résistome préformé

Le résistome préformé désigne l'ensemble des gènes de résistance aux antibiotiques et aux biocides déjà assemblés sur des plateformes génétiques mobiles (plasmides, intégrons, transposons) présents dans un environnement avant toute pression de sélection récente. Concept central dans l'analyse des effluents d'élevage (Heuer et Smalla, 2007 ; Berendonk, 2015) : l'épandage ne déverse pas seulement des bactéries porteuses isolées, ni même des gènes de résistance « nus » — il inocule un potentiel évolutif pré-monté, c'est-à-dire des architectures génétiques prêtes à transférer, à recombiner et à exprimer la résistance chez de nouveaux hôtes bactériens. Cette distinction est cardinale : traiter l'effluent comme une simple pression de sélection (en termes de charge antibiotique ou de densité bactérienne) ignore la dimension qualitative de l'inoculum — la banque d'outils génétiques pré-assemblés qui peut transformer une communauté bactérienne réceptrice en réservoir fonctionnel de résistance. Le concept invite à caractériser les effluents non seulement par leur charge mais par leur composition mobilomique : types de plasmides, classes d'intégrons, diversité des transposons, présence de phages transducteurs. Distinct du résistome total (qui inclut les gènes chromosomiques latents non mobiles), le résistome préformé désigne spécifiquement la fraction mobile, transférable et fonctionnellement prête à l'emploi.