écosystème microbien

Ensemble des micro-organismes — bactéries, archées, champignons, protistes, virus — cohabitant dans un habitat défini et engagés dans des interactions dynamiques entre eux et avec leur environnement abiotique. Dans le sol, l'écosystème microbien constitue le moteur biogéochimique de la fertilité : il pilote la décomposition de la matière organique, le recyclage des nutriments, la formation des agrégats et la régulation des pathogènes. La structure de cet écosystème s'organise en réseaux trophiques où chaque groupe fonctionnel (décomposeurs, mutualistes, prédateurs, pathogènes opportunistes) occupe une niche écologique façonnée par la disponibilité en carbone, l'humidité, le pH et l'architecture porale du sol. La rhizosphère, interface entre racine et sol, constitue un point chaud de diversité et d'activité microbienne, alimenté par les exsudats racinaires. L'étude des écosystèmes microbiens du sol mobilise des approches moléculaires (métagénomique, métatranscriptomique) qui révèlent une diversité fonctionnelle bien supérieure à ce que les cultures sur milieu laissaient entrevoir. L'agriculture régénératrice cherche à préserver et stimuler cet écosystème, notamment en réduisant le travail du sol et en maintenant une couverture végétale permanente.