communauté microbienne fonctionnelle

Ensemble de populations microbiennes coexistant dans un même habitat et définies par une fonction écologique partagée plutôt que par leur parenté phylogénétique. Cette approche fonctionnelle classe les microorganismes selon le processus biogéochimique qu'ils assurent — dégradation de la cellulose, nitrification, méthanogenèse, oxydation du méthane — et permet de comprendre la redondance fonctionnelle des sols, où des taxons phylogénétiquement éloignés peuvent assurer une même fonction. Les guildes fibrolytiques, qui rassemblent bactéries cellulolytiques et champignons saprotrophes autour de la dégradation des polymères structuraux (cellulose, hémicellulose), illustrent cette approche dans le rumen comme dans les sols forestiers.