cellules de l'épiderme et du cortex racinaire chez les plantes ectomycorhizées (Pellegrin, 2016; Weiss, 2015). Ce mycélium labyrinthique offre une surface d'échange considérable pour le transfert bidirectionnel des nutriments (phosphore, azote) du champignon vers la plante et des sucres photosynthétisés de la plante vers le champignon (Campos, 2008; Redon, 2009; Tisserant, 2011). Il constitue la structure fonctionnelle clé de la symbiose ectomycorhizienne (Weiss, 2015) → Vocabulaire (réseau hyphal complexe entre les cellules corticales) et un mycélium extra-radiculaire (Nogueira de Sousa, 2023).
• Adaptations anatomiques : Les racines ECM dites « avancées » présentent une convergence vers des racines latérales courtes et hautement ramifiées, avec un renforcement des parois des cellules corticales sous le réseau de Hartig, probablement pour réguler les échanges face au stress osmotique (Brundrett & Tedersoo, 2020).
• Barrières de perméabilité : Des barrières de contrôle des échanges peuvent apparaître sous le réseau de Hartig pour piloter finement les flux entre les partenaires (Brundrett & Tedersoo, 2020).

La structure anatomique reflète la stratégie d'acquisition des ressources :

• Scavenging vs MiningStratégie métabolique par laquelle les communautés microbiennes du sol stimulent la décomposition de la matière organique stable pour en extraire des nutriments limitants, principalement l'azote ou le phosphore (Neubauer et al., 2023). Ce processus est souvent accentué par l'apport de carbone labile (rhizodépôts), un mécanisme central du priming effect (Neubauer et al., 2023) → Vocabulaire (extraction) : Les CMA utilisent leurs structures pour « glaner » (scavenging) les nutriments inorganiques (d’Entremont & Kivlin, 2023), absorbant principalement l'ammonium (Nogueira de Sousa, 2023). À l'inverse, les ECM utilisent le réseau de Hartig et leur arsenal enzymatique pour « miner » (mining) les nutriments organiques (d’Entremont & Kivlin, 2023 ; Okada et al., 2023), prélevant efficacement à la fois le nitrate et l'ammonium (Nogueira de Sousa, 2023).
• Protection physique : Le manteau des ECM agit comme une véritable « armure » ou biofilm protecteur pour les racines des plantes, augmentant leur résistance aux micro-organismes pathogènes et aux polluants du sol (Song, 2024).

Pendant des décennies, le carbone était supposé être transféré exclusivement sous forme de glucides (hexoses). Des découvertes marquantes ont révélé que les champignons CMA sont des auxotrophes pour les acides gras : ils ont perdu les gènes essentiels à la synthèse des lipidesFamille de molécules hydrophobes ou amphiphiles (phospholipides, stérols, acides gras) essentielles à la structure des membranes biologiques (Arhab, 2018; Petit, 2017). Ils agissent comme réservoirs énergétiques, messagers cellulaires pour la transduction du signal et composants structuraux des bicouches lipidiques (Grand, 2010; Grosjean, 2015; Nguyen, 2010) → Vocabulaire et dépendent entièrement de la plante hôte pour obtenir des acides gras (notamment le C16:0) (Plett, 2017).

L'acquisition des nutriments minéraux suit deux logiques distinctes selon la lignée :

• Phosphore : Les CMA activent la « voie de capture mycorhizienne » via des transporteurs spécifiques (famille Pht1) (Madrid-Delgado et al., 2021). Des régulateurs transcriptionnels comme NSP2 ont été identifiés comme des verrous moléculaires capables d'augmenter la colonisationProcessus par lequel des micro-organismes (bactéries, champignons) s'établissent dans la rhizosphère ou à l'intérieur des tissus végétaux (endosphère) (Compant et al., 2009; Gruet, 2022). Cette colonisation est initiée par le recrutement actif de la plante via ses exsudats racinaires, créant une niche écologique où les microbes peuvent influencer positivement la croissance et la défense de l'hôte (Durand, 2017; Lemanceau, 2019) → Vocabulaire et l'absorption de P, même dans des conditions de fertilisation élevée (Bucher et al., 2025).
• Azote : Alors que les ECM « minent » l'azote organique du sol, les CMA agissent comme des « glaneurs » d'azote minéral (NH₄⁺ et NO₃⁻) (d’Entremont & Kivlin, 2023). Un rôle inédit a été attribué aux aquaporines fongiques : en plus de l'eau, elles faciliteraient l'exportation de l'ammoniac (NH₃) vers la plante, optimisant ainsi le flux d'azote à l'interface symbiotique (Maurel & Plassard, 2011).

Le transport de l'eau par les hyphes peut représenter jusqu'à 30 % de l'eau transpirée par la plante hôteOrganisme (plante ou animal) abritant des communautés microbiennes symbiotiques ou associées indispensables à sa santé et à son fonctionnement (Sessitsch et al., 2023). Les interactions entre l'hôte et son microbiome forment une entité écologique stable (l'holobionte) capable de résister aux stress environnementaux (Bissett et al., 2013) → Vocabulaire en conditions de stress (Das et al., 2023).

• Régulation des aquaporines : La symbiose module l'expression des gènes d'aquaporines chez la plante, permettant une réponse plus flexible à la sécheresse (Das & Sarkar, 2024).
• Flux apoplastique : Les plantes mycorhizées maintiennent une continuité hydraulique supérieure grâce à un flux d'eau apoplastique accru, réduisant ainsi la chute du potentiel matriciel à l'interface sol-racine (Kuyper & Jansa, 2023 ; Tang et al., 2022).

Les mycorhizes jouent un rôle de régulateur (tampon) pour les métaux lourds. Des gènes spécifiques, comme HcZnT2 chez l'ectomycorhize Hebeloma cylindrosporum, ont été identifiés pour réguler finement le transport du zinc (Bucher et al., 2025).

Le modèle classique du « marché biologique », où la plante récompense les champignons les plus généreux, est aujourd'hui nuancé (Martin et al., 2024). Des études récentes sur le riz et le peuplier suggèrent que le transfert de nutriments (P et N) pourrait être dicté par un surplus de ressources chez le champignonOrganismes eucaryotes essentiels à la structure du sol, impliqués dans la décomposition de la matière organique et la formation de symbioses (mycorhizes) qui améliorent la nutrition des plantes et réduisent les pertes de nutriments (Bender et al., 2016; Chois, 2012) → Vocabulaire plutôt que par un troc strict contre le carbone (Martin et al., 2024).

La sélection commence par un échange biochimique appelé « dialogue présymbiotique » (Crosino & Genre, 2022 ; Genre et al., 2020).

• Signaux de l’hôteOrganisme (plante ou animal) abritant des communautés microbiennes symbiotiques ou associées indispensables à sa santé et à son fonctionnement (Sessitsch et al., 2023). Les interactions entre l'hôte et son microbiome forment une entité écologique stable (l'holobionte) capable de résister aux stress environnementaux (Bissett et al., 2013) → Vocabulaire : Les racines sécrètent des strigolactones qui stimulent la germination des spores et la ramification des hyphes des champignons CMA (Genre et al., 2020).
• Signaux fongiques : En réponse, les champignons émettent des lipo-chitooligosaccharides et des oligomères de chitine (Singh et al., 2023). Ces molécules activent la voie de signalisation symbiotique commune (CSSP, common symbiotic signalling pathway) chez la plante, indispensable à la colonisation (Plett, 2017).
• Spécificité ECM : Bien que la voie CSSP soit classiquement associée aux CMA, des recherches récentes montrent que certains champignons ECM (p. ex. : Laccaria bicolor) produisent également des LCOs capables d'induire une partie de cette signalisation chez les arbres, influençant la profondeur du réseau de Hartig (Plett, 2017).

La disponibilité des ressources dans le sol agit comme un levier de sélection majeur, modulant l'investissement de la plante dans la symbioseAssociation intime, durable et mutuellement bénéfique entre des organismes d'espèces différentes, moteur essentiel de la nutrition minérale des plantes dans le sol (Kuyper & Jansa, 2023; Lemanceau et al., 2017). Les deux exemples majeurs en agropédologie sont la symbiose mycorhizienne (accès au phosphore et à l'eau via les champignons) et la symbiose rhizobienne (accès à l'azote atmosphérique via les bactéries fixatrices) (Cornejo-Castillo et al., 2016; Domergue, 2017) → Vocabulaire (Kuyper & Jansa, 2023).

• Le rôle du Phosphore (P) : Une forte disponibilité en P inorganique inhibe généralement la colonisation (Fossalunga & Spina, 2024). Chez les plantes à double statut (p. ex. : Quercus serrata), un enrichissement en P provoque un basculement de la dominance ectomycorhizienne vers une dominance arbusculaire mycorhizienne (AM), laquelle est moins coûteuse en carbone pour la plante dans ces conditions (Ezawa et al., 2025).
• Azote (N) et acidité : Les écosystèmes dominés par les CMA sont souvent associés à un pH plus basique (moyenne de 6,3) (Lusk et al., 2024). À l'inverse, les ECM prédominent dans les sols pauvres en N et tendent à acidifier leur milieu (pH moyen de 5,6) (Hua et al., 2024), favorisant leur capacité à « minéraliser » la matière organique (Hua et al., 2024).

Le pilotage de la symbioseAssociation intime, durable et mutuellement bénéfique entre des organismes d'espèces différentes, moteur essentiel de la nutrition minérale des plantes dans le sol (Kuyper & Jansa, 2023; Lemanceau et al., 2017). Les deux exemples majeurs en agropédologie sont la symbiose mycorhizienne (accès au phosphore et à l'eau via les champignons) et la symbiose rhizobienne (accès à l'azote atmosphérique via les bactéries fixatrices) (Cornejo-Castillo et al., 2016; Domergue, 2017) → Vocabulaire est fortement influencé par les pratiques agricoles et forestières qui sélectionnent des « traits de vie » spécifiques (cadre C-S-R) (Guerra et al., 2021).

• Glomeraceae : Ces champignons sont sélectionnés dans les sols perturbés par le labour ou enrichis en azote, car ils privilégient une colonisation intra-racinaire rapide et une sporulation massive (Ducousso-Détrez et al., 2022 ; Peng et al., 2022).
• Gigasporaceae : Ils dominent dans les systèmes stables (non-labour) où ils investissent massivement dans le mycélium extra-radiculaire pour explorer le sol, mais ils sont fortement supprimés par les fertilisations phosphatées excessives (Ducousso-Détrez et al., 2022 ; Horsch et al., 2023).

Le changement climatique redéfinit les critères de sélection naturelle des populations fongiques (Dauphin & Peter, 2024).

• Adaptation locale : Des études génomiques récentes montrent que les pressions sélectives comme la température et la sécheresse induisent une adaptation locale des populations d'ECM (ex. : Suillus luteus), sélectionnant des souches capables de maintenir leur croissance sous stress thermique ou métallique (Dauphin & Peter, 2024).
• Effet du CO₂ : L'élévation du CO₂ atmosphérique favorise les essences forestières associées aux ECM, dont la biomasse augmente d'environ 30 %, tandis que les systèmes à CMA ne montrent aucune croissance supplémentaire significative, soulignant un avantage compétitif des ECM sous climat futur (Song, 2024).

La capacité des CMN à redistribuer les nutriments entre les plantes hôtes redéfinit notre vision de la compétition interspécifique :

• Flux de Carbone (C) : Le transfert de carbone via les CMN a été démontré tant en laboratoire qu'en milieu forestier, montrant que les arbres matures peuvent allouer une fraction de leurs photosynthats vers les semis environnants (Klein et al., 2023). Des études récentes par traçage isotopique confirment que ce transfert peut être bidirectionnel entre arbres adultes, bien que sa magnitude soit influencée par les gradients de source-puits (Authier et al., 2022).
• Nutriments minéraux (N et P) : Les CMN facilitent le partage de l'azote (Luo et al., 2023). Les champignons régulent activement ces flux en discriminant les hôtes selon leur "qualité" (taux d'allocation de carbone), tout en maintenant une nutrition minimale pour les plantes ombragées afin d'assurer la survie du réseauReprésentation des interactions complexes entre les composants biologiques d'un sol, qu'il s'agisse de liens trophiques (réseau trophique du sol) ou de corrélations statistiques entre taxons microbiens (réseaux de co-occurrence) (Guseva et al., 2022; Lupatini et al., 2014). La structure et la connectivité de ces réseaux déterminent la stabilité et la multifonctionnalité de l'écosystème (Damiano, 2020; Morriën, 2016; Prévost-Bouré, 2018) → Vocabulaire (Fellbaum et al., 2014).
• Continuité hydraulique : Les réseaux d'hyphes peuvent transporter l'eau de plantes ayant un meilleur accès aux couches profondes vers celles en stress hydrique, représentant parfois plus de 30 % de l'eau transpirée par l'hôte en période de sécheresse (Das et al., 2023).

Au-delà de la nutrition, les CMN servent de système de communication "filaire" pour les signaux de stress :

• Amorçage immunitaire : Lorsqu'une plante "donneuse" est attaquée par des pathogènes ou des herbivores, des molécules de signalisation (sémiochimiques) circulent via le réseauReprésentation des interactions complexes entre les composants biologiques d'un sol, qu'il s'agisse de liens trophiques (réseau trophique du sol) ou de corrélations statistiques entre taxons microbiens (réseaux de co-occurrence) (Guseva et al., 2022; Lupatini et al., 2014). La structure et la connectivité de ces réseaux déterminent la stabilité et la multifonctionnalité de l'écosystème (Damiano, 2020; Morriën, 2016; Prévost-Bouré, 2018) → Vocabulaire d'hyphes vers les plantes "receveuses" saines (MA & LIMPENS, 2024). Ces dernières activent préventivement leurs gènes de défense et augmentent l'activité d'enzymes telles que la peroxydase et la chitinase (Song et al., 2010).
• Nature des signaux : Bien que le transport moléculaire direct dans les hyphes soit privilégié, l'hypothèse de signaux électriques induits par les blessures gagne en importance, permettant une communication rapide sur de plus longues distances (Johnson & Gilbert, 2014).

L'ampleur et la fonction adaptative des CMN font actuellement l'objet d'un débat intense au sein de la communauté scientifique :

• La critique de Karst et al. : Plusieurs méta-analyses récentes ont alerté sur un "biais de citation positif", suggérant que les preuves de transferts de carbone significatifs pour la croissance des semis en forêt sont parfois surinterprétées ou insuffisantes (Robinson et al., 2023). Ils contestent notamment le concept de "Mother Tree" altruiste, estimant que les bénéfices sont souvent contextuels ou surestimés par les médias (Robinson et al., 2023)
• La réponse de Simard et al. : Les partisans du concept soulignent que si les résultats sont effectivement dépendants du contexte (lumière, nutriments), les preuves de connectivité génétique et de transferts isotopiques sont solides (Klein et al., 2023). De nouvelles données de terrain montrent des génotypes fongiques uniques reliant des arbres sur plus de 2 km, prouvant l'immensité potentielle de ces réseaux (Touseef, 2023).

Malgré les controverses sur la magnitude des transferts, le rôle structural des CMN demeure crucial pour la résilience des écosystèmes (Pickles et al., 2020) :

• Établissement des semis : L'intégration immédiate d'une jeune plantule dans un réseau déjà établi par des arbres matures réduit le coût énergétique de sa colonisationProcessus par lequel des micro-organismes (bactéries, champignons) s'établissent dans la rhizosphère ou à l'intérieur des tissus végétaux (endosphère) (Compant et al., 2009; Gruet, 2022). Cette colonisation est initiée par le recrutement actif de la plante via ses exsudats racinaires, créant une niche écologique où les microbes peuvent influencer positivement la croissance et la défense de l'hôte (Durand, 2017; Lemanceau, 2019) → Vocabulaire mycorhizienne et sécurise son accès précoce aux nutriments (Touseef, 2023).
• Stabilité des communautés : Dans les forêts mixtes, les CMN favorisent la coexistence entre espèces (par exemple : bouleau et douglas) en stabilisant les flux de ressources lors des variations saisonnières, agissant comme un mécanisme de "socialisme biologique" (Ullah et al., 2024).

Les champignons mycorhiziens, particulièrement les CMA (présents chez ~72 % des espèces végétales, cf. §1.4), agissent comme des stabilisateurs physiques du sol (Lucic-Mercy et al., 2024).

• Agrégation et GlomalineFraction organique du sol historiquement décrite comme une glycoprotéine stable et hydrophobe sécrétée par les hyphes des champignons mycorhiziens à arbuscules (Atakan & Özkaya, 2021 ; Zbíral et al., 2017). Opérationnellement, le terme désigne la fraction GRSP (glomalin-related soil protein) : un mélange hétérogène de composés du sol réactifs au test de Bradford — protéines fongiques, mais aussi acides humiques, tanins et débris de litière — dont la nature exacte reste débattue (proposition BRSC, Nagy et al., 2025 ; Irving et al., 2021). Quelle que soit son origine précise, cette fraction joue un rôle structurel reconnu en liant les particules minérales pour former des agrégats stables, améliorant la porosité du sol et le stockage du carbone (Channavar et al., 2024 ; Gomathy et al., 2018). → Vocabulaire : Ils améliorent la structure du sol en sécrétant des protéines de sol liées à la glomaline, qui agissent comme une « colle » biologique, favorisant l'agrégation et limitant l'érosion (Gayathry et al., 2024).
• Ingénierie écologique : Ces réseaux souterrains orchestrent le recyclage des nutriments et régulent la diversité microbienne, créant un environnement défavorable aux pathogènes telluriques (M.T et al., 2025).

L'efficacité de la symbioseAssociation intime, durable et mutuellement bénéfique entre des organismes d'espèces différentes, moteur essentiel de la nutrition minérale des plantes dans le sol (Kuyper & Jansa, 2023; Lemanceau et al., 2017). Les deux exemples majeurs en agropédologie sont la symbiose mycorhizienne (accès au phosphore et à l'eau via les champignons) et la symbiose rhizobienne (accès à l'azote atmosphérique via les bactéries fixatrices) (Cornejo-Castillo et al., 2016; Domergue, 2017) → Vocabulaire dépend directement de la gestion des perturbations physiques et chimiques.

• Le binôme Semis direct et Couverts Végétaux : La recherche récente montre une forte synergie : la combinaison du non-labour et des cultures de couverture diversifiées favorise un développement optimal du mycélium (Villat & Nicholas, 2024). Le labour mécanique répété est identifié comme un facteur majeur de rupture des réseaux d'hyphes, ce qui entrave la rétention d'eau et le stockage du carbone (Sitoe & Dames, 2022).
• Diversification et rotations : L'intégration de couverts mycorhizables (légumineuses, graminées) et la pratique de l'agroforesterie permettent de maintenir des réseaux actifs toute l'année, facilitant le transfert de ressources entre les cultures successives ou compagnes (Alaux et al., 2021).

Les mycorhizes sont des acteurs clés de la stratégie « carbone » de l'agriculture régénératrice (Kumari et al., 2025).

• Stockage stable : Elles facilitent le dépôt du carbone organique dans le sol via la nécromasse fongique et la stabilisation des agrégats, un processus essentiel pour atténuer les émissions de gaz à effet de serre (Carvalho et al., 2023).
• Résilience hydrique : En conditions de sécheresse, les hyphes peuvent transporter une quantité d'eau représentant plus de 30 % de la transpiration de la plante, améliorant significativement l'efficience de l'utilisation de l'eau (Das et al., 2023).

Le passage à un modèle régénératif nécessite une réévaluation de l'usage des produits commerciaux et des engrais.

• Inoculants vs Communautés indigènes Bien que l'inoculation puisse stimuler les rendements dans des sols très dégradés, les résultats en plein champ restent inconstants (Watts et al., 2023). Les pratiques organiques et la réduction du travail du sol s'avèrent souvent plus efficaces pour promouvoir des communautés mycorhiziennes robustes et adaptées localement (Park et al., 2024 ; Samson, 2021).
• Substitution des engrais L'utilisation de « myco-fertilisants » permet de réduire drastiquement l'usage de fertilisants phosphatés et azotés de synthèse, limitant ainsi le lessivage des nutriments et les risques d'eutrophisation des cours d'eau (Kumari et al., 2025).
• Biocontrôle systémique Contrairement à l'approche « une solution unique à un problème », les mycorhizes induisent une résistance systémique qui prépare la plante à répondre à une gamme variée d'agressions biotiques (Boyno et al., 2025).