Biofilms microbiens : architecture EPS et théâtre des cycles

Contrairement aux cellules planctoniques (libres), la vie en biofilm confère protection (barrière EPS, résistance aux stress, résistome), division du travail métabolique et mémoire collective. La rhizosphère, les agrégats stables, les hyphes fongiques et les surfaces racinaires sont autant de supports où les biofilms orchestrent la minéralisation, la fixation d'azote, la solubilisation du phosphore et la suppression des pathogènes.

Card pivot reliant la structure du sol (#32), la communication quorum sensing (#75), le résistome (#57) et la glomaline (#100) — le biofilm est le niveau d'organisation où la communauté microbienne devient fonctionnelle.

Synthèse corpus — le biofilm comme membrane de communication redox

Synthèse corpus — le biofilm du microagrégat comme membrane de communication redox. Au-delà de son rôle d'abri, le biofilm qui enrobe le microagrégat anaérobie (→ terme #380) fonctionne comme une interface sélective entre la macroporosité oxique et le cœur anoxique : l'activité extérieure (rhizosphère, ferments, racines) module le métabolisme du cœur, et réciproquement. Cinq canaux candidats, présentés par gradient de preuve décroissant : (1) Établi — les microsites anoxiques au sein d'agrégats oxiques (Sexstone et al., 1985 #1629) et la syntrophie métabolique (→ terme #2294) : les produits de fermentation externes (lactate, acétate) diffusent à travers le biofilm et alimentent dénitrifiants, ferriféducteurs et méthanogènes du cœur ; (2) Probable — les navettes électroniques (→ terme #903 : matière organique dissoute réactive — ex-« substances humiques » —, phénazines, quinones) réalisant le transfert d'électrons extracellulaire (#1962) à travers l'interface — preuves solides mais largement in vitro ou sédimentaires, à confirmer en sol cultivé ; (3) Spéculatif — les nanofils microbiens et bactéries câbles (#4153, DIET #4543) en sols agricoles, et le quorum sensing (#883) comme modulation trans-interface en sol non contaminé — angles morts assumés de la littérature (veille 2026-07-23). Point de convergence : les hyphes pénétrantes (→ card #248, autoroutes fongiques) offrent le seul canal filaire franchissant physiquement l'interface. Cette lecture fait du biofilm un organe de communication redox plutôt qu'une simple barrière — pendant micro (échelle agrégat) du dialogue rhizosphère↔sol. → fiche #264 (microsite anoxique comme refuge), card #119 (microzones anoxiques).