Archées Asgard et origine eucaryote : la lignée eucaryote prend ses racines dans le domaine archéen

La découverte des archées Asgard (Lokiarchaeota 2015, puis Thor-, Odin-, Heimdallarchaeota) est une révolution évolutive majeure du XXIᵉ siècle. D'abord assemblées depuis des sédiments marins profonds, puis cultivées en 2019 (Prometheoarchaeum syntrophicum, après 12 ans), ces archées portent un répertoire étendu de protéines de signature eucaryote (ESPs) absentes des autres archées : cytosquelette (actines, profilines), GTPases du trafic vésiculaire (Rab, Arf), complexe ESCRT, facteurs traductionnels.

Implication phylogénétique : la lignée eucaryote n'est plus un domaine indépendant mais émergerait au sein du domaine archéen, sœur ou descendante des Asgard (arbre « à 2 domaines » ; Williams 2013, Eme 2017, Spang 2017). Le LECA serait né d'une fusion endosymbiotique entre une archée Asgard ancestrale (hôte : cytosquelette, trafic membranaire, pré-noyau) et une alphaprotéobactérie (futur mitochondrion). Cet arbre supplante progressivement les trois domaines parallèles de Woese.

Modèles d'eucaryogenèse : « inside-out » (Baum 2014, extensions cytoplasmiques enveloppant le partenaire) ; « entangle-engulf-endogenize » (Imachi 2020, fusion par filaments d'actine, syntrophie H₂).

Portée doctrinale : l'organellogenèse (mitochondries, plastes : deux endosymbioses successives) s'inscrit dans ce cadre ; la continuité évolutive sol-microbe-humain est plus profonde qu'on ne le pensait — plantes et humains partagent un ancêtre archéen Asgard, et la chimie cellulaire ancestrale (dont la B12) est commune. Argument de plus pour la doctrine sol-santé / One Health.

Controverses : modèle récent ; certaines équipes maintiennent trois domaines (Da Cunha 2017) ; le rôle exact de l'alphaprotéobactérie (mitochondrie-première vs noyau-premier) reste débattu — cas-type d'épistémologie en mouvement.